Производственная структура сельскохозяйственного предприятия не столь динамична как структура промышленного предприятия. Однако использование ограниченных экономических ресурсов при тесном взаимодействии множества внешних и внутренних факторов, условий, вытекающих из самой специфики развития сельского хозяйства, необходимости адаптации к рыночным условиям ориентируют сельскохозяйственные предприятия на организацию процесса совершенствования производственной структуры предприятия.

Формирование производственной структуры сельскохозяйственного предприятия находится под влиянием множества факторов, одни из которых образуют внешнюю, а другие - внутреннюю среду функционирования предприятия. 

Факторы внешней среды, оказывающие влияние на процесс формирования производственной структуры предприятия:

Природно-демографические факторы (климатические условия и качество земельных угодий, сырьевая база, численность и квалификационная, возрастная структура трудовых ресурсов, половозрастная структура населения и др.) - определяют отраслевую специализацию и размещение подразделений, состав отраслей и соотношение между ними, степень их дифференциации и др.

Данные факторы не связаны с воздействием рынка на производственную деятельность предприятий и не контролируются ими. Однако они значительно влияют на производственную структуру сельскохозяйственного предприятия.

Экономические факторы (уровень цен на сельскохозяйственную продукцию, соотношение цен на разные виды продовольствия и промышленные товары, конъюнктура рынка, требования к качеству продукции, монополизм со стороны партнёров сельского хозяйства по АПК и коммерческих структур, инфляция, государственная кредитная и налоговая политика, протекционистская политика государства и т.п.) - определяют условия распределения ограниченных ресурсов с учётом их экономической эффективности по отраслям предприятия, объём и темпы роста производства, освоение новой продукции, улучшение её качества.

Внешние факторы в аграрной российской экономике в 90-е годы обусловили значительное сокращение объёмов производства животноводческой продукции, с одной стороны, из-за убыточности отрасли, с другой, - из-за низкой конкурентоспособности в сравнении с импортной продукцией. Причиной сложившейся ситуации стало отсутствие чёткой концепции аграрного реформирования на современном этапе, что привело к деградации производственно-технического потенциала отрасли, падению объёмов производства сельскохозяйственной продукции, что незамедлительно сказалось на производственной структуре предприятий.

В результате произошло замещение одних отраслей на другие в соответствии с рангом относительной экономической предпочтительности и, следовательно, изменение производственной структуры сельскохозяйственного предприятия. Прежде всего увеличилась доля промышленных производств (мельницы и хлебопекарни, производство растительного масла, первичная переработка молока, производство животного масла, сыра, молочной и мясной продукции и т.п.), а также расширение посевных площадей конъюнктурных сельскохозяйственных культур.

Внутренними факторами, оказывающими влияние на производственную структуру сельскохозяйственного предприятия, являются:

- масштабность предприятия, особенности иерархической структуры, форма и характер управления;

- разработка и внедрение обоснованной стратегии развития;

- наличие необходимого объёма собственного капитала;

- характер продукции, объём её производства и трудоёмкость;

- степень развития специализации и кооперации;

- определение оптимальных размеров подразделений основного, вспомогательного и обслуживающего производств;

- гибкость организации производства и уровень адаптации руководителей предприятий к новым условиям хозяйствования;

- диспропорциональность межу потенциалами основного сельскохозяйственного производства и вспомогательных, обслуживающих подразделений;

- восприимчивость к новым технологиям; уровень организации, планирования, управления и др.

Основным критерием рациональной производственной структуры сельскохозяйственного предприятия является получение максимального объёма высококачественной продукции на единицу земельной площади и одного работника при наименьшем уровне издержек на производство. Увеличение доходности возможно при постоянном совершенствовании производственной структуры предприятия на основе рациональной комбинации имеющихся факторов производства, осуществления мер по адаптации к изменяющимся условиям рынка.

Основными направлениями совершенствования производственной структуры сельскохозяйственного предприятия являются:

- развитие горизонтальных и вертикальных интеграционных связей в системе агропромышленного комплекса;

- поиск и реализация мер по обоснованию оптимальных размеров производственных подразделений в растениеводстве и животноводстве с учётом отраслевых особенностей, принятой технологии производства, обеспеченности трудовыми ресурсами;

- обеспечение рационального сочетания отраслей сельскохозяйственного предприятия на основе создания оптимальных условий развития основных и проектирования размеров дополнительных отраслей в соответствии с их технологическими связями с основными отраслями;

- изменение (сохранение) качественных и количественных параметров отраслей и элементов сельскохозяйственного производства;

- установление ритмичности взаимосвязей и пропорциональности между основными, вспомогательными и обслуживающими производствами, позволяющими наиболее эффективно использовать имеющийся производственный потенциал предприятия;

- формирование рациональных схем информационных связей, обеспечивающих своевременность передачи информации, окончательное принятие предпринимательских решений и ответственность за их выполнение;

- гибкость по отношению к изменяющимся рыночным условиям, которая позволяла бы получить максимальное количество высококачественной продукции на единицу земельной площади и одного работника при наименьшем уровне издержек на производство и соблюдении основ развития систем растениеводства и животноводства;

- адаптация к наиболее рациональному использованию имеющихся факторов производства, исходя, прежде всего, из принципа увеличения доходности предприятия.

Для определения оптимальной производственно-отраслевой структуры сельскохозяйственного предприятия используются два основных метода - программное планирование и экономико-математические методы линейного программирования.

В основе метода программного планирования находятся расчёты экономической эффективности использования отдельных факторов по отраслям предприятия, структуризации отраслей в зависимости от эффективности использования отдельных факторов и определение оптимальной отраслевой структуры, когда осуществляется последовательное замещение одной отрасли на другую в соответствии с рангом относительной предпочтительности до возможных пределов, обусловленных оснащённостью факторами производства. При этом, заменяя один вид производства на другой, предприятие должно быть уверено, что новая отрасль или вид деятельности обеспечит рост объёмов прибыли.

Центральным элементом метода линейного программирования является разработка экономико-математической линейной модели по определённому критерию оптимальности, которая выражается целевой функцией.

Следует иметь в виду, что конфигурация и параметры производственной структуры формируются в рамках реализации стратегии производственных процессов, то есть на основе подхода, используемого предприятием в своей деятельности для преобразования ресурсов в товары и услуги. В хозяйственной практике различают три типа стратегий: сфокусированная на процессе, сфокусированная на продукте, связанные с повторяющимися процессами.

Для сельскохозяйственных предприятий наиболее характерной при формировании производственной структуры является стратегия, сфокусированная на процесс. Объясняется это тем, что с позиций производственной структуры объект управления характеризуется использованием техники и оборудования относительно универсального характера, высокими по отношению к объёму производства запасами кормов, семян, минеральных удобрений и других видов сырья и материалов, высоким по отношению к выходу незавершённым производством (например, многолетние насаждения), большим объёмом хранилищ. Кроме того, сельскохозяйственное производство является производством с достаточно малым диверсифицированным объёмом товарной продукции.