По смерти Петра (1725 г.) наступил довольно продолжительный период бессилия верховной власти и усиления временщиков, период необыкновенных возвышений и странных падений разных временных людей, во все течение которого дело Петра должно было выдерживать трудную пробу своей исторической прочности. Тревоги этого времени отразились и на Святейшем Синоде. Первым подвергся страшной участи падших Феодосий Яновский. После кончины грозного царя он сделался еще заносчивее, допускал оскорбительные выходки против самой императрицы Екатерины и сильного князя Меньшикова. В конце апреля 1725 года он был арестован и подвергнут розыску. Во время розыска открылись за ним разные злоупотребления по епархии и то, что всех своих домовых служителей он осмелился обязать особой присягой на верность себе, вроде государственной присяги. За все свои вины он был лишен сана и под именем чернеца Феодоса заточен в Корельский монастырь, где через 5 месяцев и умер в тесной и холодной тюрьме.

На место его в Новгород был переведен Феофан и стал первым членом Синода. Но императрица, чувствовавшая себя не совсем твердой на престоле и угождавшая всем партиям, в угоду партии старого боярства, не любившего архиереев-украинцев, в состав членов Синода стала назначать великороссов. Синод был разделен на два параллельных апартамента - духовный, из архиереев, занятый только духовными делами, и светский, названный. Коллегией экономии, из пяти светских лиц, для занятия экономическими делами и управления церковными вотчинами независимый от первого, входивший своими представлениями прямо в Сенат. Для такого смешанного Синода титул Святейшего признан был уже неприличным и заменен титулом Духовный Синод. Все члены Синода были уравнены между собою еще более прежнего через отмену всех прежних коллежских их званий и наименование всех просто членами. Наконец, временные люди постарались обособиться и встать выше всех государственных учреждений, составив из себя "Верховный совет". Синод и Сенат после этого лишились титула "правительствующих". Вся высшая администрация попала в руки Верховного совета, а Синод и Сенат сделались только исполнителями его властных распоряжений.

Еще хуже сделалось положение Святейшего Синода при молодом Петре II, когда всеми делами государства ворочали исключительно временщики - сначала Меньшиков, потом Долгорукие. Реакционный характер этого царствования способствовал еще большему подъему значения великорусской партии иерархов. Все они дружно стали действовать против Феофана. Положение Феофана, бывшего теперь единственным представителем петровских идей в Синоде, сделалось крайне опасным и заставляло его напрягать в разгоревшейся борьбе все силы и всю изворотливость.

Оружие в этой борьбе у его противников было прежнее, которым он был встречен в Москве еще в 1718 г. при Стефане Яворском, - это обвинение в ересях. Еще в 1726 году подан был Святейшему Синоду донос на Феофана в 47 пунктах, будто он, Феофан, не признает церковных преданий и учения святых отцов, не чтит святых икон и мощей, отрицает оправдание делами, смеется над церковными обрядами, акафистами и т.п. Донос этот не имел силы; Феофану легко было доказать, что все из его сочинений написаны были им по мысли Петра Великого и изданы с разрешения Святейшего Синода, и завинить самого доносчика за то, что он осмелился винить в ересях самый Синод и "терзать славу толикаго монарха". Феофан, таким образом, оставался цел и невредим, но положение его было все-таки очень шатко, Феофану могла грозить впереди та же участь, какую недавно испытал Феодосий.

Его избавила от тяжких тревог неожиданная кончина Петра II (1730 г.), за которой последовали восшествие на престол АННЫ ИВАНОВНЫ и падение верховников.

Самую крепкую опору Феофан нашел себе теперь в господствовавшей при дворе немецко-курляндской партии. Та же самая партия старинных людей, которая угрожала недавно ему, была теперь грозою и нового курляндского правительства. Последнее живо чувствовало свою ненациональность и слабость в России, хорошо знало, что право на престол, по завещанию Екатерины I, принадлежало не Анне Ивановне, а дочерям Петра Великого с их потомством, и подозрительно прислушивалось ко всяким толкам о Елизавете. Полемика против немецких ересей и обвинение в них кого-нибудь при таких обстоятельствах легко становилось признаком политической неблагонадежности самих обвинителей и полемистов и влекли за собой неизбежные допросы в "Тайной канцелярии".

Феофан в последнее время достиг такой высоты власти, какой не достигал ни один из архиереев после патриархов. Все архиереи по необходимости преклонялись пред ним. Ученая репутация его стояла высоко не только в России, но и на Западе; вся русская церковная литература сосредоточивалась около него и зависела от его одобрения; его знакомства искали и русские, и иностранные ученые и писатели; он был сильным покровителем молодых талантов, в том числе и Ломоносова. На смертном одре, готовясь предстать на суд Божий, этот величайший ум своего века, предмет удивления для одних и ненависти для других, тоскливо восклицал, обращаясь к себе: "Главо, главо! Разума упившись, куда ся преклонишь?". Память его омрачена связью с "Тайной канцелярией", с ужасами бироновщины; но при оценке его личности не надобно забывать и того, что его время было временем постоянных переворотов в судьбе сильных людей. Умер Феофан в 1736 г.