К 1690 году борьбе двух направлений русского образования подведен был окончательный итог. Евфимий и Лихуды в своих сочинениях дали полное опровержение латинских воззрений и раскрыли при этом ошибки Полоцкого, Медведева и юго-западных книг. Патриарх созвал собор в Москве, на котором хлебопоклонническая ересь была осуждена и предана проклятию.

Собором запрещены и осуждены были некоторые малороссийские книги, замеченные в уклонениях в латинство (Большой Требник, Служебник и "Лифос" Петра Могилы, Евангелие Транвиллиона и др.). Киевские ученые были высылаемы из Москвы или же сами спешили убираться. Киевское влияние было устранено, но зато Москва лишилась после этого самого главного источника своего духовного просвещения.

Главными деятелями просвещения у нее остались теперь братья Лихуды, но реакция против латинства, превращавшаяся в гонение всех иностранцев, коснулась в конце концов в самих Лихудов.

Московская Академия

Академическое обучение открылось непосредственно после приезда Лихудов. Согласно грамоте 1682 года, Академия облекалась громадными правами и привилегиями. В ней предположено было преподавать духовные и светские науки - грамматику, пиитику (теория поэзии, литературы), риторику (теория красноречия, наука о правилах искусного ораторского изложения), диалектику, философию и богословие, и языки славянский, греческий, польский и латинский для людей всякого чина в возраста.

Царь предоставлял в ее пользу свою библиотеку, вотчины восьми монастырей, право суда над ее людьми предоставлял ее блюстителю вместе с учителями. Учителям царь обещал пенсии, а ученикам лучшие места на службе. Блюстителем и учителями положено назначать только русских или греков, испытанных в православии и дававших клятву быть ему верными, учителей из Малороссии и Литвы дозволялось принимать только по свидетельству об них достоверных людей.

Академия назначалась быть блюстительницею православия во всей России. Никто не должен был держать у себя учителей иностранных языков, а должен был для обучения языкам отдавать своих детей в Академию. Она обязывалась смотреть и за тем, чтобы в России не было иноверной пропаганды, и за новообращенными, тверды ли они в вере, и за всеми вообще людьми духовного и мирского чина, не держит ли кто у себя запрещенных книг, не вступает ли в состязания о вере и проч. Ей предоставлялся и суд по религиозным преступлениям: по суду ее запрещенные книги должны были подвергаться сожжению; нетвердых в вере она могла подвергать ссылке, а иноверцев, виновных в хуле на православную веру, и русских отступников - даже смертной казни чрез сожжение. Последние грозные полномочия академии не были, впрочем, осуществлены на практике, и ей досталось одно, более скромное, просветительное значение.

Полные курсы Лихудов начались в 1686 году по отстройке зданий Академий в Заиконоспасском монастыре, причем в нее переведены были и ученики типографской школы. В три года учители успели пройти целый курс, состоявший из грамматики, пиитики, риторики, логики и физики частью на греческом, частью на латинском языках. Ученики их говорили на обоих языках и перевели несколько книг, старшие из них начинали и сами заниматься обучением начинающих.

В 1688 году Иоанникий ездил с русским посольством в Венецию, где пробыл более трех лет; поэтому второй курс Софроний вел один и довел его к возвращению брата тоже до физики. На этом и застигла их добравшаяся до них реакция. В преподавании своем они старались избегать всяких следов своего западного образования - и схоластического метода, и господства латыни, - вместо Аристотеля, на первый план выдвигали Священное Писание и отцов церкви, вместо латыни - греческий язык, схоластического богословия вовсе не преподавали.

В Москве ими были довольны; до поры до времени доволен был и их восточный патрон, патриарх Досифей, в 1692 году он прислал им даже свою похвальную грамоту, но потом вдруг стал действовать против них, будучи возбужден к тому наветами на них разных завистливых греков, с которыми Лихуды держались не совсем по-землячески и не стали делиться своими деньгами. В 1693 году патриарх отправил в Москву три послания - к царям, патриарху Адриану и самим Лихудам, решительно требуя, чтобы латынь была вовсе изгнана из академического курса, Лихудов укорял за то, что они не занимаются будто бы своим делом, а забавляются около физики да философии, называл их не Лихудами, а Ликудиями (от греч. "ликос" - волк), грозил им даже отлучением.

В угоду ему ученых братьев отставили от Академии и предоставили им преподавать при типографии итальянский язык. Но Досифей был недоволен и этим - требовал, чтобы их вовсе выгнали из Москвы, и обвинял их в гордости, в самозванном присвоении княжеского титула и даже в сношениях с турецким правительством. После этого в 1701 г. их удалили в Ипатьевский монастырь.

После высылки Лихудов начался быстрый упадок Академии. Место их заняли их ученики, не имевшие уже ни такого образования, ни такого авторитета, как они. Академический курс сократился; латынь была совершенно из него изгнана. Патриарху Адриану было не до Академии; все внимание его было обращено на истребление латинских и протестантских ересей; в посланиях и поручениях своих он горько жаловался, что многие из москвитян, и знатные, и простые, стали критиковать учение и установления церкви, вопрошая: сие чего ради? И сие откуда взято? И сие кто предаде?

Инок Евфимий, по его поручениям, неутомимо занимался против западных ересей переводами греческих книг, какие присылались с Востока, преимущественно через патриарха Досифея; в 1696 году трудами его было издано на славянском языке "Православное Исповедание Петра Могилы".

Хотя в Академии был сильный недостаток ученых, однако, из подозрительности западных ученых не принимали, хотя бы они с клятвой присоединялись к православию.

Здания Академии не ремонтировались, потолки и печи обвалились. Петр I, вступив на престол, выразил большое недовольство таким беспризорным ее положением и указал на необходимость вызвать киевских ученых; вызванные потом царем, они сделали латинское образование опять господствующим в Академии.