Органы внутреннего государственного финансового контроля создаются исполнительными органами государственной власти, исполнительно-распорядительными органами местного самоуправления муниципальных образований.

Важнейшим органом государственного финансового контроля в системе органов исполнительной власти является Министерство финансов РФ. Постановлением Правительства РФ от 07.04.2004 № 185 определено, что Министерство финансов РФ осуществляет наряду с другими функциями функцию контроля и надзора в финансово-бюджетной сфере, реализация которой предполагает разработку и утверждение:

- порядка организации контроля в финансово-бюджетной сфере;

- порядка осуществления контроля за исполнением федерального бюджета и реализации мер принуждения, применяемых к участникам бюджетного процесса за нарушение бюджетного законодательства.

Федеральное казначейство находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации. Федеральное казначейство функционирует на основании постановления Правительства РФ от 01.12.2004 № 703 «О Федеральном казначействе». Постановлением Правительства РФ от 01.07.2016 № 616 Федеральному казначейству переданы полномочия упраздненной Федеральной службы финансово-бюджетного надзора.

На основании Положения, утвержденного постановлением Правительства РФ от 01.12.2004 № 703, Федеральное казначейство Федеральное казначейство (Казначейство России) является федеральным органом исполнительной власти (федеральной службой), осуществляющим правоприменительные функции по:

- обеспечению исполнения федерального бюджета;

- кассовому обслуживанию исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации;

- предварительному и текущему контролю за ведением операций со средствами федерального бюджета главными распорядителями, распорядителями и получателями средств федерального бюджета;

- функции по контролю и надзору в финансово-бюджетной сфере;

- внешнему контролю качества работы аудиторских организаций, определенных Федеральным законом «Об аудиторской деятельности».

Федеральное казначейство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством Российской Федерации по представлению министра финансов Российской Федерации. Руководитель Федерального казначейства имеет 8 заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности министром финансов Российской Федерации по представлению руководителя Федерального казначейства.

В структуре центрального аппарата Федерального казначейства 22 управления по основным направлениям деятельности. Федеральное казначейство осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы. В каждом субъекте Российской Федерации имеется Управление Федерального казначейства (УФК), в состав которых входят отделения управлений Федерального казначейства (ОФК).

Система органов Федерального казначейства представляет собой единую централизованную систему, построенную по принципу многоуровневой и иерархической организации, где каждый уровень имеет свои задачи, функции и специфику.

Структура Федерального казначейства является трехуровневой (таблица 4).

Таблица 4 – Структура Федерального казначейства

Приказом № 54н от 10.04.2006 утвержден Регламент федерального казначейства, который правила организации деятельности Федерального казначейства по реализации его полномочий, в том числе общие правила организации взаимодействия Федерального казначейства с его территориальными органами, с Министерством финансов Российской Федерации

Структурными подразделениями центрального аппарата Федерального казначейства являются управления по основным направлениям деятельности, в управлениях образуются отделы.

Управления обеспечивают деятельность центрального аппарата Федерального казначейства и осуществляют свои полномочия и функции в соответствии с Регламентом, положением об управлении, утверждаемым приказом Федерального казначейства, а также поручениями руководителя и заместителей руководителя.

Для рассмотрения и выработки решений по отдельным наиболее важным вопросам образуется коллегию Федерального казначейства,  персональный состав которой утверждается приказом Федерального казначейства.

Территориальные органы Федерального казначейства осуществляют полномочия Федерального казначейства на соответствующей территории, исходя из утвержденной в установленном порядке схемы размещения территориальных органов Федерального казначейства, которая утверждается приказом Минфина России.

