После кратковременного царствования преемника Елизаветы Петра III, пропитанного немецкими и протестантскими понятиями и угрожавшего православной Церкви новым господством немецкого духа, настало царствование Екатерины II (1762-1796) - императрицы-философа ХVIII века, и в России настал свой философский век. Подобно другим государям-философам тогдашней Европы и их министрам, она старалась создать свою правительственную систему на основах тогдашней модной французской философии, которая смотрела на религию только как на известный род "народного умоначертания" и полезное орудие для управления народами, каково бы ни было ее внутреннее содержание. Все эти государи и политики единодушно восставали против католической теории двух властей, стараясь сделать Церковь учреждением только государственным, и против всяких проявлений клерикализма, охотно участвовали в развитии идеи веротерпимости, считая государство по существу индифферентным ко всякой религии, в ломке папского престола, инквизиционных трибуналов, даже клерикальных школ, в ослаблении монашеских орденов, сокращении числа монастырей и особенно в выгодной для казны секуляризации церковных имуществ, т.е. передаче церковных имуществ государству.

У нас никогда не было ни папства, ни унижения государственной власти перед духовной, ни инквизиции, ни монашеских орденов, ни даже систематического клерикализма; но за неимением своей русской точки зрения на дело западная точка зрения принята была в руководство и нашими политиками. У нас тоже заговорили и против религиозного фанатизма, и против теории двух властей, и об ослаблении какого-то опасного могущества духовенства, и об отнятии у него церковных имуществ. Одним из первых и важнейшим делом императрицы, за которое ее восхвалили все мудрецы Европы, было именно дело секуляризации церковных имений.

В строе высшего церковного управления крупных перемен при Екатерине II не было, кроме закрытия при Синоде Коллегии экономии, ведавшей церковными вотчинами; но произведена была важная перемена в личном составе этой администрации, наполнявшемся до сих пор украинцами, мало соответствовавшими видам нового правительства. Точно так же, как в свое время Петр I для интересов реформы старался замещать важнейшие церковные места новыми людьми из ученых украинцев, Екатерина II, ввиду новых реформ, спешила выдвигать на первый план в церковной администрации новых людей из ученых великорусских монахов, готовых со всем усердием служить власти, которая теперь милостиво поднимала их из прежнего их унижения пред украинцами. При ее поддержке возвысились воспитанники Московской академии: Гавриил Петров, архиепископ Петербургский, архиерей-аскет, мудрый, скромный и исполнительный в делах; Платон Левшин, в начале правления Екатерины бывший ректором академии, человек живой, впечатлительный, возбуждавшим общие к себе симпатии, великий оратор и первая знаменитость своего века. Между тем, украинцы все более и более падали в глазах императрицы и постепенно сходили со своих постов. Самый энергичный из них Арсений Ростовский погиб за протест против секуляризации церковных вотчин; дело его всего более повредило репутации украинской партии иерархов.

В обер-прокуроры выбирались люди самых модных понятий о религии и Церкви, излагающие самые либеральные предложения о сокращении постов, об ослаблении почитания икон и мощей, сокращении богослужения, отмене содержания монахам, о посвящении епископов без монашества, о "пристойнейшей" одежде для духовенства, об уничтожении поминовения умерших, облегчении разводов, дозволении браков свыше трех и т.д. Мнения членов Синода редко принимались в уважение, кроме мнений двоих более приближенных к императрице членов, митр. Гавриила и духовника государыни протоиерея Иоанна Памфилова. Последнему императрица пожаловала митру, награду, доселе неслыханную в белом духовенстве и возбудившую неудовольствие в среде монашества и архиереев, видевших в ней унижении митры.

Ко времени царствования ПАВЛА I (сына Петра III и Екатерины II) (1793-1801) синодальная система уже окончательно сложилась.

При нем положение Церкви и клира улучшилось. Принимались меры к тому, чтобы поднять духовенство из того приниженного положения, в каком оно доселе находилось, отменены телесные наказания для священнослужителей по светскому суду, установлена система наград (наперсные кресты).