На престол взошел князь Василий Иванович Шуйский, а патриархом был поставлен Гермоген, митрополит Казанский. До епископской хиротонии он служил священником в Казанской церкви святителя Николая. Именно он в 1579 г. принял из земли, где она была обретена, Казанскую икону Божией Матери. Затем он постригся в монашество в Казанском Спасском монастыре и был в нем архимандритом. В 1589 г. его поставили Казанским митрополитом. Он написал сказание о явлении и чудесах Казанской иконы; открыл мощи святых Гурия и Варсонофия, Казанских чудотворцев, много заботился об обращении в христианство местных инородцев.

Во время своего патриаршества святитель явился непоколебимой опорой Церкви и государства.

Со смертью Лжедимитрия не кончилась смутная эпоха. На смену первому самозванцу явился второй. Ещё до избрания патриарха, чтобы покончить со слухами о втором самозванце, были торжественно перенесены в Москву из Углича мощи святого царевича Димитрия, Избранием Шуйского на царский престол многие были недовольны, потому что в этом акте не принимали участия представители всей русской земли. Это недовольство было, вероятно, причиной тревожных слухов, что Дмитрий якобы бежал из Москвы во время народного возмущения. Перенесение мощей святого царевича Димитрия в Москву и всенародное заявление матери убитого царевича, инокини Марфы, что Лжедимитрий был действительно самозванец, не смогли успокоить брожение умов.

Патриарх Гермоген разослал грамоты по всей России, в них он извещал народ и духовенство о гибели Лжедимитрия и призывал твердо стоять за веру и Отечество. Кроме того, для успокоения народной совести царь вместе с патриархом решили провести с Москве народное покаяние. Вызван был в Москву престарелый патриарх Иов. При многочисленном стечении народа в Успенском соборе прочитана была челобитная от лица всего народа, в которой русские люди каялись в грехах, совершенных ими в эти смутные годы, и в заключение просили у патриархов разрешения. Со стороны патриархов прочитана была разрешительная грамота.

В Польше, однако, решили воспользоваться еще не утихшим брожением умов в Московском государстве, и там явился новый искатель московской короны. При поддержке польских боевых отрядов запорожских и донских казаков, а также русских изменников самозванец дошел почти до Москвы, остановился лагерем в 12-ти км от нее, в селе Тушино. Ревностные слуги папы плотным кольцом окружали здесь «тушинского вора». В Польше ему были даны подробные наставлении о распространении в России католичества. Предполагалось, в частности, 1) протестантам, как врагам католицизма, запретить въезд в Россию; 2) греческих монахов, находившихся в России, удалить; 3) с осторожностью выбирать людей, с которыми можно было бы вести переговоры насчет унии и еще с большею осторожностью вести сношения с Римом; 4) раздавать высшие должности людям, расположенным к унии; 5) отправлять молодых людей для образования в католические страны и т.д. Близость «тушинского вора» к Москве производила на столицу самое пагубное влияние.

Патриарх Гермоген ясно понимал опасность, нависшую над русской землей. Он писал: «Болит моя душа, болезнует сердце и все внутренности мол терзаются, все составы мои содрогаются. Посмотрите, как Отечество наше расхищается чужими людьми, какому поруганию предаются святые иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиющая к Богу».

Шаткие позиции царя Василия несколько укрепились после побед над тушинцами князя Михаила Скопина-Шуйского, племянника царя, но не надолго. Нашествие Сигизмунда III и внезапная смерть молодого русского военачальника, в которой многие подозревали завистливого царя, сделали положение последнего непоправимым. Сигизмунд III осенью 1609 г. осадил Смоленск и потребовал возведения на русский престол своего сына Владислава (под предлогом водворения порядка в России). Из русских на сторону Сигизмунда раньше всех стали тушинцы и польская партия. Ослабевший самозванец бежал в Калугу. Тушинцы заключили с Сигизмундом договор и признали Владислава царем. Потом в пользу королевича образовалась партия в самой Москве. Польский гетман Жолкевский, стоявший с войском под Москвою, настоятельно требовал избрания Владислава.

