В начале 1655 г. приехали в Москву два патриарха, Антиохийский Макарий и Сербский Гавриил, которые пробыли в Москве около 2-х лет. Пользуясь их пребыванием, патриарх Никон созывал соборы для рассмотрения и утверждения новоисправленных книг, а также для разрешение вопросов о перстосложении и о присоединении латинян (католиков) к Православию.

Патриарх Макарий вскоре по приезде в Москву обратил внимание на обрядовые разности. Он заметил, что русские не так слагают персты для крестного знамения и ошибочно думают о крещении поляков, полагая, что при обращении в Православие их нужно крестить.

Патриарх Никон в конце марта 1655 г. созвал собор, на котором было подтверждено определение собора 1654 г. об исправлении книг согласно с греческими. Здесь же был рассмотрен и одобрен вновь исправленный «Служебник». В конце 1655 г. он был напечатан и разослан по церквам. Эта была первая новоисправленная книга. Затем вышла «Скрижаль», присланная вселенским патриархом Паисием. Для прекращения книжного разногласия патриарх Никон велел отбирать старые книги и употреблять только исправленные.

В неделю Православия в Успенском соборе в присутствии царя и при стечении множества народа чин Православия совершали три патриарха.

Патриархи Макарий и Гавриил и митрополиты Никейский Григорий и Молдавский Гедеон, став пред царем, произнесли отлучение на двуперстников, сказав, что православному христианину следует изображать крестное знамение тремя перстами. После такого торжественного осуждения двуперстников патриарх Никон обратился к ним по тому же предмету, но уже с письменным вопросом, и святители дали такой же письменный ответ.

В апреле 1656 г. патриарх Никон решил этот вопрос соборным путем, В речи к собору он изложил историю вопроса, начав с того, что «двуперстное сложение зазирали еще» патриархи: Иерусалимский Паисий (1649 г.) и Константинопольский Афанасий (1653 г.)

Патриарх Никон указал в своей речи и на то, что двуперстное слежение внесено в книги в недавнее время и что многие еще и теперь крестятся тремя перстами.

Собор вполне согласился с высказываниями патриарха Никона крестящихся двуперстно предал отлучению от Церкви. Отцы собора также объявили, что вторичное крещение поляков незаконно, так как они веруют и крещаются во Святую Троицу (в прежних Требниках, изданных при патриархах Иоасафе и Иосифе, печаталось соборное положение патриарха Филарета, по которому повелевалось крестить не только латинян, но и православных из западных областей России, крещенных чрез обливание).

Многие русские люди, - свидетели и очевидцы всего происходившего не могли относиться к происшедшему на Соборе равнодушно. Торжественные заявления о неисправности книг, отлучение двуперстников, отбирание книг прежних изданий - все это само по себе не могло не производить сильного впечатления на народ. Во введении троеперстного сложения для крестного знамения, при осуждении двуперстия, он не только видел противоречие определению Стоглавого собора и несогласие с употреблявшимися тогда печатными книгами, но усматривал и нарекание на русское благочестие; при господствующем обрядоверном взгляде он не мог отличить обряд от догмата.

Неудовольствие и ропот усиливались вследствие народных бедствий - страшной моровой болезни и голода. Общественные бедствия народ считал Божиим наказанием за нововведения Никона.

Сосланные Никоном духовные лица: Иван Неронов, Аввакум и другие - стали первыми проповедниками и распространителями раскола. Явившись в местах ссылки как бы мучениками за свои убеждения, они легко могли воздействовать на народ. И чем дальше они должны были следовать на места ссылки, тем дальше заносились и семена противления. Аввакум по дороге в Сибирь обличал, то, что он называл «Никонианской ересью». В Тобольске он подчиняет своему влиянию даже архиепископа Симеона.

К Неронову, заключенному в Спасо-Каменском монастыре, приходили окрестные жители слушать его наставления. Всем книжным и обрядовым исправлениям приверженцы буквы стали приписывать характер латинства. Такое же значение отводили троеперстному сложению, печатанию просфор четырехконечным крестом, введению трегубой «аллилуия», даже изменению в «Херувимской песни» одного слова; «Трисвятую песнь приносяще», на «припевающе», т.к. «латиняне припевают к органам». Самого Никона стали приравнивать к изменнику Православия митрополиту Исидору, говоря, что он «к римскому престолу прилепился и творит повеления нечестивых пап».

