В Генеральной прокуратуре образуется коллегия в составе Генерального прокурора (председателя), его 1-го заместителя и заместителей, других прокурорских работников, назначенных Генеральным прокурором. Коллегия является совещательным органом, на её заседаниях вырабатываются решения по наиболее актуальным вопросам организации и деятельности прокуратуры, планы работы, итоги работы за определенный период, проблемы, в решении которых принимает участие прокуратура, и др. Заседания проводятся согласно плану или по указу Генерального прокурора, но не реже 1 раза в 2 месяца.

Оперативные совещания при Генеральном прокуроре, его заместителе, главном управлении, управлении и отделах проводится по мере необходимости. Порядок и сроки их проведения, круг участников определяется в каждом конкретном случае руководителем.

Структуру Генеральной прокуратуры составляют главное управление, управления и отделы (на правах управления либо в их составе). Их возглавляют старшие помощники Генерального прокурора. Например, главное управление кадров, главное управление по надзору за следствием и др.

В Генеральной прокуратуре Российской Федерации образуется на правах структурного подразделения Главная военная прокуратура, возглавляемая заместителем Генерального прокурора Российской Федерации - Главным военным прокурором.

Управления Генеральной прокуратуры по федеральным округам осуществляют руководство и контроль за деятельностью находятся в федеральных округах прокуратур субъектов РФ в рамках предоставленных им полномочий и предмета ведения. Они проводят комплексные и целевые проверки при выполнении возложенных на них функций управления, поддерживают деловые связи с научными и образовательными учреждениями, взаимодействуют с полномочными представителями президента в федеральных округах.

В целях решения возложенных на них задач управления по федеральным округам:

1) осуществляют надзор за исполнением законов федеральных органов исполнительной власти, органов контроля и их должностных лиц в соответствии с федеральными округами, за соответствием закону издаваемыми ими правовыми актами;

2) осуществляют надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина этими органами;

3) осуществляют надзор за исполнением законов федеральных органов исполнительной власти, ведущими оперативно-розыскную деятельность, дознание, предварительное следствие;

4) организуют и контролируют деятельность прокуратур субъектов РФ по надзору за соблюдением органами законодательной власти и органами исполнительной власти субъектов РФ, органами местного самоуправления законодательства в сфере государственного строительства и федерализма, а по указанию Генерального прокурора – и в других сферах;

5) анализируют и обобщают данные о состоянии законности и правопорядка на территории федеральных округов;

6) обеспечивают координацию деятельности федеральных правоохранительных органов в округе по борьбе с преступностью, а также осуществляют иные функции, вытекающие из возложенных на управление задач. 

При Генеральной прокуратуре действует научно-консультативный совет для рассмотрения вопросов, связанных с организацией и деятельностью органов прокуратуры. Целью его деятельности является научное содействие органам прокуратуры Российской Федерации в выполнении возложенных на них задач. Научно-консультативный совет обсуждает и вырабатывает научно обоснованные рекомендации по проблемным вопросам прокурорского надзора, правотворческой деятельности, правоприменительной практики, совершенствованию координационной деятельности прокурорского надзора, участвует в доработке проектов нормативно-правовых актов. Положение о научно-консультативном совете утверждается Генеральным прокурором Российской Федерации.

Прокуратуры субъектов РФ.

Прокуратуры субъектов РФ как среднее звено системы органов прокуратуры образует в соответствии с административно-территориальным делением и национально-государственным устройством РФ (ст. 15 ФЗ «О прокуратуре РФ»).

В прокуратуре субъектов созданы коллегии, образованы управления и отделы. На прокуроров субъектов РФ возлагаются полномочия, закреплённые в статье 18 ФЗ «О прокуратуре», в Приказе Генеральной прокуратуры «О разграничении компетенции прокуроров территориальных, военных и других специализированных прокуратур».

Наряду с территориальной прокуратурой субъекта РФ организованы и действуют военные и другие специализированные прокуратуры, приравненные к ним. В основу их создания и функционирования положены принципы формирования вооружённых сил РФ, состав пользователей природных ресурсов, особенности обеспечения законности на транспортных магистралях, специфичность обеспечения законности в МЧС и учреждениях исполнения наказания. Выделяют следующие специализированные прокуратуры:

1) военные;

2) природоохранные;

3) транспортные;

4) прокуратуры закрытых административно-территориальных образований (ЗАТО);

5) прокуратуры по надзору за исполнением законов в местах исполнения наказания.

Военные прокуратуры.

Возглавляет Главная военная прокуратура, которая входит в Генеральную прокуратуру РФ и является самостоятельным структурным подразделением в её составе. В настоящее время в соответствии с военно-административным делением России в состав органов военной прокуратуры входят: Главная военная прокуратура, военные прокуратуры ракетных войск стратегического назначения, Западного, Южного, Центрального и Восточного военных округов, Балтийского, Северного и Тихоокеанского флота, Московская городская военная прокуратура, а также 151 военная прокуратура гарнизонов и объединений. Среднее звено военных прокуратур – прокуратур округов, флотов, ракетных войск стратегического назначения, Московская городская военная прокуратура и иные приравненные к ним военные прокуратуры. Основное звено - военные прокуратуры объединённые, соединённые, гарнизонов. Органы военной прокуратуры действуют на всей территории России, а также в составе российских воинских формирований на территории 9 иностранных государств. Органы военной прокуратуры являются единственным уполномоченным правоохранительным органом государства, осуществляющим свои полномочия по обеспечению законности и правопорядка в соединениях и воинских частях, находящихся за рубежом. Наряду с поддержанием правовыми средствами боеготовности и боеспособности армии и флота одной из важнейших составляющих деятельности военной прокуратуры является надзор за соблюдением прав и свобод военнослужащих и членов их семей, обеспечение их социальной защищённости.     

Полномочия военных прокуроров закреплены в ст. 47 ФЗ о прокуратуре.