5 декабря 1747 г., около пяти часов утра, в здании Кунсткамеры произошел разрушительный пожар. Очаг возгорания находился в башне у западного крыла у галереи. Деревянная башня, в которой находилась обсерватория с инструментами, выгорела полностью. От Готторпского глобуса остался лишь металлический остов и дверца, которая в момент пожара хранилась отдельно от самого глобуса.

Галерея, в которой располагались шкафы с этнографическими коллекциями, также сильно пострадала и, в частности, многие привезенные участниками экспедиций предметы одежды, быта, верований народов Сибири, а также китайские вещи были уничтожены огнем. Боясь, что огонь распространится на всё здание, служащие выбрасывали вещи, книги, документы из окон на снег. В результате этих действий музею был нанесен ущерб больше, чем собственно от огня. К.Г. Разумовский справедливо замечал, что от «скоропостижной выноски» экспонатов пострадало больше, чем от пожара. К тому же существенная часть экспонатов во время ночного переполоха была расхищена, в связи с чем был издан специальный указ, требующий возвращения вещей в Академию наук. Сохранившиеся экспонаты были перевезены в дома Демидова и Строганова, которые располагались недалеко от здания Кунсткамеры. Для восстановления музейных фондов были предпринят целый ряд мер: были составлены примерные списки утраченного, которые в 1761 г. были разосланы по губерниям с просьбой о сборе вещей и отправке их в Академию. До этого в 1753 г. был составлен список с рисунками китайских вещей, переданный отправлявшемуся в Китай академическому лекарю Ф.Елачичу. Для восстановления зоологической коллекции на аукционе в Амстердаме в 1752 г. были приобретены экспонаты из второго собрания Альберта Себы.

Экспонаты вернулись в отремонтированное здание лишь в конце 1766 г. Однако башня Кунсткамеры в её историческом виде была восстановлена лишь через 200 лет.

Поездка Ф.-Л. Елачича в Китай с поручением от Академии наук в 1753—1756 гг.

Обширные коллекции по традиционной культуре и быту Китая, в основном изделия художественных ремесел из фарфора, камня, кости, отлитые из металла, занимали ведущее место в собраниях Кунсткамеры первой трети XVIII в., что отражало как увлечение китайским искусством в образованных кругах российского общества, так и интересы политического, экономического и научного характера. В музее хранились китайские предметы из собраний Петра I, генерал-фельдмаршала Я.В. Брюса, а также привезенные доктором Д.Г. Мессершмидтом из экспедиции в Сибирь.

В пожаре, разразившемся в Кунсткамере 5 декабря 1747 г., была утрачена подавляющая часть китайской коллекции музея. Основным источником воссоздания китайских собраний после пожара стала поездка лекаря Франца Луки Елачича в Китай (1753-1756 гг.).

Франц Лука Елачич прибыл в Россию около 1740 г.. С 1743 г. - подлекарь в Санкт-Петербургском генеральном сухопутном госпитале. В 1743-1747 гг. служил лекарем при «чайном» торговом караване в Китай. В начале 1754 г. был назначен лекарем при караване в Китай под начальством А.М. Владыкина. Академия наук поручила Елачичу привезти из Китая коллекции для Кунсткамеры, а Медицинская канцелярия дала ему отдельное поручение привезти из Пекина 1/4 фунта корня женьшеня и сведения о растении.

Для сбора китайских коллекций Академия наук передала Ф.-Л. Елачичу список с перечнем необходимых предметов и альбом копий рисунков уже бывших в Кунсткамере китайских экспонатов, большая часть которых была утрачена в результате пожара. Через вещественные памятники предполагалось составить максимально полную панораму культуры Китая: от кукол, изображающих чиновников, военных, священнослужителей и пр. до оружия, моделей судов, наборов для каллиграфии, музыкальных инструментов с нотами, игр с описаниями. В июне 1756 г., возвратившись из Китая, Ф.Л. Елачич представил Академии наук результаты экспедиции. По заключению переводчика китайского и маньчжурского языков Л.К. Россохина и унтер-библиотекаря И.К. Тауберта собранные в Китае предметы превосходили сгоревшие не только числом, но и «куриозностью» - познавательностью как для ученых, так и для посетителей музея Академии наук

Сибирские коллекции

Коллекции по этнографии народов Сибири занимали одно из ведущих мест на экспозиции Кунсткамеры Академии наук.

Предметы традиционной духовной и материальной культуры народов Сибири поступали в музей из сибирской экспедиции Д.Г. Мессершмидта, от участников академического отряда Второй Камчатской экспедиции Г.Ф. Миллера, С.П. Крашенинникова, Г.В. Стеллера.

В пожаре, разразившемся в Кунсткамере 5 декабря 1747 г., погибла большая часть первых сибирский собраний.

По специальному указу императрицы Елизаветы Петровны от 13 января 1761 г. был организован систематический сбор предметов костюмов народов Сибири по приложенному к указу реестру и отправке их через Сибирский приказ в Академию наук. Указ с реестром был разослан во все сибирские канцелярии. Академия наук в переписке с Сибирской губернской канцелярией уточняла, что предметы надлежало приобретать без нанесения обиды и ущерба местным жителям, платить ту цену, которую просил продавец.

К концу XVIII в. на экспозиции Кунсткамеры были представлены одежда, обувь, головные уборы, берестяная утварь и предметы быта угорских народов Западной Сибири; летняя, зимняя и промысловая одежда тунгусов и самодийцев; детали конской упряжи и военное снаряжение бурят; орудия рыболовства и охоты на морского зверя эскимосов, коряков; ритуальные костюмы и бубны сибирских шаманов, изображения божеств и амулеты.

Коллекции экспонировались в шкафах, но уже со второй половины XVIII в. ритуальные костюмы тунгусских шамана и шаманки, традиционные мужские и женские костюмы тунгусов, хантов и эвенов демонстрировались на манекенах, выполненных с учетом особенностей внешнего облика представляемых народов

Экспедиции Академии наук по географо-экономическому изучению России (1768-1774)

В 1768-1774 гг. Академией наук был проведен ряд «физических» экспедиций, работавших в Поволжье, на Урале, Европейском севере, в Сибири, Прикаспии, на Кавказе. Возглавили экспедиции П.С. Паллас, И.И. Лепехин, С.Г. Гмелин, И.П. Фальк, И.Г. Георги, И.А. Гильденштедт. В состав экспедиций также входили Н. П. Рычков, Н.Я. Озерецковский и др.

Перед экспедициями были поставлены комплексные задачи по экономико-географическому исследованию территорий Российской империи. Кроме своего рода экономико-хозяйственной инвентаризации земель, ученые должны были описывать обряды и обычаи местных жителей, записывать сказания о событиях старины, осматривать и описывать древние сооружения. Участникам экспедиций предписывалось стараться пополнять кабинет естественной истории Кунсткамеры уникальными, либо характерными только для определенной местности видами флоры и фауны, а также восполнять лакуны в собраниях Кунсткамеры. По такому же принципу они должны были собирать другие «достопамятности». Из экспедиций в Кунсткамеру присылали преимущественно ботанические, зоологические, минералогические коллекции.

Поступление этнографических памятников связано с экспедицией профессора натуральной истории П.С. Палласа, возглавившего экспедицию в Оренбургский край. Корреспонденция ученого и характер сбора показывают, что Паллас стремился восполнить пустоты в собраниях Кунсткамеры по традиционной культуре народов Российской империи. Так в Кунсткамеру были передана коллекция предметов костюмов народов Поволжья и коллекция литой позолоченной монгольской и калмыцкой буддийской скульптуры