Алгоритм лабораторной диагностики ВП при подозрении на пневмококковую этиологию различен для пневмоний с различной тяжестью течения, для пациентов с выраженным иммунодефицитом и детей. Различия будут наблюдаться в предпочтительном наборе методов лабораторной диагностики, порядке их использования и спектре биологического материала для исследования.

При «тяжелых» формах ВП (госпитализация в ОРИТ), которые могут быть обусловлены инвазивной пневмококковой инфекцией, диагностические тесты должны быть в первую очередь направлены на быструю выдачу предварительного результата. Методами экспресс-анализа у взрослых будут являться ИХА (исследование мочи), бактериоскопический метод и метод Нейфельда (исследование БАЛ, промывных вод бронхов, биоптата бронхов, полученного с помощью защищенных щеток, биоптата легких, плевральной жидкости), латекс-агглютинация (исследование сыворотки крови).

Исследование плевральной жидкости выполняется при наличии плеврального выпота и условий безопасного проведения плевральной пункции (визуализация на латерограмме свободно смещаемой жидкости с толщиной слоя > 1,0 см) и предусматривает бактериоскопию мазка, окрашенного по Граму с последующим культуральным исследованием.

Положительный результат бактериоскопии, латекс-агглютинации и ИХА является предварительным, в то время как отрицательный результат не может исключить наличие пневмококковой инфекции.

Для идентификации S . pneumoniae может применяться ПЦР (исследование мокроты, аспиратов из трахеи или БАЛ в количественном формате, крови и плевральной жидкости в качественном или количественном формате).

Бактериологический метод (исследование крови, БАЛ, плевральной жидкости, мокроты) служит для подтверждения предварительного диагноза и определения чувствительности к антибактериальным препаратам.

При выделении возбудителя также возможно проведение молекулярно-генетического «серотипирования». Именно у этой категории пациентов выделяют наиболее вирулентные капсульные штаммы пневмококка. Алгоритм диагностики «тяжелых» форм пневмоний должен учитывать возможность присутствия других возбудителей бактериальной природы (микст-формы), а так же легионеллезную и вирусно-бактериальную этиологию заболевания. Именно поэтому в комплекс диагностических мер необходимо включить дополнительные методы по выделению прочих бактериальных патогенов с учетом спектра их чувствительности к антибиотикам, провести экспресс-диагностику на присутствие легионелл, вирусов гриппа (в период эпидемического подъема) и других возбудителей ОРВИ (преимущественно у детей до 5 лет и лиц старше 65 лет).

При «нетяжелых» формах ВП целью этиологической диагностики является получение наиболее достоверного и полного результата. В качестве предварительной диагностики у взрослых может использоваться ИХА (моча). Для идентификации S . pneumoniae может применяться ПЦР (исследование мокроты, аспиратов из трахеи или БАЛ в количественном формате, крови и плевральной жидкости в качественном или количественном формате). Для окончательной постановки диагноза и определения чувствительности к антибиотикам проводят бактериологическое исследование мокроты или аспиратов из трахеи, а также венозной крови.

При диагностике нетяжелых форм пневмоний необходимо учитывать возможность микоплазменной, хламидийной и вирусной этиологии (гриппа во время эпидемического подъема, остальных ОРВИ согласно МУК 4.2.3115-13 - у детей до 5 лет и взрослых старше 65 лет). У детей высока вероятность смешанной бактериально-вирусной инфекции.

