При подозрении на генерализованную форму инфекции сбор ликвора проводят медленным заполнением трех пробирок тремя порциями материала для исследования (4,0-5,5 мл СМЖ, полученного при люмбальной пункции из субарахноидального пространства между позвонками L3-L4, L4-L5 или L5-S1, а также при пунктировании боковых желудочков мозга). Используют стерильные пробирки с плотно закрывающимися крышками.

- для микроскопического и бактериологического исследования

Для первичного бактериологического посева 1,0 мл ликвора (обычно вторая порция) в стерильной пробирке немедленно при + 35 + 37°С (с учетом комплексного обследования на менингококковую инфекцию) доставляют в лабораторию.

С целью повышения высеваемости микроорганизмов, исключения контаминации посторонней микрофлорой ликвор непосредственно на месте проведения манипуляции в асептических условиях с помощью стерильного шприца с иглой может быть перенесен в коммерческий флакон для посева крови (разрешенный к применению в РФ) с последующей транспортировкой в лабораторию. При этом остатки материала (каплю забранного образца) переносят на предметное стекло для микроскопии, высушивают и помещают в стерильный контейнер (чашку Петри) для транспортировки вместе с основной пробой.

Хранение образца:

В стерильной емкости:

- при температуре + 35 + 37º С – до 2 ч.;

*В коммерческой транспортной среде «для посева крови» (тип Oxoid, BD, Hi-Media и пр.):

- при температуре термостатирования + 35 + 37º С – до 48 ч.;

* - Посев биологического материала в указанную питательную среду позволяет оценить выросшие колонии без учета их количества в исследуемом образце.

- для исследования методом латекс-агглютинации

Используется ликвор, собранный в стерильную коническую пробирку для бактериологического посева.

Хранение образца:

В стерильной емкости при комнатной температуре + 20 + 25º С – до 24 ч.

- для исследования методом ПЦР

Ликвор в количестве 0,2 мл отбирают в стерильную пробирку.

Хранение образца:

В стерильной емкости:

- при комнатной температуре + 20 + 25º С – до 6 ч.;

- при температуре холодильной камеры + 2 + 8º С – до 24 ч.;

- при температуре морозильной камеры - 16 - 20º С – до 1 мес.

Моча

- для исследования методом ИХА

Наиболее достоверный результат может быть получен при исследовании порции мочи, собранной после ночного отдыха до завтрака. Образцы мочи для исследования объемом 5-10 мл помещают в стандартные пластиковые контейнеры.

Хранение образца:

В стерильной емкости:

- при комнатной температуре + 20 + 25º С – до 24 ч.;

- при температуре холодильной камеры + 2 + 8º С – до 14 сут.;

- при температуре морозильной камеры - 16 - 20º С – до 1 мес.

А утопсийный материал

В случае летального исхода исследуется посмертный (аутопсийный) материал, который следует собирать в начале вскрытия. Наиболее приемлемым для бактериологического исследования принято считать отбор материала в первые 15 часов после смерти, хороших результатов достигают при отборе проб крови из сердца путем трансторакальной пункции до вскрытия.

- для микроскопического и бактериологического исследования

Учитывая высокую степень контаминации биологического материала посторонней микрофлорой дезинфекцию выбранного для пункции участка можно выполнить методом прижигания ткани шпателем. Пробы (кусочки) органов и/или тканей, величиной не менее 3-5 см³ отбирают стерильным инструментом (индивидуальным для каждого органа) и помещают в отдельную стерильную емкость (одноразовые стерильные контейнеры с завинчивающейся крышкой или чашки Петри - d = 55 мм). Кровь, гной из вскрытых полостей, спинномозговую и другие жидкости отбирают стерильным шприцем в объеме не менее 7-10 мл и доставляют в шприце. Материал из легких забирают только с тех морфологически измененных участков, которые указывают на наличие инфекционного процесса.

