Став патриархом, Никон начал усердно заниматься изучением патриаршей библиотеки. Здесь он нашел грамоту об учреждении патриаршества в России, подписанную восточными патриархами. В ней говорилось, что русский патриарх должен быть во всем согласен с восточными. К этой грамоте был приложен и Символ веры на греческом языке, в котором в 8 члене написано одно слово «Господа» и нет другого слова: «Истинного». Это же увидел патриарх и в Символе, начертанном греческими буквами на саккосе, который 250 лет назад принесен был в Москву митрополитом Фотием.

Весной 1653 г. в Москву прибыл бывший Константинопольский патриарх Афанасий, муж святой, скончавшийся на обратном пути из России в Лубнах (Полтавской области). Он также указывал Никону на отсутствие у греков двуперстного сложения и других местных русских обрядов. Все это явилось непосредственным поводом к новому исправлению богослужебных книг и обрядов.

В 1653 г. перед наступлением Великого поста патриарх Никон разослал по московским церквам «Память» (распоряжение), чтобы во время чтения молитвы святого Ефрема Сирина полагались не все земные поклоны, а только четыре, двенадцать же поклонов полагалось бы поясных, и чтобы крестились тремя перстами.

Протопоп Казанского собора Иван Неронов и протопоп Юрьевца Поволжского Аввакум увидели в этом недоброе: «Видим, яко зима (еретическая) хощет быти». Аввакум с протопопом Даниилом из Костромы сделали даже выписки из книг о сложении перстов и о поклонах и подали государю.

Неронов хулил патриарха, осуждая его действия. «За великое бесчиние» протопоп был сослан в Каменский монастырь. Аввакум по удалении друга хотел по-прежнему служить в Казанском соборе, как делал при Неронове, и собирался читать поучение к народу. Но когда духовенство не разрешило ему служить в соборе, то Аввакум на дворе дома Неронова завел свое всенощное служение и переманивал к себе прихожан Казанского собора. Аввакума хотели расстричь, но царь упросил патриарха не делать этого, и протопоп без лишения священства был сослан в Тобольск. Но и в заточении противники Никона не унимались.

Из ссылки Неронов писал царю послания; в них он обвинял патриарха в несправедливости, во введении ереси непоклоннической и оправдывал двуперстие.

СОБОР 1654 года

Патриарх Никон, видя, что его личные распоряжения становятся поводом к обвинению его в несправедливости, решился повести дело исправления соборным путем. В 1654 г. в царских палатах состоялся первый собор под председательством царя. Патриарх произнес длинную речь о том, что нужно устранять в Церкви «новину», например, то, что Литургия начинается иногда после полудня, что при освящении церквей не полагаются мощи под престолом и тому подобное. Тут же патриарх заявил и о поклонах, относительно же перстосложения заявления не было сделано. По этому вопросу Никон знал колебание царя. Да и сам едва ли еще был уверен твердо в необходимости отмены двуперстного сложения. По этому делу он не раз еще обращался к восточным патриархам.

Относительно всех указанных патриархом несогласий с древними уставами собор единогласно постановил их исправить. То же определил собор и вообще относительно исправления церковных книг. Противодействие на соборе последовало по вопросу о поклонах. Против сокращения числа великих поклонов выступил Павел, епископ Коломенский. Несогласие свое по этому вопросу Павел выразил и в подписи под соборным актом.

Считая Павла Коломенского одним из главных противников предполагавшегося исправления, патриарх Никон после собора низверг его с кафедры, предал телесному наказанию и сослал в заточение, где он вскоре сошел с ума и при неизвестных обстоятельствах скончался.

Еще до собора, готовя дело книжного исправления по греческим подлинникам, Никон вторично отправил на Восток Арсения Суханова, чтобы собрать древние греческие книги. Желание придать делу исправления больший авторитет побудило патриарха Никона обратиться с недоуменными запросами к Константинопольскому патриарху Паисию, которого он просил рассудить вместе с прочими патриархами и архиереями «о разностях и новшествах» и дать совет. Около года спустя был получен ответ в виде послания, или грамоты, патриарха Паисия, подписанный не только патриархом, но и многими иерархами Константинопольской Церкви. Послание это, кроме вступления и заключения, включает в себя ответы на 28 вопросов, которые были предложены патриархом Никоном. Патриарх Паисий, отвечая на вопрос о перстосложении, писал, что на Православном Востоке имеют древнее обыкновение поклоняться, имея первые три перста соединенными вместе, в образ Святой Троицы.

Что касается священнического благословения, то «Церковь благословляет всех, изображая иерейскою рукою имя Мессии» (Иисуса Христа) , т.е. конечные буквы этого имени: Ис.Хс. «А какими перстами начертывает кто эти буквы, это безразлично».

Патриарх Паисий хвалит предстоятеля Русской Церкви, говоря: «Кто боится впасть в малые погрешности, тот предохраняет себя от великих», - но тут же отмечает: «Если случится, что какая-нибудь Церковь будет отличаться от другой какими-либо порядками, неважными и несущественными для веры, например, временем совершения Литургии, или в вопросе о том, какими перстами должен благословлять священник и пр., то это не должно производить никакого разделения... Не следует думать нам, будто извращается наша православная вера, если кто-нибудь имеет чинопоследование, несколько отличающееся от другого в вещах несущественных».