В 1657 г. в Соловецком монастыре был получен новоисправленный Служебник, но братия «составила приговор» о том, чтобы книги этой не принимать, а служить по старым служебникам. В то же время архимандрит Соловецкого монастыря Илия и по волостям монастырским «наказывал, чтобы новых служебников не принимали», и проклинал тех, кто крестится тремя перстами.

В течение 8 лет отказ монастырской братии принимать новые книги оставался без последствий, в монастыре продолжали служить по старым книгам, а московские власти не обращали на это внимания и не побуждали к принятию исправленных книг.

Архимандрит Илия скончался в 1659 г. Новым настоятелем был избран Варфоломей, человек нерешительного характера и нетвердых убеждений. При нем партия фанатических старообрядцев усилилась. Во главе возмутившихся стоял архимандрит Никанор, бывший настоятель Саввинского монастыря в Звенигороде, летней резиденции царя. Он стоял в дружбе с первыми противниками патриарха Никона по делу книжного исправления (старцем Феоктистом и протопопом Аввакумом).

С 1666 г. мятежнические чувства стали обнаруживаться по отношению не только к настоятелю, но и к царю.

В 1666 г. архимандрит Варфоломей был вызван в Москву на собор. Когда он уже был в Москве, соловецкая братия прислала ему челобитную на имя царя о том, чтобы быть у них прежнему чину и уставу. Архимандрит Варфоломей не только челобитной не представил, но 13 июля принес перед собором полное раскаяние, что до сих пор был на стороне старообрядчества и не заботился о введении новоисправленных книг; вслед за ним принесли раскаяние и прибывшие с ним соборные старцы. Вместе с Варфоломеем был вызван в Москву и Никанор, но он не поехал, ссылаясь на старость и трудность путешествия зимнее время. В то же время соловецкие монахи, наиболее преданные старообрядчеству, стали писать челобитные, чтобы настоятелем был не Варфоломей, а архимандрит Никанор. Сторонники раскола стали чинить мятежи, подстрекали братию не слушаться соборных старцев и содействовали бегству опальных лиц из монастыря.

Беспорядки и неповиновение братии, которые происходили в Соловецком монастыре, стали известными в Москве, и в Соловки был отправлен архимандрит Ярославского монастыря Сергий. Он должен был сообщить братии о соборном повелении принимать новоисправленные книги и в то же время произвести следствие по жалобам на архимандрита Варфоломея. С Сергием отправилась большая свита и 10 человек стрельцов. Вожди раскола, узнав об этом посольстве, стали усиленно склонять на свою сторону колеблющуюся братию и самовольно распоряжаться в монастыре, а в Москву отправили новую челобитную о вере. Когда Сергий со свитой прибыл в монастырь, те, монахи не хотели с ним видеться, ни говорить, а мирские люди говорили даже о том, чтобы посланных побить камнями, ибо они посланы от антихриста. Сергий поспешил выехать из монастыря.

Мятежники послали новую челобитную о смене Варфоломея и о назначении на его место Никанора. Прибывшие челобитчики были разосланы в монастыри под «начал», но и Варфоломей был уволен. На его место был назначен не Никанор, который был в то время в Москве и перед собором раскаялся, а строитель московского подворья - старец Иосиф.

В монастырь одновременно выехали из Москвы три архимандрита: Иосиф, Никанор и Варфоломей - первые двое к своему месту, а последний - для: сдачи дел и имущества. Никанор в Архангельске отстал от других и послал с одним монахом в монастырь грамоту, чтобы там Иосифа не принимали и под благословение к нему не подходили. Соловецкие монахи так и сделали. Когда 14 сентября 1668 г. Иосиф с Варфоломеем прибыли к монастырю и остановились на Заяцком острове, то братия ему сказала: «Станешь по-старому благословлять, и мы у тебя благословение принимать станем, а по-новому - к благословению не пойдем». На убеждения Иосифа собравшиеся сказали. «Нам ты архимандрит не нужен, сиди в келье». При6ывший вскоре Никанор поддерживал неповиновение братии, и, несмотря на принесенное пред собором раскаяние, «со раскольники вчинися».

