Уже в конце войны политическую жизнь в Португалии будоражил вопрос низложения короля.

На момент кончины Жуана IV в 1656 г. наследнику трона Афон-су VI было тринадцать лет. Таким образом, ему не хватало одного года до того возраста, когда, согласно традиции, он мог взять в свои руки власть. В этой ситуации регентство было передано вдовствующей королеве Луизе ди Гужман. Однако же новый король был больным: перенесенная в детстве болезнь сделала его инвалидом, он с трудом мог ходить. Противники постоянно утверждали, что помимо физических увечий Афонсу страдает слабоумием и частичным сумасшествием, но его сторонники относили такие обвинения на счет политических интриг. Так или иначе, его мать сохранила регентство в течение шести лет, то есть еще на пять лет после достижения ее сыном необходимого возраста для управления страной.

В 1662 г. один знатный юноша, которого регентша назначила на службу к королю, граф Каштелу-Мельор, решил захватить власть. Он сумел убедить короля прекратить регентство и начать править страной. Значительная часть знати поддержала эти перемены, которые свелись к дворцовому перевороту. Каштелу-Мельор начал правление в качестве тайного секретаря. Это был пост, который не существовал со времен короля Себаштиана.

Страна переживала опасную и решительную фазу войны за независимость. Граф продемонстрировал большую активность в ведении войны, и во время его правления португальские войска добились решающих побед. Испания, измотанная поражениями в Европе, не могла продолжать наступление даже против такого слабого противника, как Португалия. Каштелу-Мельор считал, что наступило время увеличить усилия для получения больших выгод при заключении мира. К военным приготовлениям он добавил дипломатические меры и пытался обеспечить поддержку Франции, женив молодого короля на французской принцессе. В итоге сложных переговоров Людовик XIV согласился на брак между португальским королем и дочерью герцога Немурского Марией Франсуазой Изабеллой Савойской, которая также приходилась ему родственницей. Свадьба Афонсу VI состоялась в 1666 г., а через год был подписан военный пакт между Португалией и Францией.

Однако в это время знать уже была недовольна Каштелу-Мельором, настаивавшим на продолжении войны, от которой все устали. Помимо этого шли разговоры о том, что король — импотент и по причине отсутствия наследника португальская корона опять может подвергнуться опасности. Впрочем, у короля был брат, Педру, который должен был унаследовать трон в случае отсутствия детей у Афонсу VI. Именно вокруг Педру объединилась знать, которая желала покончить с властью временщика.

Со свадьбой короля разразился кризис. Королева и принц Педру быстро достигли взаимопонимания, чтобы заставить Афонсу VI уволить Каштелу-Мельора. Спустя некоторое время королева покинула дворец и объявила себя под защитой монастыря, попросив капитул лиссабонской епархии аннулировать ее брак по причине импотенции короля. Поскольку Афонсу VI не получил никакой поддержки, он подписал документ, который объявлял «отказ от своего царствования на веки вечные в пользу господина инфанта дона Педру и его детей и законных потомков, с объявлением, что из их ренты сохраняет за собой сто тысяч крузаду ренты ежегодно».

Афонсу посадили на корабль и отправили на Азорские острова, где он провел несколько лет в заточении. Он закончил свою жизнь в затворничестве в одной из комнат дворца Синтры. Тем временем капитул епархии объявил брак аннулированным как несостоявшийся. Педру женился на королеве и правил в качестве регента до смерти брата (1683).

Эти события назвали «французским заговором», поскольку политические агенты, которые сопровождали королеву в Португалии, играли активную роль в событиях, происходивших в стране. Вокруг этого обстоятельства возникло много изощренных предположений. Но очевидные причины не нуждаются в каких-либо дополнительных гипотезах: стремление к миру и соперничество среди представителей знати, пришедших к власти после того, как Каштелу-Мельор исчез с политической арены.

Уже в следующем году (1668), после поспешных переговоров, во время которых португальцы приняли условия, ранее отвергнутые Каштелу-Мельором, был подписан мирный договор: Испания признала независимость Португалии, каждая из сторон возвращала пленных и захваченные населенные пункты. Испания оставляла за собой город Сеута, где португальское правление так и не было восстановлено: в 1640 г. фидалгу, управлявший городом, предпочел подчиниться Филиппу IV.