Церковная власть митрополита простиралась на все епархии Русской Церкви. Митрополит получал большие вотчинные доходы с земель своей, самой обширной, епархии, которая до 1448 г. разделялась на две части - московскую и киевскую.

От поставления епископов ему шли ставленые пошлины. Во время своих поездок митрополит тоже получал много даров, а духовенство, кроме того, везде платило ему подъезд на содержание его со свитой и ставило подводы. Важную статью его доходов составляли судные пошлины с духовенства и мирян за церковный суд. В своей собственной епархии митрополиты, как и все архиереи, получали со всех церквей дань, петровские и рождественские сборы, подъезд, пошлины ставленые, сбор на десятильников и других служилых и домовых людей.

При таких средствах кафедра русского митрополита по богатству занимала выдающееся место. На свои богатые средства первосвятители строили многие церкви и монастыри и совершали дела благотворительности. Двор митрополичий был устроен как двор царя, у митрополита был и свой полк с воеводой.

Для управления митрополичьей областью у него были особые духовные и светские органы митрополичьей власти. Постоянными помощниками его по управлению по-прежнему были его соборяне, составлявшие при нем постоянный совет, его "клирос". В Киеве всеми делами заведовал наместник митрополита из духовных лиц. Разные духовные - судные и административные — дела поручались иногда протопопам и архимандритам. Для суда над церковными людьми по гражданским делам и для сборов с духовенства были назначаемы из мирских людей митрополичьи десятильники, поставлявшиеся над округами из нескольких приходов (десятинами), а для управления вотчинными волостями — волостели.

Московские митрополиты и патриархи, опираясь на силу гражданской власти, пользовались широким правами. Внутреннее управление Церковью велось по порядкам и законам, принятым исстари при прежних русских князьях. Московский первоиерарх поставлял епископов, разбирал между ними все спорные вопросы, увещевал, судил совместно с собором.

Московский святитель всегда был советником великого князя или царя, имел право печаловаться за обиженных. Московские митрополиты и патриархи имели важный голос в решении государственных вопросов, хотя не всегда, что зависело от личных качеств и взглядов митрополита (патриарха) и великого князя (царя).

Учреждение патриаршества не произвело никаких существенных перемен в правах русского первосвятителя. Общий иерархический строй Русской Церкви остался таким же, каким был при митрополитах. Вся разница сравнительно с прежним временем сводилась в этом отношении лишь к тому, что он сравнялся с другими православными патриархами по своей самостоятельности, и к преимуществам его иерархической чести. Прежние богослужебные преимущества первосвятитвля - белый клобук и саккос (с 1675 г.) - перешли ко всем митрополитам нового патриархата; патриарх стал отличаться от них крестом на митре и на клобуке, бархатной цветной мантией с образами на скрижалях, саккосом с нашивной епитрахилью, преднесением перед ним креста и в церковных ходах свечи; во время служения он облачался среди церкви, тогда как прочие сослужившие с ним архиереи - в алтаре; один только он садился на горнее место, наконец, один только причащался сам, прочие же архиереи принимали причащение из его рук.

В своей административной обстановке патриарх окружил себя большей сравнительно с прежним временем пышностью и величием, по крайней мере после успокоения России от смут, при царе Михаиле Феодоровиче. Прежде все дела по церковному управлению митрополиты поручали вести разным доверенным лицам; теперь место этих лиц заступают целые учреждения - приказы наподобие царских, состоявшие каждый из боярина, дьяков и подьячих и решавшие дела с доклада патриарху. Таких приказов в течение почти всего ХVII века было три: 1) судный, заведовавший судебной частью; 2) казенный, ведавший всякими церковными сборами патриарха; 3) дворовый, заведовавший вотчинами и домовым хозяйством патриаршего дома. К концу ХVII века явился еще четвертый приказ - церковных дел - по делам церковного благочиния.

По примеру патриарха стали заводить у себя приказы и другие архиереи; но в епархиях заводились обыкновенно только по два приказа - духовный для епархиального управления и суда и казенный, сосредоточивавшийся около личности архиерейского казначея.