Устроение Русской Церкви в монгольский период оставалось таким же, как и в киевский период: она представляла собой митрополию, состоящую из епархий и возглавляемую митрополитом. Митрополит, как и прежде, поставлялся Константинополем. Отличием монгольского периода явилась тенденция к влиянию княжеской власти на поставление митрополита. А характерной чертой этого периода был рост его независимости от Константинополя: практически во всем он был самостоятельным главой Поместной Церкви.

Начиная с XIV века, изменяется порядок поставления архиереев. Их уже не избирают на местах при участии князя или веча, а присылают из Москвы, где они избираются на соборе архиереев. При этом решающее слово имеет митрополит, выбирающий из кандидатов, представленных собором. Однако по-прежнему на особом положении был Новгород, который совершенно самостоятельно выбирал своих архиепископов.

Казна митрополичья пополнялась за счет:

- постоянной дани от всех подвластных епископий (по предположению митр. Макария (Булгакова);

- судебных пошлин;

- пошлин с приходов и клира, взимаемых при объезде митрополитом своей епархии, откуда и произошло их название «заезд» (по-другому, еще «зборное»); они были «рождественские» и «петровские»;

- подношений от светских и духовных властей;

- доходов от земельных владений (вотчин). Это были митрополичьи монастыри с числящимися за ними вотчинами; села и земли, поступавшие в виде подарков и вкладов князей и бояр; собственные целенаправленные приобретения митрополита.

Самыми стабильными были доходы от митрополичьей области, которая представляла собой регионы (весьма обширные по территории), где сам митрополит являлся непосредственно епархиальным архиереем. Она состояла из двух доменов:

1) Московский, в который входили: Москва и ее область, Владимир, Кострома, Переславль-Залесский, с середины XIV века – Нижний Новгород и Городец Поволжский, отобранные у Суздальских епископов (в конце XIV – начале XV в.в. на короткое время эти области возвращались Суздальской епархии) и ряд мелких городов с прилегающими землями;

2) Киевский, в который входили: Киев, Вильно, Новгородок Литовский (ныне г. Новогрудок в Белоруссии), Гродно и некоторые другие города Литовской Руси.

Когда митрополия была разделена, домены отходили соответственно Московскому и Литовско-Русскому митрополитам. Когда митрополия была единой и ею правил один митрополит, то его местопребывание было в Москве, а в Литве землями Первосвятительской кафедры управлял митрополичий наместник. Помимо управления вотчинами, наместник, обладая священническим саном, выполнял все функции епархиального архиерея, за исключением совершения хиротонии. Как правило, наместниками назначались архимандриты и игумены. Местопребывание наместников было в Киеве, при кафедральном храме св. Софии. Наместников могло быть несколько – по числу крупнейших городов митрополичьей области. Иногда они назначались и в города Московской Руси. Кроме наместников, существовали также десятинники (сборщики десятины) и волостели – управители более мелких городов, в функции которых входили обязанности судей и сбор податей и пошлин.

В целом доходы митрополичьей кафедры были весьма высоки. Русская митрополия была богатейшей в составе Константинопольской Церкви. За ее счет во многом существовали и Вселенский патриарх, и император обнищавшей Византии. Сам Русский митрополит по уровню доходов был сравним со многими удельными князьями. В XIV веке произошли определенные изменения в материальном положении митрополита:

- его двор получил «великокняжеские» атрибуты (были введены придворные должности: бояре, стольники, конюший, отроки, слуги);

- резиденция-дворец в Кремле;

- наличие митрополичьего полка с воеводой.