Основными принципами построения АКС служат: системный подход, модульность и иерархичность, переход на единые дискретные основы построения аппаратуры, стандартизация оборудования, повышенная надежность, приоритет оператора, самоконтроль.

Системный подход заключается в учете всех особенностей автоматизируемого процесса, всех существенных связей между различными частями системы, между ней и другими системами, между системой и внешней средой, между системой и оператором с целью достижения максимальной эффективности системы.

Модульность состоит в разделении аппаратуры и/или Программного обеспечения на отдельные, в определенной мере автономные структуры (модули, блоки, подсистемы), которые могут функционировать как отдельно при решении своих локальных задач, так и совместно при решении общей задачи. Модульное построение облегчает приспособление систем к особенностям судов и к отличиям выполняемых ими задач и облегчает расширение функций систем при их совершенствовании.

Иерархичность означает такую организацию структуры системы и ее программного обеспечения, когда модули располагаются по уровням их значимости. Модули на низшем уровне решают узкие задачи, а другие модули, высшие по иерархии, обеспечивают решение задач более высокого уровня путем управления и коррекции модулей низшего уровня.

Переход на единые дискретные принципы аппаратуры означает построение ее на основе микропроцессорной техники. Такое построение позволяет более просто и надежно организовывать взаимодействие между частями системы, а также между системой и другим оборудованием.

Стандартизация оборудования направлена на обеспечение требуемых эксплуатационных характеристик и совместимости различного вида навигационной аппаратуры, выпускаемой различными фирмами и организациями.

Повышенная надежность технического и программного обеспечения АКС обусловливается повышенной опасностью Процесса судовождения, высокой стоимостью объекта управления, перевозимого груза и тяжелыми экологическими последствиями аварий судов. В АКС должны быть предусмотрены средства резервирования, повышающие надежность системы и обеспечивающие навигационную безопасность плавания на протяжении части рейса, оставшейся после выхода АКС из строя. Система и сопрягаемые с ней устройства должны работать при отклонениях от номинальных значений параметров судового электропитания и иметь возможность работы от аварийных источников при перерывах в подаче электроэнергии.

Самоконтроль. Ввиду повышенной опасности процесса судовождения, возможных больших убытков от неправильного функционирования, сбоев и выхода из строя, в АКС должен реализовываться автоматический контроль за работой аппаратуры и автоматическая диагностика неисправных элементов. Кроме того, в АКС должны быть и средства проверки правильности работы программного обеспечения. При сбоях в работе и появлении неисправности должна срабатывать сигнализация.

Приоритет оператора. Ввиду невозможности запрограммировать все ситуации, которые могут возникнуть в процессе судовождения, и учесть с помощью средств автоматизации все влияющие на этот процесс факторы, главная роль в принятии решений в этом процессе отводится судоводителю. АКС представляет собой только инструмент, назначение которого - максимальная помощь судоводителю в обеспечении безопасного плавания. Ответственность за принятые решения лежит полностью на судоводителе. Поэтому он должен уметь эффективно использовать средства автоматизации, знать ограничения и недостатки этих средств, использовать малейшую возможность для контроля их работы и правильности получаемой от них информации