Распустив парламент, Кромвель в течение почти двух лет не предпринимал никаких попыток поставить свою власть на конституционные основы. Более того, он фактически ввел в стране полицейский режим.

Была введена цензура. Страна была разделена на 11 военно-административных округов во главе с генерал-майорами, наделенными всей полнотой полицейской власти[lxxxviii].

Главная обязанность генерал-майоров – командование конной полицией и полицейские заботы о порядке. В силу этого они должны были разгонять незаконные сборища, разоружать папистов и роялистов, обезопасить дороги и следить за недовольными. Для предотвращения сборищ запрещались даже спортивные собрания, как-то: скачки, медвежьи травли и петушиные бои.

Людей, которые не имели определенных занятий, новая полицейская власть имела право выслать из Англии в колонии.

На генерал-майоров возлагались и обязанности религиозно-нравственного характера. Полицейская власть должна насаждать благочестие, бороться с пьянством и  развратом.

Мировые судьи и местные власти также подлежат надзору полиции, а в августе 1655 года на них возложили и обязанность наблюдения за клиром и низложением дурных священников[lxxxix]. 

В сентябре 1655 года протекторат резко усилил борьбу с роялистами. Лорд-протектор издал указ, по которому роялисты были разделены на 3 разряда.

- I разряд – прямые участники восстаний и заговоров; они карались изгнанием из Англии и конфискацией всего имущества.

- II разряд – явные сторонники казненного короля или его сына. Им грозило изгнание или тюрьма, но доходы с имений оставались за ними.

- III разряд – люди подозрительные. Они наказывались лишением части доходов.

Кроме того, указ запрещал роялистам держать дома оружие[xc]. 

Немедленно после выхода этого указа на генерал-майоров возложили и обязанности по точному применению законов против роялистов. Таким образом, на новую полицию возлагались очень сложные социально-педагогические и религиозно-нравственные задачи. 

Открытая военная диктатура Кромвеля была достаточно эффективной, но не пользовалась большой популярностью в английском обществе.

Использование солдат для обхода частных домов в Лон­доне с целью проверки, не нарушается ли суббота, и соблюдаются ли установленные парламентом посты (а при таких обходах сол­даты обычно уносили найденную в кухне пищу), вызывало самое резкое негодование.

Такое же негодование вызвал во многих местах запрет обрядового обычая, по которому накануне майского праздника рубили молодые деревья для украшения жилищ, а также запрет состязаний в воскресенье после полудня. Несмотря на англиканскую и ли­беральную реакцию 1660 года, пуритане навсегда наложили свой мрачный отпечаток на «английское воскресенье».

В октябре 1655 года, в разгар введения новой полицейской власти началась война с Испанией[xci]. Война потребовала значительного финансирования, и Кромвель ввел новые нало­ги.  Даже эти, введенные так же произвольно, как во времена Карла I, налоги, не позволили протекторату обеспечить финансирование боевых действий. В 1655 году у правительства возник дефицит в 800 тысяч фунтов стерлингов[xcii]. По конституции кредиты и новые налоги мог разрешить только парламент. Лорд-протектор был вынужден провести выборы и в сентябре 1656 г. созвать новый парламент[xciii]. 17 сентября 1656 года прошло первое заседание второго парламента протектората. Кромвель вновь столкнулся с серьезной оппозицией, особенно со стороны ярых республиканцев, возражавших против самой идеи протектората. В результате парламент был подвергнут "чистке", из него были удалены 160 членов, многие из которых отказались присягнуть на верность режиму. Те, кто остался, в основном сотрудничали с Кромвелем и Государственным советом, хотя и выступали против системы местного управления с помощью генерал-майоров. Тогда же группа гражданских лидеров предложила заменить военную диктатуру конституционной монархией (королем должен был стать Кромвель) и создать государственную пуританскую церковь.  Кромвель вынужден был отказаться от предложения, поскольку эта идея встретила неприятие его старых армейских друзей и соратников.

Тем не менее, парламент разработал и принял новую конституцию, по которой восстанавливалась палата лордов. В палату общин допускались все, кроме явных роялистов. Место Государственного совета занял Тайный совет, кроме того, вводились некоторые ограничения власти лорда-протектора и свободы совести. Титул лорда-протектора стал наследственным.

Новая конституция, известная под названием "Покорнейшая петиция и совет" вступила в силу в июне 1657 (принята 25 мая 1657 года)[xciv]. Была  сформирована верхняя палата, лояльная Лорду-протектору, который назначил членами палаты лордов многих своих сторонников, заседавших ранее в палате общин. В  палату общин вернулись изгнанные ранее депутаты.

Уже в июне 1658 года палата общин превратилась в активно оппозиционную силу по отношению к Кромвелю.

На этот раз Кромвель не сумел сдержать гнева и, убежденный, что за новым конфликтом последует вторжение роялистов, 4 февраля 1658 года распустил парламент[xcv].

Последние несколько месяцев жизни, а он умер 3 сентября 1658 года,  Кромвель правил без парламента.

В период протектората Кромвель пытался бороться с фанатичными пуританами за подлинную свободу христианских вероисповеданий, которая бы позволяла членам епископальной и Римско-католической церкви проводить богослужение в частных домах.

Он назначил многих достойных судей и с помощью своих советников-юристов провел реформу законодательства и создал более дешевую судебную систему. Кромвель содействовал развитию образования, некоторое время был канцлером Оксфордского университета и помог основать колледж в Дареме.