Академический сектор науки образуют Российская академия наук (далее именуется – РАН) и отраслевые академии наук, имеющие государственный статус: Российская академия медицинских наук (далее именуется – РАМН), Российская академия сельскохозяйственных наук (далее именуется – РАСХН), Российская академия образования (далее именуется – РАО), Российская академия архитектуры и строительных наук (далее именуется – РААСН), Российская академия художеств (далее именуется – РАХ).

Правовые основы академического сектора науки установлены Федеральным законом от 23 августа 1996 г. №127-ФЗ “О науке и государственной научно-технической политике”. РАН и отраслевые академии наук являются некоммерческими организациями (учреждениями), имеющими государственный статус, которые наделяются правом управления своей деятельностью, правом владения, пользования и распоряжения переданным им имуществом, находящимся в федеральной собственности, в том числе правом на создание, реорганизацию и ликвидацию входящих в их состав предприятий, учреждений и организаций, закрепление за ними федерального имущества, а также правом на утверждение их уставов и назначение руководителей.

РАН и отраслевые академии наук, имеющие государственный статус, построены по научно-отраслевому и территориальному принципу. Каждая из академий имеет в своем составе специализированные по областям науки отделения, региональные отделения и научные центры. В отделения в качестве основных структурных элементов входят научно-исследовательские институты, а также иные учреждения.

Главным центром проведения фундаментальных исследований в стране является Российская академия наук. В настоящее время РАН включает девять специализированных отделений (математических наук; физических наук; информационных технологий и вычислительных систем; энергетики, машиностроения, механики и процессов управления; химии и наук о материалах; биологических наук; наук о Земле; общественных наук; историко-филологических наук), три региональных отделения (Сибирское, Уральское, Дальневосточное) и 14 региональных научных центров. В  2003 г. в составе РАН насчитывалось 463 организации, выполняющие исследования и разработки, что составляло 12,2% от общего их числа в стране (в 1999 году – 454 организации или 11,1%).

В Российской академии сельскохозяйственных наук имеется  8 отраслевых отделений (экономики и земельных отношений агропромышленного комплекса; земледелия, мелиорации и лесного хозяйства; растениеводства; защиты растений; зоотехнии; ветеринарной медицины; механизации, электрификации и автоматизации; хранения и переработки сельскохозяйственной продукции), одно региональное отделение (Сибирское) и 10 региональных научно-методических центров. В 2003 г. в составе РАСХН насчитывалось 286 организаций, выполняющих исследования и разработки (7,5% от общего числа таких организаций в стране, в 1999 году – 266 организации или 6,5%).

Российская академия медицинских наук состоит из трех отраслевых отделений (медико-биологических наук; клинической медицины; профилактической медицины), двух региональных отделений (Сибирское, Северо-Западное) и 24 региональных научных центров. В 2003 году в составе РАМН насчитывалось 67 организаций, выполняющих исследования и разработки (1,8% от общего числа таких организаций в стране, в 1999 году – 62 организации и 1,5%).

В Российской академии образования имеется пять отраслевых отделений (философии образования и теоретической педагогики; психологии и возрастной физиологии; общего среднего образования; профессионального образования; образования и культуры), пять региональных отделений (Северо-Западное, Поволжское, Сибирское, Уральское, Южное) и 26 научных учреждений.

Российская академия архитектуры и строительных наук включает три отраслевых отделения (архитектуры; градостроительства; строительных наук) и шесть региональных отделений (Волжское, Северо-Западное, Сибирское, Уральское, Центральное, Южное), насчитывает в своем составе семь научных учреждений.

Академический сектор науки представлен достаточно крупными организациями. Если в среднем по научным организациям государственного сектора науки численность персонала составляет порядка 230 человек, частного сектора – 137 человек, то по академическому сектору – 184 человека. В 2003 г. внутренние затраты на исследования и разработки по трем академиям наук (РАН, РАСХН, РАМН), вклад которых в проведение исследований и разработок является наибольшим, составили около 23 млрд. руб., а численность персонала, занятого исследованиями и разработками – 148338 человек.