Стоит отметить еще одно важное начинание, предпринятое при митрополите Макарии. Это создание в Москве типографии и начало книгопечатания.

Ко времени поставления Афанасия в митрополиты, относится начало работы в Москве типографии под руководством диакона Иоанна Федорова. К этому времени книгопечатание уже широко распространилось в Европе. Первые опыты книгопечатания предпринимались в Китае в XI веке. В Европе книгопечатание возникло в 40-х годах XV века. Изобретателем книгопечатания считается житель немецкого города Майнц Иоганн Гутенберг (годы жизни 1440-1468). Он печатал, видимо, сначала небольшие книжки и календари, а в 50-е годы XV века напечатал в Майнце так называемую 42-строчную Библию. Примерно в это же время первые опыты книгопечатания осуществляются в Бельгии, Голландии, Италии, Франции.

Первая датированные книги кириллической печати напечатаны в 1491 году типографом, немцем по национальности, Швайтполем Фиолем в Кракове. Это «Октоих» и «Часослов», предназначенные для православных. Затем он издал также «Триодь постную» и «Триодь цветную». Скончался Фиоль в Кракове около 1525 года.

Второй славянский печатник – Макарий Черногорский, обучившийся типографскому искусству в Венеции. В 1494 году он издал кириллицей в Черногории «Октоих», а в следующем году «Следованную Псалтирь». Затем он издал кириллицей Евангелие в Валахии. Впоследствии Макарий был игуменом монастыря Хилендар на Афоне. Есть недостаточно аргументированная версия, что Макарий Черногорский открыл свою типографию еще в 80-е годы, раньше типографии Фиоля.

В 1519 году черногорец Божидар Вукович открыл кириллическую типографию в Венеции. Первой, изданной им, кириллической книгой стал «Служебник». Сам Вукович не владел типографским искусством, а являлся только владельцем типографии. Печатниками были черногорец монах Пахомий, Моисей из Сербии, монахи Феодосий и Геннадий. До своей кончины в 1540 году Вукович издал несколько кириллических книг, некоторые из которых оказались и в Московской Руси.

Младшим современником Фиоля и старшим современником Иоанна Федорова являлся белорус Франциск Скорина, уроженец Полоцка, сын купца. Он в 1506 году получил степень магистра искусств в Краковском университете, затем много странствовал по Европе и получил где-то степень доктора искусств. Наконец, в Падуанском университете, в Италии, он получил степень доктора медицины. По вероисповедению Скорина был римо-католиком. Затем Скорина создал в Праге славянскую типографию. В 1517 году он издал кириллицей Псалтирь на славянском языке, а в ближайшие два года – еще 22 библейских книги. Общее название этого издания – «Библия Руска, выложенная доктором Франциском Скориною из славного города Полоцка, Богу ко чти и людем посполитым к доброму научению». Переехав в Вильно, Скорина создал еще одну типографию, в которой напечатал «Малую подорожную книжицу» и «Апостол». Все изданные Скориной книги богато иллюстрированы. После 1525 гола Франциск Скорина отошел от типографской деятельности и поселился в Праге, где и скончался около 1551 года.    

Можно считать доказанным, что, еще до появления типографии Иоанна Федорова в Москве действовала так называемая «анонимная типография», устроенная, видимо, в 1553 году. Гипотезу об ее существовании еще в XIX веке выдвинул и обосновал археограф и библиограф, выпускник Московской духовной академии, Алексей Егорович Викторов. Он обнаружил недатированные «Евангелие» и «Триодь», и доказал, что они были изданы в Москве ранее «Апостола», изданного диаконом Иоанном Федоровым. В XX веке такому же выводу пришли советские исследователи. Московская до-федоровская типография получила в науке название «анонимной типографии». Ныне считается, что ее руководителем являлся советник Иоанна IV священник Сильвестр, в кремлевском доме которого она и находилась. Всего типография издала семь книг – три Четвероевангелия, Триодь Постную, Триодь Цветную, две Псалтыри.  