Главные распорядители средств федерального бюджета, главные администраторы доходов и главные администраторы источников финансирования дефицита федерального бюджета для осуществления внутреннего финансового контроля создают в своей структуре специальные подразделения. Так, например:

- в Министерстве здравоохранения Российской Федерации внутренний финансовый контроль осуществляет Департамент учетной политики и контроля;

- в структуре Министерства спорта Российской Федерации эти функции выполняет Департамент бухгалтерского учета и контрольно-ревизионной деятельности, в котором создан контрольно-ревизионный отдел;

- в Министерстве труда и социальной защиты Российской Федерации в финансовом департаменте функционирует отдел финансового контроля.

В субъектах Российской Федерации внутренний финансовый контроль осуществляют финансовые органы, либо специально созданные для этой цели органы внутреннего финансового контроля, а также главные распорядители бюджетных средств, главные администраторы доходов и главные администраторы источников финансирования дефицита бюджетов.

Например, в Свердловской области для реализации полномочий по осуществлению внутреннего финансового контроля в структуре Министерства финансов создано Управление финансового контроля. Управление является структурным подразделением Министерства финансов Свердловской области, созданным для осуществления полномочий по контролю в финансово-бюджетной сфере. В его составе:

- начальник Управления и его заместитель;

- отдел методологии и организации контрольно-ревизионной работы;

- отдел контрольно-ревизионной работы;

- отдел административного производства;

- 8 межрайонных отделов контрольно-ревизионной работы в городах Артемовском, Ирбите, Каменске-Уральском, Краснотурьинске, Кушве, Невьянске, Нижнем Тагиле, Первоуральске. 

Управление финансового контроля решает следующие основные задачи:

- осуществление внутреннего государственного финансового контроля в сфере бюджетных правоотношений, в том числе, предварительного и последующего контроля;

- осуществление внутреннего государственного финансового контроля в отношении закупок для обеспечения государственных нужд Свердловской области;

- осуществление контроля за использованием Региональным фондом содействия капитальному ремонту общего имущества в многоквартирных домах Свердловской области (региональный оператор) средств областного бюджета, полученных в качестве государственной поддержки Капитального ремонта;

- осуществление производства по делам об административных правонарушениях в финансово-бюджетной сфере в порядке, установленном действующим законодательством;

- применение мер ответственности к нарушителям бюджетного законодательства, законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок в случаях и порядке, установленных бюджетным законодательством Российской Федерации и Кодексом об административных правонарушениях;

- применение к нарушителям бюджетного законодательства бюджетных мер принуждения в случаях и порядке, установленных бюджетным законодательством Российской Федерации;

- осуществление контроля за своевременностью и полнотой устранения выявленных нарушений в финансово-бюджетной сфере;

- осуществление методологической работы по организации контроля в финансово-бюджетной сфере;

- осуществление координации и организационно-методического обеспечения деятельности отделов Управления.

Деятельность Управления финансового контроля осуществляется в соответствии с планом работы, утвержденным министром финансов Свердловской области. План предусматривает проведение проверок целевого и эффективного использования бюджетных средств главными распорядителями и получателями бюджетных средств, при этом особое внимание уделяется контролю за использованием средств, выделяемых на выполнение государственных программ. Значительную часть деятельности занимает проведение комплексных проверок формирования и исполнения бюджетов муниципальных образований и целевого использования средств, выделяемых из областного бюджета.

Главные распорядители бюджетных средств, главные администраторы доходов, главные администраторы источников финансирования дефицита бюджетов, которыми обычно являются органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, либо создают специальные контрольные подразделения, либо возлагают функции финансового контроля на отделы бухгалтерского учета, отчетности и контроля.

При проведении проверок и ревизий в подведомственных организациях обычно проверяется соблюдение законности и финансовой дисциплины при использовании бюджетных средств их получателями, сохранность денежных и материальных ценностей, правильность постановки бухгалтерского учета и отчетности.

В муниципальных образованиях осуществление внутреннего финансового контроля обычно возлагается на финансовые органы, а у главных распорядителей бюджетных средств, главных администраторов доходов и главных администраторов источников финансирования дефицита бюджетов – на бухгалтерии этих органов.