По мере ослабления в 9 в. Аббасидского халифата губернаторы Египта все чаще стали игнорировать требования Багдада о выплате налогов. Назначенный в 868 губернатором Египта военачальник тюркского происхождения Ахмед ибн Тулун вскоре перестал подчиняться аббасидским халифам. Поскольку теперь налоги перестали вывозиться из Египта, страна вступила в период относительного процветания. Во главе огромной армии в 877 ибн Тулун захватил Сирию и создал в Акке морскую базу. Уделяя большое внимание развитию столицы Фустат, он построил там великолепную мечеть, до сих пор являющуюся одним из архитектурных шедевров старого Каира. В результате многочисленных недостатков системы управления в 905 власть Тулунидов над Египтом закончилась, и на следующие 30 лет вновь перешла к Аббасидам. В 935 Мухаммед ибн Тугдж, основатель династии Ихшидидов, тюрк по этнической принадлежности и самаркандец по месту рождения, стал независимым правителем Египта. Позднее он распространил свою власть на Сирию, Палестину и Хиджаз. Но уже в 969 его сыновья вынуждены были уступить власть над Ихшидидским государством более могущественной мусульманской североафриканской династии Фатимидов.

Правление династии Фатимидов

Династия арабских халифов, считавших себя потомками дочери пророка Мухаммеда – Фатимы, была основана Саидом ибн Хусейном из Сирии. В 909 он сверг правителей Ифрикии (на территории совр. Туниса) – эмиров династии Аглабидов, принял имя Убейдаллах Махди и возглавил халифат Фатимидов. Сам Убейдаллах принадлежал к секте шиизма – исмаилитам, врагам суннитских аббасидских халифов. В течение нескольких лет Фатимиды установили контроль над большей частью Северной Африки, в 914 ими была захвачена Александрия, откуда начались набеги в район дельты Нила. Фатимиды захватили бóльшую часть островов в западном Средиземноморье и грабили города на побережье Италии, Франции и Испании. В 969 по приказу фатимидского халифа аль-Муизза был оккупирован Египет. В 973 халиф перенес столицу в недавно отстроенный Каир. Годом раньше была сооружена мечеть аль-Азхар. Это был период наивысшего расцвета халифата Фатимидов, простиравшегося от современного Марокко на западе до Сирии на востоке и от Йемена на юге до Турции на севере (до хребта Тавр). Несмотря на то, что после эпохи правления аль-Хакима (996–1021) начался упадок династии Фатимидов, экономическое процветание Египта продолжалось благодаря тому, что через Каир проходило множество торговых путей, связывавших Средиземноморье и Восточную Азию. Фатимиды теряли свою военную мощь и не могли воспрепятствовать захватам Сирии и Палестины тюрками-сельджуками и выходу из-под их контроля Северной Африки. Правда, Палестину удалось вернуть, но лишь на время. Она была вновь утрачена во время первого похода крестоносцев в 1099.

После того как сирийские и палестинские мусульмане добились ряда побед над крестоносцами, в 1167 для подготовки оборонительных рубежей в Египет прибыл Саладин (Салах-ад-дин). В 1171 воины Саладина низложили слабого фатимидского халифа аль-Адида. При Саладине в качестве государственной религии Египта был восстановлен ислам суннитского толка.

Правление династии Айюбидов

Саладин, став в 1171 правителем Египта, формально подчинялся эмиру Сирии Нур-ад-дину. После смерти последнего в 1174 присоединил его сирийские владения. Заветной мечтой Саладина было уничтожение государств крестоносцев на территории Леванта. В 1187 в битве под Хиттином у Тивериадского озера в Палестине войска Саладина разбили крестоносцев и захватили Иерусалим. Во время третьего крестового похода христиане возвратили себе Акку, но потерпели неудачу при штурме Иерусалима. В 1192 между крестоносцами и Саладином было достигнуто мирное соглашение, в соответствии с которым над побережьем устанавливался контроль крестоносцев, а над внутренними районами – Саладина. Его преемники правили Египтом до 1250. Последний представитель династии Айюбидов Муаззам Туран-шах был свергнут командирами гвардии мамлюков – белых рабов, находившихся на привилегированном положении, которые установили в стране режим, известный под названием мамлюкского султаната. В целом и при Фатимидах, и при Айюбидах в Египте развивались промышленность и торговля, ученые пользовались поддержкой со стороны государства, открывались школы, строились новые мечети и дворцы. Большое внимание уделялось совершенствованию ирригационной системы, включая строительство дамб и каналов.

Правление мамлюков

С 1250 по 1517 Египет управлялся потомками гвардейцев последних султанов династии Аюбидов – мамлюками. За этот период сменилось 47 султанов. Некоторые из них были неграмотны, с трудом изъяснялись по-арабски и смутно представляли, что такое ислам, однако большинство обладало недюжинными военными и организаторскими способностями. Один из наиболее ярких представителей мамлюкских правителей султан Захир Рукн-ад-дин-Бейбарс (1260–1277). В 1260 в битве при Айн-Джалуте (район Наблуса в Палестине) войска под его руководством разгромили монгольскую армию, предотвратив ее вторжение в Египет. В то время как большая часть мусульманской империи Ближнего Востока, начиная со времен Чингисхана (начало 13 в.) и до Тамерлана (конец 14 в.), подвергалась периодическим опустошительным набегам кочевников из Азии, в Египте процветали наука, архитектура и торговля. В частности, во второй половине 15 в. по приказу султана Ашрафа Сейф-ад-дин Каит-бея (1468–1496) был сооружен мемориальный комплекс, сохранившийся минарет которого до сих пор является украшением Каира.

После того как португальские корабли в конце 15 в. с юга обогнули Африку и открыли путь в Индию, они блокировали вход и выход из Красного моря и монополизировали торговлю пряностями. Масштабы международных торговых операций через территорию Египта стали сокращаться. К 1510 мамлюкские султаны потеряли контроль над своей державой, и в 1517 Египет попал под власть турецкого султана Селима I Явуза, который включил в состав Османской империи Сирию, Аравийский п-ов и бóльшую часть Северной Африки.