При проведении лабораторной диагностики ВП у детей следует учитывать, что ИХА не применяется, а получение полноценной мокроты бывает затруднительно. С целью отбора образцов для анализа рекомендуется применять способы индукции мокроты (МУ 4.2.3115-13) или брать аспираты из трахеи. Если же удается получить мокроту (или аспираты из трахеи), экспресс-анализ у детей проводится с помощью бактериоскопии и метода Нейфельда (исследование мокроты, аспиратов из трахеи, плевральной жидкости), латекс-агглютинации при тяжелом течении (исследование сыворотки крови), ПЦР (исследование крови в качественном или количественном формате (при тяжелом течении), мокроты, аспиратов из трахеи или БАЛ в количественном формате, плевральной жидкости в качественном или количественном формате). При невозможности получения мокроты и аспиратов из трахеи у детей допустимо для исследования методом ПЦР в количественном формате использование мазков из верхних дыхательных путей  (ротоглотка и носоглотка), однако в связи с возможным носительством пневмококка диагностическая ценность такого материала гораздо ниже; в этом случае клинически значимым можно считать обнаружение ДНК S . pneumoniae в количестве ≥ 10⁵ ГЭ/мл (10⁵ копий/мл). При интерпретации результатов бактериоскопии и латекс-агглютинации следует учитывать высокий уровень носительства пневмококков и стрептококков группы viridans в популяции детей.

Диагностика ВП у пациентов с выраженным иммунодефицитом требует исследования расширенного этиологического спектра. Наряду с лабораторной диагностикой, нацеленной на выделение пневмококка в зависимости от тяжести состояния (см. выше) в комплекс лабораторных исследований включают тесты по обнаружению профильных патогенов, регламентированных МУК 4.2.3115-13. Биологическим материалом для исследования является мокрота, венозная кровь, инвазивные респираторные образцы (БАЛ, материал, полученный при бронхоскопии, защищенной браш-биопсии и др.) и плевральная жидкость. Культуральное исследование инвазивных респираторных образцов при ВП рекомендуется проводить пациентам с иммунодефицитом, данный метод может использоваться в отдельных случаях при тяжелой ВП, а также неэффективности стартовой антибактериальной терапии (АБТ).

При расшифровке вспышек ВП должен быть использован комплекс методов лабораторной диагностики.

Биологический материал (выделенные культуры пневмококка) от больных с тяжелым или атипичным течением, из эпидемических очагов пневмококковой инфекции следует направлять в региональный научно-методический центр по мониторингу или соответствующие референс-центры, согласно действующим нормативным документам. Целью исследований в этом случае будет углубленное изучение биологических свойств изолятов S . pneumoniae, их эпидемиологическое типирование (маркирование) и оценка устойчивости к противомикробным средствам (антибиотикам, бактериофагам, дезинфицирующим средствам и пр.).