Хранение образца:

В стерильной емкости:

- при комнатной температуре + 20 + 25º С – до 2 ч.;

- при температуре холодильной камеры + 2 + 8º С – до 24 ч.;

-  для исследования методом ПЦР

Сбор материала аналогичен предыдущему пункту.

Хранение образца:

В стерильной емкости:

- при комнатной температуре + 20 + 25º С – до 6 ч.;

- при температуре холодильной камеры + 2 + 8º С – до 24 ч.;

- при температуре морозильной камеры - 16 - 20º С – до 1 мес. (кроме цельной крови)

Маркировка материала

На этикетке пробирок (контейнеров и пр.) с материалом указывается: порядковый номер образца, соответствующий номеру в сопроводительном документе, и по возможности, фамилия и инициалы, тип материала.

В сопроводительном документе (направлении) к материалу, собранному для исследования в лаборатории, необходимо указать:

- наименование учреждения, которое направляет материал на исследования, телефон, адрес электронной почты;

- фамилию и имя обследуемого больного (если этого не требует положение о конфиденциальности);

- возраст;

- дату взятия материала для лабораторного исследования;

- тип материала;

- дату заболевания или контакта с больным;

- предполагаемый диагноз;

- степень тяжести заболевания;

- наличие осложнений;

- данные о вакцинации против пневмококка (вакцинирован / не вакцинирован / нет данных);

- ФИО, должность, дату отправки материала и контактный телефон, по которому можно связаться с данным сотрудником.

В сопроводительном документе (направлении) при исследовании аутопсийного материала дополнительно указывают дату и время смерти, а также отделение, в котором умер больной, дату и время вскрытия.

Транспортирование материала

При транспортировании проб внутри одного здания, пробирки/контейнеры с биологическим материалом помещают в штативы и специальные герметичные контейнеры-переноски.

При необходимости транспортирования биологического материала в другие организации, образцы от каждого пациента помещают в индивидуальный герметичный пакет с адсорбирующим материалом и дополнительно упаковывают в общий герметичный пакет и общий термоконтейнер.

Сопроводительные документы помещают в индивидуальную упаковку отдельно от биологического материала и прочно прикрепляют снаружи контейнера. Транспортировка материала осуществляет обученный персонал в специально оборудованном для этих целей санитарном транспорте.

В сроки хранения биологического материала включены сроки транспортировки с обязательным учетом температурного режима.

Аналитический этап

Комплекс исследований по микробиологической диагностике внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии выполняется в бактериологических лабораториях, имеющих разрешительные документы для работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности).

Персонал, участвующий непосредственно в проведении лабораторных исследований должен соблюдать общие правила работы с микроорганизмами (СП.1.3.2322-08) и стандарты безопасной рабочей среды (ГОСТ Р 52905-2007 (ИСО 15190:2002)). Все сотрудники лаборатории обязаны выполнять инструкции и правила безопасности, изложенные в технических паспортах к приборам и в инструкциях к диагностическим наборам реагентов. В выполнении исследований принимают участие сотрудники, имеющие соответствующее специальное образование, квалификацию, подтвержденные дипломом и сертификатом. Им необходимо периодически проходить курсы повышения квалификации и профессиональной переподготовки в установленном порядке. Требования к знаниям и умениям специалистов должны соответствовать образовательным стандартам, действующим на территории РФ. Для выполнения исследований используют стандартные для микробиологической (ПЦР) лаборатории оборудование, диагностические наборы реагентов и расходные материалы, имеющие соответствующие сертификаты качества и действующий срок годности, разрешенные к применению на территории РФ в установленном порядке.

Аналитический этап включает микроскопическое исследование (в классическом и модифицированном варианте), выделение чистой культуры возбудителя, определение чувствтительности к антибиотикам, латекс-агглютинацию, ИХА, ПЦР, определение серологических типов S . pneumoniae.

Некоторые виды биологического материала требуют предварительной обработки, заключающейся в снижении вязкости (густая и неоднородная по консистенции мокрота) и гомогенизации (секционный материал) с последующим фракционированием путем центрифугирования.