23 сентября 1668 г. из монастыря был послал с письмами к царю старец Кирилл: Чаплин. От архимандрита Иосифа он повез грамоту о том, как его приняли в монастыре, а от братии - новую челобитную царю. Между тем Иосиф и Варфоломей в монастыре жили в тесных кельях; около келий их слышны были иногда и буйные крики, шум и брань, братии было воспрещено входить в их кельи, самим им не позволялось ни в алтарь входить, ни креста, ни Евангелия, ни икон целовать, наконец в трудное зимнее время их вывезли из монастыря на берег. Незадолго до этого монастырская братия отправила последнюю и самую пространную, пятую по счету, челобитную на имя царя (эта последняя челобитная несколько раз издавалась в конце прошлого века в «Материалах для истории раскола'').

Получив от старца Кирилла Чаплина сведения о том, что Иосифа в монастыре не приняли, царь отнял у монахов богатые береговые вотчины и послал особую грамоту, призывавшую к повиновению, но стоявшие во главе монастырского братства «мятежные» келарь Азарий и казначей Геронтий не послушались царского увещания, а за ними то же сделали и другие. Таким образом, соловецкие монахи оказали неповиновение не только церковной, но и царской власти.

Видя упорное сопротивление монахов, царь решился смирить их силой. Осенью 1668 г. послан был воевода Волохов со стрельцами для осады обители. С своей стороны монастырские насельники приготовились к защите, предоставив возможность немощной братии удалиться из обители. Таким образом, стояние за «старую веру» превратилось в вооруженное восстание. Осада монастыря: длилась 8 лет. Главой возмутителей был архимандрит Никанор. В начале 1670 г. мятежники открыли стрельбу по царскому войску. Никанор ходил по башням, кадил пушки, кропил их водою и говорил: «Матушки галаночки (из Голландии), надежда у нас на вас...»

Из архива монастыря известно, что стрельба началась «от келаря Азария, да от Никанора, да от Федюшки Бородина». Большая часть братии этого не желала, но партия мятежников взяла верх.

Воевода, получив царский приказ искоренить мятеж, перешел с войсками на самый остров, тесно обложив монастырь. Один из бежавших из него монастырских старцев Феоктист рассказал воеводе о возможности войти в монастырь тайным ходом. Благодаря указанию Феоктиста царские войска проникли в него ночью на 22-е января 1676 г. По взятии обители виновные были наказаны, а монастырь заселен новыми монахами.

Осада Соловецкого монастыря много содействовала распространению и усилению раскола. Монастырь пользовался большим уважением в народе, как место подвигов преподобных Зосимы и Савватия и как обитель, в которой издревле процветало благочестие. Каждое лето стекалось туда множество богомольцев. Когда началась осада, богомольцы не могли войти в монастырь и должны были возвращаться обратно. Молва, что обитель осаждается войском, что монахи защищают старую веру, не могла не производить смущения в народе. Многие монахи ушли из монастыря, бродили по Поморью и сеяли там раскол; некоторые уходили гораздо дальше Поморья.

Наконец, около 40 лет спустя раскольнический писатель Семен Денисов написал Книгу «Об отцах и страдальцах соловецких». В этом сочинении о соловецких мятежниках повествуется как о христианских мучениках первых веков, а воеводы представлены как мучители. В нем описываются якобы бывшие тогда разные видения и чудеса... Сочинитель говорит, что многие воеводы были наказаны злой смертью и будто в день взятия монастыря умер царь. (На самом деле царь умер 29, а не 22 января.) Составитель книги должен был знать, что христианские мученики своеволия не проявили и к помощи оружия не прибегли. Противление же церковной власти делает их не мучениками за благочестие, а раскольниками, несущими сугубую ответственность за совращение простого народа в старообрядчество.