Библиографический указатель

1. Акимкин В.Г. Организационно-эпидемиологические аспекты профилактики внебольничной пневмонии в воинских коллективах / В.Г. Акимкин, А.Б. Белевитин, В.Д. Мосягин и др. // Военно-медицинский журнал. – 2009. - № 9. – С. 56-63.
2. Баранов А.А., Брико Н.И., Намазова-Баранова Л.С., Ряпис Л.А. Стрептококки и пневмококки / Руководство для врачей. - Ростов-на –Дону: Феникс. - 2013. - 302 с.
3. Баранов А.А., Намазова Л.С., Таточенко В.К. Пневмококковая инфекция и связанные с ней заболевания - серьезная проблема современного здравоохранения // Журн. Педиатрическая фармакология. - 2008. - Том 5. - №1. - С. 28–33.
4. Брико Н.И. Бремя пневмококковых инфекций и направления совершенствования эпидемиологического надзора в России// Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2013. - № 6. - С. 4-9.
5. ГОСТ Р 52905-2007 (ИСО 15190:2002) «Национальный стандарт Российской федерации. Лаборатории медицинские. Требования безопасности. Medical laboratories. Requirements for safety (Утв. 01.07.2009 г.).
6. Инструкция к набору реагентов Binax NOW «Streptococcus pneumoniae test ». http://www.biograd.ru/sites/default/files/BinaxNOW%20S.pneumoniae.pdf/ (дата обращения: 07.10.2015).
7. Клинические рекомендации «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам» (Утв. ноябрь 2014 г.)
8. Козлов Р.С. Пневмококки: прошлое, настоящее и будущее / Смоленск: Смоленская государственная медицинская академия. - 2005. - 128 с.
9. Козлов Р.С. с соавт. Антибиотикорезистентность Streptococcus pneumoniae в России в 1999-2005 гг.: результаты многоцентровых проспективных исследований ПеГАС-I и ПеГАС-II // КМАХ. - 2006. - Том 8. - №1. – С. 33-47.
10. Козлов Р.С., Стецюк О.У., Богданович Т.М., Кречикова О.И., Суворов М.М. Выделение, идентификация и определение чувствительности к антибиотикам Streptococcus pneumoniae // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2000. - № 1. - С. 88-98.
11. Ломинадзе Г.Г., Семенова Е.А., Мотузова О.В., Калакуцкая А.Н., Лазарева А.В.. Использование метода MALDI-TOF масс-спектрометрии для ускорения идентификации микроорганизмов в гемокультурах пациентов с подозрением на сепсис // Лабораторная диагностика. «ЛАБОРАТОРИЯ ЛПУ». – 2014. №4.
12. Малеев В.В. Внебольничные пневмонии: классификация, патогенез, этиология, эпидемиология, лабораторная диагностика на современном этапе / В.В. Малеев, Е.Б. Ежлова, Ю.В. Демина и др. – М: ЦНИИЭ, - 2013. – 65 с.
13. Маянский Н.А., Алябьева Н.М., Катосова Л.К., Гречуха Т.А., Пинелис В.Г., Намазова-Баранова Л.С. Определение капсульных серотипов пневмококка методом мультиплексной ПЦР // Вопросы диагностики в педиатрии. – 2010. №6, С. 6-10.
14. Методические указания МУ 3.1.2.3047-13 «Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями» (Утв. 10.01.2013 г.).
15. Методические указания МУ 4.2.3115-13 «Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний» (Утв. 21.10.2013 г.).
16. Миронов К.О. Идентификация и серотипирование российских штаммов Streptococcus pneumoniae с применением методик, основанных на ПЦР / Миронов К.О., Платонов А.Е., Козлов Р.С. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2011. – Том 13. - № 4. – С. 304-313.
17. Миронов К.О. Методика ПЦР в режиме реального времени для определения серотипов Streptococcus pneumoniae / Миронов К.О., Платонов А.Е., Дунаева Е.А. и др. // Журн. микробиол. – 2014. – № 1. – С. 41-48.
18. Николенко В.В. Опыт использования иммунохроматографического теста для диагностики пневмококковой пневмонии / Николенко В.В., Фельдблюм И.В., Воробьева Н.Н. и др. // ЖМЭИ. – 2015. - № 3. – С. 18-24.
19. Практические рекомендации "Выделение, идентификация и определение чувствительности к антибиотикам Streptococcus neumoniae" / под ред. Страчунского Л.С. //Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2000. - Том 2. - №1. - С. 88-98.
20. Приложение к Методическим указаниям МУ 4.2.3115-13 «Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний» (Утв. 21.10.2013 г.).