Таким образом, патриарх Никон стал казаться не исправителем книг, а вводителем ересей; это обвинение было самым страшным на Руси; из-за него пострадали преподобные Максим Грек и архимандрит Дионисий.

Противление по поводу исправления богослужебных книг и обрядов до 1658 г. не носило ещё характера большого народного движения. Некоторые из первых противников Никона скоро умерли, иные, опасаясь гнева патриарха, боялись выступить слишком открыто, хотя и роптали на него. Один из первых противников Никона - Неронов, принявший иночество с именем Григория, даже раскаялся, уверившись, что исправление обрядов не было личным делом Никона, а было одобрено и восточными патриархами, ужаснулся он разрыва со всей Церковью и через покаяние был присоединен к Ней. Сам Никон сделал Неронову уступку и позволил ему служить по старым служебникам и двоить «аллилуия». Но в, 1658 г. Никон оставил престол, что давало возможность вполне развиваться раскольнической пропаганде и неотразимо влиять на непросвещенную народную массу в самой Москве.

Дела церковные постепенно пришли в замешательство. Во главе временного управления Церковью стал недруг Никона - митрополит Крутицкий Питирим. Враждовавшие против патриарха бояре совершенно овладели сердцем царя. В это время раскольники стали громко выражать свое неудовольствие, не опасаясь уже отошедшего от дел грозного патриарха. Боярская партия, желавшая свержения Никона с престола, позволила вернуться в Москву врагам Никона по книжному делу. Из Сибири после 11 лет ссылки был возвращен протопоп Аввакум и встретил в Москве весьма радушный прием; ему отведено было помещение в самом Кремле. Польщенный таким вниманием Аввакум сначала молчал, но очень недолго - и вот в Москве снова громко стала раздаваться резкая, бранная проповедь Юрьевского протопопа. Он стал говорить, что последователи Никона не проповедуют Христа, во плоти пришедшего, скрывают Его воскресение. Духа Святаго, не исповедуют истинным.

К Федору Ртищеву Аввакум ходил вести прения, много шумел там о вере, о законе; однажды спор был такой горячий, что, рассказывает Аввакум, «разошлись яко пиани». В Москве ему нашлись новые помощники в распространении раскола, до сих пор молчавшие (Спиридон Потемкин, архимандрит Покровского монастыря, и диакон Благовещенского собора Феодор). В Москву вернулся чернец Григорий Неронов и писал челобитные царю, в них он обзывал Никона бранными словами, требовал собора «об исправлении церковном». В Москву приходили и многие другие ревнители раскола. Все они свободно на городских улицах и площадях проповедовали, по выражению раскольнического писателя, «доброту древнего благочестия». Особенно отличались юродивые, которые бегали иногда за царской колесницей и кричали: «Добро бы, самодержавный царь, на древнее благочестие вступити!» Из знатных семейств на сторону Аввакума перешла известная боярыня, близкая к царскому семейству, Феодосья Морозова, вдова Глеба Морозова; она утверждала, что крест на просфоре во всей России потребили. За нею пошла ее сестра боярыня Евдокия Урусова. Все эти противники Никона составили даже нечто вроде самочинного собора, на котором положили: «Никонианское крещение не вменять за истинное, т.к. церкви осквернены мерзостью антихристовою».

Близок был 1666 г., в который по толкованию раскольников, следовало ожидать какого -либо великого отступления - появления предтечи антихриста, а быть может, и самого антихриста. Ходили рассказы о видениях.

В 1665 г. царь писал Нектарию, патриарху Иерусалимскому: «У нас весь церковный чин в несогласии , в церквах служит всяк по-своему», ибо а некоторых местах священники опять стали служить по старым книгам, даже в Успенском соборе происходили споры по этому вопросу.

Таким образом, во время междупатриаршества и сформировался русский раскол, отторгнувший от Церкви множество ее чад. Основная вина, несомненно, лежит на вождях раскола, дерзнувших противиться и всячески хулить соборные определения Церкви, вынесенные при участии восточных патриархов.