Первая датированная книга московской печати – это именно «Апостол», вышедший 1 февраля 1564 года. Московскими первопечатниками считаются диакон храма святителя Николая (Николы Гостунского) в московском Кремле Иоанн Федоров и его помощник Петр Мстиславец. Возможно, что Федоров получил образование в Краковском университете, основанном еще в 1364 году польским королем Казимиром III Великим. Исследователь Евгений Львович Немировский в 60-е годы XX века обнаружил имя некоего Ивана Федорова Москвитина в списке студентов этого университета. В 1532 году Федоров получил в Краковском университете степень бакалавра. В это время в Кракове действовали три типографии, печатавшие книги латинским шрифтом, однако имелся уже опыт печатания книг кириллических книг Фиолем. В типографиях нередко подрабатывали студенты университета.

Есть несколько аргументов, что московский печатник диакон Иоанн Федоров был связан с Краковом. Помимо упомянутого выше открытия Немировского, указывают также на то, «что одна из заставок, созданного впоследствии Иваном Федоровым, по орнаменту напоминает декоративное украшение «арабеску», использованную в одной из Унглеровских книг». Речь идет о книге, изданной в краковской типографии Унглера. Указывают и на то, что типографский знак Иоанна Федорова похож на герб краковского воеводы Петра Кмиты. «Петр Кмита – большой любитель книг, покровитель поэтов и ученых, оказывал значительную поддержку типографии Унглера. … В те времена существовало право «адаптации», когда дворянин мог «приписать» к своему гербу человека незнатного происхождения, находящегося под его покровительством. Поскольку типография Унглера пользовалась покровительством Кмиты, то Иван Федоров, в числе прочих ее работников, мог получить право использовать его герб».[174]

Итак, можно предположить, что Иоанн Федоров получил образование в Краковском университете и в этом же городе обучился мастерству типографа. Можно также предположить, что Иоанн Федоров, возвратившись в Москву, находился под покровительством митрополита святителя Макария. Вполне возможно, что именно Макарий рукоположил Федорова в сан диакона.

Святитель Макарий не дожил до выхода первой книги издания диакона Иоанна Федорова. «Апостол» Иоанна Федорова вышел из печати двумя днями ранее интронизации митрополита Афанасия. Татьяна Муравьева называет «Апостол» Иоанна Федорова признанным шедевром мирового типографического искусства и указывает на высказывание Дмитрия Сергеевича Лихачева, который писал, что в этом издании «до сих пор не найдено ни одной типографской погрешности (плохих оттисков, непрочно закрепленных строк, нестойкой типографской краски) и ни одной опечатки, без которых не только в России, но и в Западной Европе не обходилось во все последующие века книгопечатания ни одно издание».[175] После «Апостола» Иоанн Федоров и Мстиславец напечатали в Москве в августе-октябре 1565 года также «Часовник» (то есть, Часослов), причем успели за это время осуществить два его издания.

Неизвестны обстоятельства, при которых Иоанн Федоров и Петр Мстиславец, оказались затем в Литве. Ясно, что печатники воспользовались перемирием в Ливонской войне. Можно предположить, что Иоанн Федоров и Петр Мстиславец эмигрировали, опасаясь учрежденной в январе 1565 года опричнины. В Литве они основали типографию в имении гетмана великого княжества Литовского Ходкевича, которое находилось вблизи города Заблудова. Там они напечатали «Учительное Евангелие» и «Псалтирь с Часословцем». Затем пути Иоанн Федорова и Петра Мстиславца разошлись. Федоров переехал во Львов. Там он основал типографию, в которой в 1573-1574 годах переиздал изданный им в Москве «Апостол», затем издал «Азбуку». «Азбука» Иоанна Федорова – первый русский печатный учебник. В Львове Иоанн Федоров запутался в долгах и разорился.

В 1575 году, по приглашению князя Константина Константиновича Острожского, известного ревнителя православия, Иоанн Федоров переехал в Острог, где возглавил работу по изданию «Острожской Библии». Затем он вернулся во Львов, занимался там литьем пушек, изобрел многоствольную мортиру. В 1583 году Иоанн Федоров совершил поездку в Вену, видимо для ознакомления с европейским книгопечатанием. В том же году, по возвращении во Львов, он скончался. Погребен в Онуфриевском монастыре в Львове.