Практически одновременно с идеей абсолютной науки Гегеля и возникновением «позитивного мышления» разрабатывается радикально иное видение науки. Иррационалистическая трактовка науки впервые фундаментально обоснована Артуром Шопенгауэром, который во многом опирался на идеи Канта. Иррационализм обращает внимание на ту сторону действительности и жизни человека, которая неуловима в научных понятиях, не может быть познана научными методами. Он критикует науку за забвение бытия, за то, что реальное существование человека подменяется и заслоняется научными абстракциями, вымышленными сущностями.

Шопенгауэр утверждал, что подлинная реальность вообще не может быть выражена в понятиях. Она непознаваема для науки. Для разума она – кантовская «вещь в себе». Но она познаваема иным путём, поскольку открывает себя каждому человеку в глубине его собственного «я», в актах воли. Мораль и искусство важнее для познания мира и человека, чем наука.

Суть дела в том, поясняет Шопенгауэр, что научное познание предметно, оно всегда направлено на какие-нибудь объекты. Но по самому смыслу слова объект – это то, что существует для субъекта, то, на что направлены внимание и деятельность субъекта. Нет никаких «объектов» без субъекта. Поэтому любой объект - не настоящая реальность, как она есть «в себе» или «сама по себе», но лишь нечто, относительное к субъекту, или явление. Любые объекты научного познания - это то, что есть для нас, для человеческого интеллекта, для сознания. Лишь человеческое сознание раздвоено на субъективное и объективное, на «я» и «вещь» вне меня. В самой действительности этого раздвоения нет.

Подлинная реальность – это то, что лежит в основе и «я», и «вещи», и «объекта», и «субъекта», и их разделения, и их соединения в познании и практической деятельности. Она – и глубже, и выше всех этих различений. Поэтому она познается лишь тогда, когда эти различия исчезают, т. е. в особого рода интуиции, когда субъект «растворяется» в объекте, а объект «заполняет» собой субъект, и оба они – едино суть.

Поэтому наука, всегда строго отличающая субъективное и объективное, никогда не достигает и не может достичь подлинной реальности. Самая суть науки, её предметность и объективность, с философской точки зрения – её коренной недостаток, её принципиальная ограниченность, фатально предопределяющая научное непонимание сути мира и жизни. Стремясь к чистой объективности, наука и оказывается принципиально субъективным знанием, поскольку отношение к чему-то как к объекту означает, что оно рассматривается лишь в контексте деятельности субъекта, стало быть – в перспективе использования её субъектом в своих интересах. Сущность науки – в манипуляции, а не в познании.

Мир объектов науки (явлений) сплошь рационален, а реальность - иррациональна. В ней нет ни пространства, ни времени, ни причинности, ни законов, ни порядка и гармонии, которые столь любит научный интеллект. Но всё, что мыслит разум – абстракция, фикция. Функция интеллекта вообще и науки в частности – не открывать истинную реальность, а скрывать её, заслонять ужас жизни, рисовать красивые иллюзии (мораль, справедливость, прогресс...). Увы, всё разумное - недействительно, а всё истинно действительное – неразумно и немыслимо. Наука мнит, что может подчинить себе мир, преобразовать его, сделать разумной жизнь людей, но всё это – иллюзии, потому что разум – лишь одна из функций бесконечно более могущественной жизни. Разум не автономен, не самостоятелен, он - всего лишь орудие воли, а воля – слепа, бессмысленна, абсурдна. Воля может всё, но ничего не видит и не понимает; разум способен видеть и понимать, но ничего не может. Поэтому и жизнь человека в сущности мучительна и абсурдна. Весь мир - арена бессмысленного самоутверждения, всеобщего пожирания, бесцельной войны всех против всех. Никакая наука не может исправить это коренное, метафизическое положение вещей. Все её «достижения» касаются совершенно второстепенных для жизни человека вещей. Сущность жизни неизменна (в реальности времени нет), изменяются лишь декорации этой трагедии, которые наука и обслуживает.

Учение Шопенгауэра – образец, по которому можно судить о смысле иррационалистической критики науки, продолженной в «философии жизни» и экзистенциализме - в сочинениях Ницше, Бергсона, Кьеркегора,  Ясперса, Сартра, Хайдеггера и др.