После казни митрополита Герасима в 1435 г., Москва направляет в Константинополь для поставления в митрополиты Иону Рязанского, но до его приезда, греки летом 1436 г. назначают своего ставленника Исидора, готового подержать унию с Римом, которая уже была запланирована в Византийской столице, для спасения империи от наступающих турок, а значение Руси было велико. К моменту назначения Исидора митрополитом Русской Церкви, в Константинополе уже шла подготовка к Ферраро-Флорентийскому собору, на котором планировалось решить вопрос об унии с Римом, надеясь взамен получить военную и финансовую помощь. Обнищавшая Империя угасала, ее размеры уже сжались до небольшого Морейского деспотата и Константинополя с его окрестностями, захват которого, в недалеком будущем, уже был очевиден. В Византии наблюдалось не только материальное обнищание, но царил духовный упадок населения, коррупция при дворе и патриархии, когда продавались не только кафедры и титулы, но готовы были уже поступиться фундаментальными духовными основами за помощь Рима, пойти на вероучительные уступки и высказывали готовность подчинить Православную Церковь римским властям.

В сложившейся ситуации, для Константинополя было важно, чтобы крупнейшая Русская митрополия, была лояльно настроена к готовящейся антиправославной унии. По этой причине, Константинополь, без согласования с Московским князем, ставит митрополитом Исидора, верного сторонника унии, который уже в 1433 г. побывал на Базельском соборе, где начал вести диалог с католиками о заключении договора. По мысли Константинополя, поставление такого митрополита не только ограждало от протеста русских, но и втягивало Русскую Церковь в деятельное участие в диалоге с Римом.

Принятие унии

Отрицательно настроенный к новому митрополиту великий князь Василий, из-зна неустойчивости своего положения, все же решает не устраивать скандал. Исидор только приехав в Москву, сразу начинает готовиться к отбытию на собор в Феррару, убедив великого князя, что с Западом можно примириться без ущерба Православию.

Исидор в сентябре 1437 г. отбывает в Феррару с большой помпой, имея свиту в 100 человек, в составе которой был епископ Авраамий Суздальский и обоз в 200 лошадей, везущий имущество митрополита, пожалованное ему Василием.

Еще по дороге на собор, стала очевидна приверженность Исидора к унии, в Ливонии он будучи встречен латинянами и православными, в первую очередь прикладывался к католическому кресту, заходил в костелы, не посещая православных храмов. В августе 1438 г., Исидор прибывает на собор, который уже шел с апреля 1438 г. и делегация греков к этому моменту, уже находилась в Феррару, поддавшись уговорам Папы Евгения IV не ехать на Базельский собор, который постановил, что собор выше папы и может низлагать его. На Базельском соборе, поддерживаемым большинством монархов Европы, у греков с Римом был бы больший шанс вести настоящий богословский диалог о воссоединении Церквей и давало возможность получить реальную помощь в борьбе с турками.

С начало собора по октябрь, шли переговоры о вопросе чистилища и состоянии праведников после смерти и Исидор прибыл уже к финалу этого диалога, который не принес результатов и греки отказывались его принять, тогда император стал на православных оказывать грубое воздействие, урезав им содержание и приказав никого не выпускать из города. Снова начались заседания, на которых обсуждалось filioque, но и это ни принесло никакого результата и несогласным опять перестали выдавать средства на проживание. В феврале 1439 г., собор переезжает во Флоренцию, где опять идут прения по вопросу filioque, на которых с православной стороны выступил крупнейший богослов свт. Марк Эфесский, аргументировано раскритиковавший нововведения латинян. Прения не принесли результата, обе стороны остались при своих мнениях. Раздраженный Папа Евгений, предъявляет грекам ультиматум, либо принять латинское учение до Пасхи, либо уезжать к себе обратно. Заседания собора заканчиваются и начинаются личные встречи папы с греками, на которых он при помощи ограничений и щедрых подарков, смог склонить на свою сторону многих византийских делегатов. Среди наиболее ревностных поборников в борьбе за соединение с Римом, был и митрополит Исидор. Греков убеждают принять латинские догматические нововведения и 5 июля 1439 г. уния подписывается всеми участниками, кроме Марка Эфесского. Исидор ставит свою подпись с характерной припиской: "подписуюсь с любовью и одобрением", а Авраамия Суздальского насильно принудили к подписанию, после которого он бежал домой, где покаялся и рассказал о творящемся на соборе. За большую роль в деле подписания унии, Исидору Римским Папой был дарована кардинальская шапка и особый титул "легата от ребра апостольского", в его юрисдикцию передают не только Русь с Литвой, но и Польскую Галицию с Ливонией.