Последние два патриарха после Никона - ИОАСАФ II и ПИТИРИМ -были кроткими и тихими и управляли Церковью в мире с царем.

Но со вступлением на кафедру патр. ИОАКИМА (в 1674 г.) снова начинается борьба за права и целость Церкви. Иоаким происходил из боярского рода, образование получил в Киевском монастыре. Отличался твердым и энергичным характером и административным талантом.

В 1675 г. он созвал собор, на котором подтверждено было определение Большого собора о неподсудности духовенства светскому суду. После этого Монастырский приказ был закрыт. Вообще Иоаким твердо настаивал на неприкосновенности церковного ведомства, подобно патриарху Никону. Иоаким обратил внимание на материальное положение духовенства. Он добился надела церквей землями (начатого еще при царе Михаиле Феодоровиче), облегчил епархиальные сборы с духовенства, ввел единообразие в количестве этих сборов.

В отношении церковных вотчин правительство не сделало никаких уступок, и определения о них "Уложения" остались во всей силе.

Под конец царствования Феодора Алексеевича в 1682 г. в Москве состоялся собор, на котором царь предложил несколько вопросов относительно церквей и духовенства. Эти вопросы выражали новые идеи правительства и были предвестниками грядущей церковной реформы. Именно царем обращено было внимание на распространение раскола, на недостаток церковной дисциплины, нарушенной крестцовым духовенством, на умножение часовен и т.д. Собор поэтому запретил заводить малые монастыри, ограничил свободу пострижения, запретил бродяжничество монахов, постановил во всех монастырях заводить общежития.

В 1682 г., после смерти царя Феодора Алексеевича, в Москве вспыхнула борьба между Милославскими и Нарышкиными. На престол был возведен десятилетний царевич Петр, сын царя Алексея и Наталии Нарышкиной. Но Милославские не успокоились. 15 мая произошло восстание стрельцов под влиянием интриг царевны Софии, дочери царя Алексея и первой его жены Марии Милославской. Стрельцы взяли верх: на престол возведен был второй сын царя Алексея, пятнадцатилетний Иван. Правительницей была сделана София. В 1689 г. владычество Софии была свержено, и престол занял Петр. София, по его приказанию, должна была жить в Новодевичьем монастыре. В 1698 г. поднялся против Петра новый стрелецкий бунт во имя старины, но царь со стрельцами скоро и жестоко расправился.

Последний год патриаршества Иоакима совпал с первым годом самостоятельного царствования Петра I. Иоаким в известной борьбе из-за престола постоянно действовал в пользу Петра и при свержении владычества Софии в 1689 г. явился к Петру в Троицкую Лавру и первый выступил в защиту Петра. Однако патриарх сильно разошелся с молодым царем во взглядах на значение для России иноземцев. Дело управления Русской Церковью делалось все труднее - с одной стороны, она была тревожима расколом, а с другой стороны – ей угрожали проникавшие с Запада иноземные новшества.

Петр вырос в гонении от родных, постоянно раздражаемый за отнятую у него власть. Из него выработался второй Иван Грозный, такой же ревнитель царской самодержавной власти. Грозному нужно было разбивать остатки старого вечевого и дружинного быта, Петру пришлось обратить внимание против народных суеверий, старой русской религиозной жизни, ликвидировать своеволие боярства и стрельцов.

Петр не отказался от своей реформы государства, когда против его реформ выступил патриарх. Преемник Иоакима Адриан был еще более своего предшественника привержен к старине, считал брадобритие великой ересью, крайне резко выступал против табака, иноземцев, приглашенных царем в Россию в качестве специалистов, не поддерживал реформ Петра. Несогласие патриарха с царем могло наделать еще больше хлопот, чем при Никоне. В 1700 г. Адриан скончался, преемник ему не был избран. Так окончилось в Русской Церкви патриаршее управление.