Со времени кончины священномученика Гермогена в 1612 г. до 1619г. Русская Церковь оставалась без патриарха. Во главе Церкви стоял некоторое время Ефрем, митрополит Казанский, а с конца 1613 г. Иона, митрополит Крутицкий. Главный кандидат на патриаршество, митрополит Филарет , был в плену. Он вернулся в Москву после заключения мира и обмена пленниками (Шуйский и Голицын, однако умерли в плену). Царь радостно встретил своего отца, которого и произвели в патриархи, воспользовавшись для его поставления (24 июня 1619г.) пребыванием в Москве патриарха Иерусалимского Феофана.

Патриарх Филарет был сыном Никиты Романовича (родного брата Анастасии Романовны, супруги Грозного). При Годунове, который чувствовал непрочность своего положения, род Романовых подвергся опале, и Федор Никитич (мирское имя патриарха) был пострижен в монашество и отправлен в один из отдаленных монастырей (святого Антония Сийского, Архангельская епархия). Первый самозванец по чувству мнимого родства возвысил Филарета в сан Ростовского митрополита, а второй Лжедимитрий по тем же побуждениям возвел его в сан нареченного всероссийского патриарха.

Царь Михаил Федорович надеялся видеть в своем отце патриархе опытного советника и руководителя; авторитетный боярин Грозного, хорошо знавший систему государственного управления, Филарет оправдал эти надежды. Он являлся не только советником царя, но и соправителем. В его лице произошло соединение высшей духовной и гражданской власти. Он носил титул «Великого государя», и имя его ставилось о грамотах рядам с именем царя.

Ни одно важное государственное дело не решалось без участия патриарха. Подданные писали и подавали свои челобитные царю и патриарху, бояре делали свои доклады о государственных делах перед царем и патриархом. Иностранные послы представлялись и подносили дары одновременно царю и патриарху в царских палатах. С помощью патриарха была урегулирована податная повинность. По его совету произведена была народная перепись с большею строгостью и справедливостью, после которой правительство могло знать сумму государственных сборов; таким образом, отпала возможность сборщикам податей злоупотреблять своими правами. Для ознакомления с местными нуждами разных краев земли Русской вызваны были в Москву выборные люди из всех сословий.

Таким же опытным и энергичным руководителем являлся святитель Филарет и в церковном управлении. Не готовясь смолоду к делам церковным, деятельный патриарх, тем не менее, принес много пользы устроению внутрицерковных дел. Церковный суд при нем не слагал свои полномочия и не отступал от справедливости ни перед кем из сильных мира сего.

Проявлял заботу Филарет Никитич и об исправлении книг, и об охранении Православия от латинства. Но распоряжения патриарха относительно книжных исправлений были не безошибочны. Книжные исправления велись только на основании славянских текстов без проверки их греческими, поэтому вопрос о книжных исправлениях для будущего времени оставался открытым. Книги литовской печати, попадавшие в Москву, подвергались строгой цензуре. «Учительное Евангелие» Кирилла Транквиллиона после пересмотра по распоряжению патриарха было сожжено. Книги, изданные в Литве, запрещено было покупать под страхом наказания от патриарха. Огульное запрещение иметь книги литовской печати наносило ущерб духовному просвещению Московской Руси, которая в этом отношении далеко отставала от юго-западной русской земли. На латинство патриарх Филарет смотрел как на совокупность всякого рода ересей и потому по его настоянию собор 1620 г. определил принимать в Православие из латинства, а также униатов из Литвы, Белоруссии и Украины через перекрещивание, т.к. под влиянием католицизма погружательное крещение тем заменялось обливательным, которое патриарх не считал действительным. Патриарх Филарет скончался 1 октября 1633 года.