Митрополит неспешно выдвигается на Русь, по пути призывая православных причащаться с католиками, сам служа литургию в латинских костелах.

Поддержки в Польше и Литве Исидор не получает, но удельные князья Литовской Руси его встречают, как законного митрополита. В марте 1441 г. Исидор прибывает в Москву, где о его униатских деяниях уже было хорошо известно, особенно от принесшего покаяние Авраамия Суздальского. Перед прибывшим митрополитом несут латинский крест, он служит в Успенском соборе, поминая вместо Патриарха Папу Евгения, а после службы зачитывается акт об унии с Римом, Исидор передает великому князю Василию послание Папы, с призывом оказывать помощь митрополиту в деле утверждения унии, после чего, у Государя были все основания объявить его еретиком, что он и сделал. Исидор был заключен под стражу, в столицу прибыли на собор архиереи, представители монашества и белого духовенства, изучившие флорентийские определения и признали их ересью. Отказавшийся принести покаяние Исидор бежит в Тверь, где его снова берут под стражу и через пол года он уезжает в Рим.

Сложилась катастрофическая ситуация - греки которые принесли веру на Русь, сами во главе с Патриархом и Императором становятся отступниками и еретиками, а митрополит Руси их поддержал. Все эти события повлекли за собой осознание Русской Церковью, что кроме нее, Марка Эффеского и афонских монахов, в мире больше не осталось православных и необходимо быстро понять, как существовать самостоятельно, будучи окруженными со всех сторон враждебными соседями. Разрыв с принявшими унию византийцами стал неизбежным, а Русской Церкви, для сохранения чистоты Православия, необходимо обрести автокефалию, при этом максимально соблюсти каноничность своих действий. Проблема заключалось в том, что подобных прецедентов не было и не существовало никаких прямых канонических определений, которые можно было применить в подобной ситуации. Подписанием унии, под угрозу было поставлено само существование Православной Церкви в мире и можно было бы не руководствоваться канонами с еретиками, но русские, имея трепет перед буквой канона, действовали с большой осторожностью в вопросе автокефалии.

Здесь на помощь приходит государственная власть, князь Василий II, в 1441 г., пишет гениальное дипломатическое послание в Константинополь, поставив византийских униатов в патовую ситуацию. Он сообщает о низложении Исидора, отступившего от Православия, это при том, что и сам Птариарх был униатом, князь просит благословить самим на Руси поставлять Предстоятеля Русской Цервки, сохранив при этом каноническую связь с Константинополем. По понятным причинам униат Патриарх не мог ответить на это послание, не подняв вопроса о своем отступничестве. Формальности были соблюдены. Неизвестно было ли получен ответ на это послание, возможно оно вообще не было отправлено, т.к. посчитали, что канонического обоснования не требуется, достаточно догматического - Константинопольская Церковь отпала от Православия, к тому же стало известно о Иерусалимском соборе 1443 г., на котором присутствовали три патриарха: Антиохийский, Александрийский, Иерусалимский и собор осудил Флорентийскую унию. После этого, Москве становится не до канонических вопросов и автокефалии, в государстве разгорелась гражданская война, в 1446 г., великий князь Василий, был свержен и ослеплен сыновьями Юрия Звенигородского - Василием Косым и Димитрием Шемякой. После смуты и утверждения князя Василия, четырьмя епископами, 5 декабря 1448 г., был поставлен митрополитом - Иоанна Рязанский, с титулом "Киевского и всея Руси", что стало началом автокефалии Русской Цекрви.

В Московском Соборе, в деле низложения Исидора и поставления Ионы, приняли участие только епископы Северо-Восточной Руси, что стало препятствием для Литвы в деле сохранения единства Церкви и в последствии, в 1458 г., это привело к ее разделению, но ради сохранения Православия, Москва готова была на это пойти.

Русская Церковь обретает свою независимость от Константинополя, с поставлением митрополита св. Ионы, возглавлявшего Русскую Церковь с 1448 г. по 1461 г. А 29 мая 1453 г. Константинополь был захвачен турками и Византийская Империя перестала существовать, что тоже сильно повлияло на осмысление идеи независимости Русской Церкви, хоть Константинополь под турками и отказался от унии, но русские привыкли видеть в Византийской столице не только центр Православия, но и симфонию Церкви и государства, патриарха и императора, которая с захватом турками и водворением султана, была безвозвратно утрачена. Факт зависимости патриарха от султана, не позволял доверять грекам, а Русь скинув иго татарщины, оставалось единственным хранителем Православия. 

6. Особенности внутреннего устроения Русской Церкви в период монгольского ига. [1 Лекция 13], [2]