21.  Рачина С.А., Козлов Р.С., Шаль Е.П., Устюжанин И.В., Кречиков О.И., Иванчик Н.В., Гудков И.В., Асафьева О.Ю., Гучев И.А., Гуляева С.А., Бурдинская Ю.В., Яцышина С.Б., Астахова Т.С., Бейкин Я.Б., Беседина Л.Г.. Структура бактериальных возбудителей внебольничной пневмонии в многопрофильных стационарах Смоленска // Пульмонология. – 2011. - №1, - С. 5-18.
22. Санитарно-эпидемиологические правила СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с микроорганизмами 3-4 групп патогенности и возбудителями паразитарных болезней» (Утв. 28.01.2008 г.) (с изменениями от 2.06.2009 г.).
23. Санитарно-эпидемиологические правила СП 2.1.2.3116-13 «Профилактика внебольничных пневмоний» (Утв. 2.02.2014 г.).
24. Санитарные правила и нормативы СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами» (Утв. 09.12.2010 г.).
25. Санитарные правила СП 1.2.036-95 «Порядок учета, хранения и транспортирования микроорганизмов I-IV групп патогенности» (Утв. 28.08.1995 г.).
26. Середкина М.А., Кречикова О.И., Сухорукова М.В. Микробиологическое исследование аутопсийного материала и интерпретация его результатов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2000. – Том 2. - № 2. - С. 79-85.
27.  Сидоренко С.В., Лобзин Ю.В., Харит С.М., Королева И.С., Таточенко В.К. Пневмококковая инфекция и современные возможности ее профилактики - эпидемиологический обзор ситуации в мире и в России // Вопросы современной терапии. - 2010, - №1(9). - С. 54-61.
28. Федеральный закон 99-ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности» от 27.11.2011 г.
29. Фельдблюм И.В., Голоднова С.О., Семериков В.В. Эпидемиологические проявления заболеваемости и смертности от пневмоний среди населения г. Перми // Медицинский алфавит. – 2015. - №. 17(258)– С. 13-17.
30. Фельдблюм И.В., Голоднова С.О., Семериков В.В. Уровень и внутригодовая динамика носительства S . pneumonia среди различных групп взрослого населения // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. – 2015. - №.5 – С.13-16.
31. Чучалин А.Г. Внебольничная пневмония у взрослых: практические рекомендации по диагностике, лечению, профилактике / А.Г. Чучалин, А.И. Синкопальников, Р.С. Козлов, И.Е. Тюрин, С.А. Рачина // Клин. микробиол антибиот. химиотер. - 2010. - №3(12). – С. 186-225.
32. Abdeldaim G.M., Stralin K., Olcen P., Blomberg J., Herrmann B. Toward a quantitative DNA-based definition of pneumococcal pneumonia: a comparison of Streptococcus pneumoniae target genes, with special reference to the Spn9802 fragment // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. – 2008. – Vol. 60. – P. 143–150.
33. Bentley S.D. Genetic Analysis of the Capsular Biosynthetic Locus from All 90 Pneumococcal Serotypes / Bentley S.D., Aanensen D.M., Mavroidi A. et al. // PLoS Genet. – 2006. – Vol. 2. - № 3. – e31.
34. Carvalho M.G., Pimenta F.C., Jackson D., Roundtree A. et al. Revisiting pneumococcal carriage by use of broth enrichment and PCR techniques for enhanced detection of carriage and serotypes // J. Clin. Microbiol. – 2010. – Vol. 48. - № 5. – P. 1611–1618.
35. Catterall J.R. Streptococcus pneumonia / Catterall J.R. // Thorax. - 1999. - Vol. 54. - P. 929- 937.
36. Dominguez J. Detection of Streptococcus pneumonia antigen by a rapid immunochromatographic assay in utinesamples / Dominguez J., Gali N., Blanco S. et al. // Chest. – 2001. – Vol. 119. – P. 243-249.
37. European on Antimicrobial Susceptibility Testing – EUCAST. http://www.eucast.org/ (дата обращения: 07.10.2015).
38. Fine M.J., Smith M.A., Carson C.A., Mutha S.S., Sankey S.S., Weissfeld L.A., Kapoor W.N. Prognosis and outcomes of patients with community-acquired pneumonia. A meta-analysis // JAMA. – 1996. – Vol. 275(2). – P. 134-141.
39. Gutiérrez F., Masiá M., Rodríguez J.C., Ayelo A., Soldán B., Cebrián L., Mirete C., Royo G., Hidalgo A.M. Evaluation of the immunochromatographic Binax NOW assay for detection of Streptococcus pneumoniae urinary antigen in a prospective study of community-acquired pneumonia in Spain // Clin. Infect. Dis. – 2003. – Vol. 36(3). - P. 286-292.
