Святитель Геннадий происходил из рода Гонзовых. Постригся он в Валаамском монастыре. Его восприемником при постриге был преподобный Савватий Соловецкий. В Валаамском монастыре сохранился помянник, содержащий перечень почивших родственников святителя – всего более 1.000 имен. Известно, что племянник святителя получил исцеление от мощей преподобного Варлаама Хутынского. Геннадий был настоятелем Чудова монастыря. В это время он подвергся опале от митрополита Геронтия за то, что благословил пить богоявленскую воду после приема пищи. В 1484 году Геннадий становится архиепископом Новгородским. Основной его заслугой стала непримиримая борьба с ересью жидовствующих. Благодаря его усилиям состоялись Соборы против еретиков в 1488, 1492 и 1504 годах.

Другой важной заслугой святителя является создание Геннадиевской Библии. До этого на Руси не было полной Библии. Существовали богослужебные тексты, Четьи-сборники, тексты с толкованиями. Но книги, в которой содержалась бы вся Библия, не было. Это характерно для византийской и древнерусской традиции. Между тем, в Германии Гуттенберг уже издал первую печатную Библию. Святитель Геннадий, начав борьбу с жидовствующими, убедился, что необходима Библия, причем такой текст, который мог бы служить эталоном. Он стал собирать по всей Руси библейские книги. Оказалось, что некоторые книги Ветхого Завета на Руси вообще отсутствуют. Главным сотрудником святителя Геннадия в деле издания Библии был протодиакон Герасим Поповка. Ему помогал его брат высокообразованный Дмитрий Герасимов и писцы Тимофей и Влас. В деле издания Библии участвовал также католический монах хорват Вениамин. Возможно, что именно он привез в Новгород латинскую печатную Библию издания магденбургского печатника Варфоломея Годара. При святителе Геннадии в Новгороде появилось, и было переведено и другое издание Годара «Прение живота со смертью». При составлении Геннадиевской Библии происходила сверка с печатной латинской Библией Годара. Возможно, что в ряде случаев сверялись и с греческим текстом. Недостающие книги прямо переводили с латинского языка. Первый известный экземпляр Геннадиевской Библии датируется 1499 годом. Он принадлежал митрополиту Варлааму и был им пожертвован в Троице-Сергиев монастырь. Геннадиевская Библия имеет вступительные статьи и различные пометки на полях.

Издание Геннадиевской Библии стало следствием духовного подъема, происшедшего в Новгороде. В свою очередь, духовный подъем вызвала борьба с ересью жидовствующих. В центре духовной жизни Новгорода находилась фигура архиепископа Геннадия. Он почти ежедневно совершал крестные хода. Он сделал указание, какие каноны петь во время этих процессий. Причем, каждый второй канон должен был быть посвящен русскому святому или явленной на Руси чудотворной иконе. Святитель Геннадий ввел в Новгороде обычай чина шествия на осляти в Вербное Воскресенье, который вскоре перешел и в Москву. Он учредил престольный праздник Софийского кафедрального собора в Новгороде – в день Успения Божией Матери. Ранее престольный праздник в Софийском соборе не совершался. Святитель Геннадий считается автором молитвы Пресвятой Богородице. Святитель Геннадий составил «Окозрительный Устав». Этот труд позволяет легче усвоить содержание Типикона. С именем святителя Геннадия, как уже указывалось, связано составление пасхалии на 70 лет.

Святитель Геннадий являлся поборником просвещения. Он обучал при своей кафедре желающих принять священный сан. Святитель имел желание открыть в Новгороде училище и обратился к великому князю с письмом по этому поводу.

Святитель Геннадий не пользовался расположением Московских Первосвятителей. За время своего служения на Новгородской кафедре он только один раз получил приглашение принять участие в работе Собора. Это был Собор 1503 года. На нем отменили проторы – плату ставленников за хиротонию. Отмена проторов – также часть борьбы с жидовствующими, которые обвиняли православных в том, что их священники ставились за мзду. В 1503 году святитель Геннадий был смещен с кафедры как раз по обвинению, неизвестно насколько справедливому, во взимании проторов. Святитель Геннадий скончался в 1505 году на покое в Чудовом монастыре.