В июле 1610 г. толпы народа, поднятые Ляпуновым, Салтыковым и другими боярами, свергли царя Василия с престола, и он был насильно пострижен в монахи.

Вслед за тем немедленно поднялся вопрос об избрании нового царя: народные толпы желали «тушинского вора», бояре - Владислава. Патриарх составлял сильную оппозицию и предлагал выбрать царя из бояр: князя Василия Голицына или Михаила Федоровича Романова, сына Филарета. Стоявшая за королевича польская партия одержала верх и позволила Жолкевскому занять Москву польскими войсками. Для окончательных переговоров с королем отправлены были под Смоленск послы, князь Голицын и митрополит Филарет с келарем Троицкой Лавры Авраамием Палицыным. Патриарх вынужден был согласиться с желанием господствующей партии и сумел настоять только на том, чтобы послы в своих переговорах о Владиславе непременно требовали обращения королевича в православную веру, женитьбы его на русской, а также чтобы он прекратил всякие связи с Римом и управлял Россией независимо от Сигизмунда. Отъезжая к королю, Жолкевский захватил с собою и постриженного царя Василия. Все опасные для Сигизмунда люди теперь очутились в его руках, конечно, он отверг все условия русского посольства и еще более возвысил свои притязания - потребовал московской короны уже для самого себя. В апреле 1611 г. русские послы по повелению раздраженного короля были отправлены в Мариенбург пленниками.

Слухи о притязаниях поляков на Москву и о будущих опасностях для веры производили в народе большое волнение. Патриарх Гермоген взывал к православным о защите отеческой веры. Из Москвы разослана была повсюду обращенная к сердцам русских людей грамота, в которой Патриарх, увещевал города к соединению против общего врага, особо подчеркивал общерусское национальное и религиозное значение Москвы: «Здесь образ Божией Матери, который св. Лука написал; здесь великие светильники и хранители - Петр, Алексий и Иона чудотворцы ...'' В ответ на послание поднялось всенародное ополчение в защиту всероссийских местных святынь. Патриарх стал духовным главой всего земского движения. Это движение сильно встревожило поляков и московских бояр, преданных Сигизмунду. Салтыков решительно потребовал от патриарха, чтобы он написал Ляпунову не ходить к Москве. «Напишу, - ответил Гермоген, - если увижу крещеного Владислава и ляхов, выходящих из Москвы...» Салтыков в бешенстве выхватил нож и бросился на патриарха, но Святитель, осенив его крестным знамением, сказал: «Сие знамение против твоего оружия...» Все новые и новые города поднимались для защиты Москвы и Православия. Еще раз бояре попытались уговорить патриарха остановить русские рати, шедшие к Москве, но он решительно ответил, что только тогда сделает это, когда изменники вместе с польско-литовскими войсками оставят Москву. «Вижу, - говорил он, - попрание истинной веры от еретиков и от вас, изменников, и разорение святых Божиих церквей и не могу слышать пения латинского в Москве». После этого его заточили в Чудов монастырь и лишили всяких средств общения с народом. Бедствия русской земли увеличивались: Москва оставалась в руках поляков, в Пскове обнаружился третий самозванец, какой-то дьякон; некоторые области признавали царем сына Марины; Новгород был взят шведами и т.д.

Но вот к Москве стало приближаться русское ополчение из Нижнего Новгорода и других городов, возглавляемое нижегородским земским старостой Козьмой Мининым и князем Дм. Пожарским. Патриарх Гермоген из своей темницы в последний раз благословил русские рати и вскоре (17 января 1612 года) скончался.

Во главе Русской Церкви временно был поставлен казанский митрополит Ефрем, но без возведения в патриарший сан.

22 октября 1612 г. Москва была освобождена, а 21 февраля 1613 г. избранием на царство Михаила Федоровича Романова был положен конец долгой смуте.