40. Kawamura Y., Hou X.-G., Sultana F., Miura H., Ezaki T. Determination of 16S rRNA sequences of Streptococcus mitis and Streptococcus gordonii and phylogenetic relationships among members of the genus Streptococcus // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1995. – Vol. 45. – P. 406–408.
41. Mandell L.A., Marrie T.J., Grossman R.F., Chow A.W., Hyland R.H. Canadian guidelines for the initial management of community-acquired pneumonia: an evidence-based update by the Canadian Infectious Diseases Society and the Canadian Thoracic Society. The Canadian Community-Acquired Pneumonia Working Group // Clin Infect Dis. – 2000. - Vol. 31(2). – P. 383-421.
42. Mavroidi A. Genetic Relatedness of the Streptococcus pneumoniae Capsular Biosynthetic Loci / Mavroidi A., Aanensen D.M., Godoy D. et al. // J. Bacteriol. – 2007. – Vol. 189. - № 21. – P. 7841–7855.
43.  Pai R. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates / Pai R., Gertz R.E., Beall B. // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. - № 1. – P. 124-131.
44. Park H.K., Lee S-J, Yoon J.W., Shin J.W., Shin H-S., Kook J-K., Myung S.C., Kim W. Identification of the cpsA gene as a specific marker for the discrimination of Streptococcus pneumoniae from viridans group streptococci // J. of Med. Microbiol. - 2010, - Vol. 59, - P. 1146–1152.
45. PCR Deduction of Pneumococcal Serotypes. http://www.cdc.gov/streplab/pcr.html/ (дата обращения: 07.10.2015).
46. Rudan I., Boschi-Pinto C., Biloglav Z., Mulholland K., Campbell H. Epidemiology and etiology of childhood pneumonia // Bull World Health Organ. – 2008. – Vol. 86(5). – P. 408-416.
47. Simões A.S., Valente C., de Lencastre H., Sá-Leão R. Rapid identification of noncapsulated Streptococcus pneumoniae in nasopharyngeal samples allowing detection of co-colonization and reevaluation of prevalence // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. – 2011. – Vol. 71. – P. 208–216.
48. Sinclair A. Systematicreview and metaanalysis of a urinebased pneumococcal antigen test for diagnosis of communityacquired pneumonia caused by Streptococcus pneumoniae / Sinclair A., Xie X., Teltscher M., Dendukuri N. // J. Clin. Microbiol. – 2013. – Vol. 51(7). – P. 2303-2310.
49. Smith M.D., Derrington P., Evans R., Creek M., Morris R., Dance D.A., Cartwright K. Rapid diagnosis of bacteremic pneumococcal infections in adults by using the Binax NOW Streptococcus pneumoniae urinary antigen test: a prospective, controlled clinical evaluation // J. Clin. Microbiol. – 2003. - Vol. 41(7). - P 2810-2813.
50. Stralin K., Herrmann B., Abdeldaim G., Olcen P., Holmberg H., Molling P. Comparison of sputum and nasopharyngeal aspirate samples and of the PCR gene targets lytA and Spn9802 for quantitative PCR for rapid detection of pneumococcal pneumonia // J. Clin. Microbiol. - 2014. Vol. 52. – P. 83–89.
51. Tatochenko V. Streptococcus pneumonia serotype distribution children in the Russian Federation before the introduction of pneumococcal conjugate vaccines into the national immunization program / Tatochenko V., Sidorenko S., Namazova-Baranova L. et. al. // Expert review of vaccine. – 2014. – Vol. 2(13). – P. 257-264.
52. Weichselbaum A. Current blood culture methods and systems: clinical concepts, technology, and interpretation of results / Weichselbaum A. // Clin. Infect. Dis. – 1996. – Vol. 23. – P. 40-46.
53. Whatmore A.M., Efstratiou A., Pickerill A.P., Broughton K., Woodard G., Sturgeon D., George R., Dowson C.G. Genetic relationships between clinical isolates of Streptococcus pneumoniae, Streptococcus oralis, and Streptococcus mitis: characterization of “atypical” pneumococci and organisms allied to S. mitis harboring S. pneumoniae virulence factor-encoding genes // Infect. Immun. - 2000. – Vol. 68. – P. 1374–1382.

Приложения

Приложение 1.

Основные дифференцирующие тесты Streptococcus pneumoniae