Наконец, в 1793 г. Подолия с Брацлавщиной были присоединены к Имперской России. А в 1795 г. после создания Подольской Епархии наш православный народ, лишь видимо принявший навязанную ему унию, с радостью стал воссоединяться с Православием. Это «возвращение» было свершено также благодаря активной миссионерской участи православного монашества. В продолжении 1795 и 1796 гг. почти все Подольские и Брацлавские «униаты» стали верными сынами Православной матери — Церкви. Тогда же были воссоединены с православием и существовавшие в то время униатские монастыри, а именно:

Мужские: Каменецкий, Шаргородский, Сатановский, Коржовецкий, Головчинский, Бершадский и Грановский.

Женские: Винницкий женский и Рожецкий. Исключение из сего составили Малиевский монастырь, оставшийся в унии до 1810 г. и в этом же году закрытый, и Барский монастырь со знаменитой базилианской школой, просуществовавшей в унии до 1837 г. и в этом же году воссоединен с Православием.

Но с приходом новой власти оказалось что, на Подольское монашество(как и на все остальное духовенство), вместо свободного существования обрушилась бездушная Императорская Казенщина.

Эпоха становления в России абсолютизма привела к переменам во взаимоотношениях Церкви и государства, и не в лучшую сторону для Церкви. После смерти в 1700 г. патриарха Адриана Петр I не назначил ему преемника. В 1721 г. патриаршество было вообще упразднено. Император всячески стремился уменьшить роль Церкви в обществе. В 1721 г. был издан «Духовный регламент». Вместо власти патриарха был учрежден Святейший и Правительствующий Синод, «сиречь Духовный коллегиум», как разъяснял в «Духовном регламенте» услужливым императору митрополит Рязанский Феофан (Прокопович). Фактическим главой Синода стал обер-прокурор, назначаемый императором из числа светских лиц  подчинявшегося императору.

 В 1722 г. были утверждены штаты священнослужителей: на 150 дворов полагался один священник. Остальные священники облагались налогом. Старообрядцы облагались двойным налогом. Тем самым и духовенство стало подконтрольным императору.

Петр I не желал допустить существования Церкви как социального института, пользующегося известной долей самостоятельности. Он подчинил духовенство жесткому государственному контролю. В итоге, Православная Церковь превратилась в одно из звеньев правительственного механизма и утратила способность выступать в роли авторитетной общественной силы, что обернулось в конечном счете кризисом для православия в общем и монашества в частности.

То, что предчувствовал Никон, свершилось при Петре. Церковь была порабощена государством. Церковь вскоре была официально провозглашена «Ведомством православного исповедания». Ведомство, наравне с другими, как часть государственного механизма? Такая трактовка оказалась вредной и Церкви, и государству.

Монашество Петр I считал праздным сословием, молодежи в монастыри поступать запрещал, останавливал в обителях на постой солдат и предписывал содержать в богадельнях инвалидов.
Следующий этап секуляризации — царствование Екатерины II (1762—1796). В 1764 г. императрица осуществила задуманную еще при ее муже Петре III секуляризацию монастырских земель

.Не прошло это мимо Подольских монастырей. Все монастырские земли изымались в пользу государства. В зависимости от класса государство давало средства на содержание соответствующего числа насельников. Для монастырей вводились штаты. По штатам все монастыри Российской империи делились на три класса.

 Для I класса это было 33,

для II — 16,

для III — 8 человек.

 Соответственно, в названиях монастырей появились странно звучащие слова: «второклассный», «третьеклассный». Хуже всего пришлось «заштатным» монастырям, т. е. тем, которые остались за штатами и не получали финансирования из казны. Таковы вскоре были упразднены. Вот та истинная причина, по которой многие из Подольских обителей существовавших даже во время унии, закрылись, а новых уже никто не создавал. Уцелели лишь те, которым посчастливилось найти благодетелей из числа богатых помещиков и купцов. Из монастырей, воссоединенных с Православием в 1795-1796 гг., женский Рожецкий был закрыт в 1796 г. и имущество его было присоединено к Винницкому женскому ( Браиловскому ). Взамен сего монастыря в 1798 г. был открыт женский монастырь в Немирове, который до этого находился невдалеке в урочище - Монастырек.  

 Затем, перемен в числе православных монастырей Подольской Епархии в ХVIII -ХIХ вв. не было, кроме переименования двух мужских монастырей - Барского и Головчинского в женские.