Как и другие принципы (свободы) внутреннего рынка, принцип свободного передвижения капиталов и тесно связанный с ним принцип свободного передвижения платежей допускает некоторые ограничения, подразделяемые на четыре группы.

· Внутренние ограничения. Статья 65 ДФЕС позволяет государствам-членам применять уместные положения национального налогового права, различающие налогоплательщиков по их месту жительства и по месту инвестирования их капитала. Государствам-членам также разрешено принимать все необходимые меры для предотвращения нарушений национального законодательства в области налогообложения и предусмотренного в законодательстве наблюдения за финансовыми учреждениями. Государства-члены, кроме того, могут вводить и сохранять в действии процедуры, требующие декларирования перемещений капиталов в целях сбора административной или статистической информации. Наконец, аналогично другим принципам (свободам) внутреннего рынка, свобода передвижения капиталов и платежей не лишает государства-члены права «принимать меры, которые являются оправданными по соображениям общественного порядка или общественной безопасности».

· Ограничения «статус-кво». Согласно ст. 64 Договора о функционировании Европейского Союза принцип свободного передвижения капиталов «не препятствует применению к третьим странам тех ограничений, которые согласно национальному праву или праву Союза существовали 31 декабря 1993 г. в отношении перемещений капиталов в третьи страны или из третьих стран, — когда подобные перемещения влекут за собой прямые инвестиции (в том числе инвестиции в недвижимость), учреждение, предоставление финансовых услуг или допуск ценных бумаг на рынки капиталов. Применительно к ограничениям, существовавшим согласно национальным законам в Болгарии, Эстонии и Венгрии, соответствующей датой является 31 декабря 1999 г.». Согласно той же статье новые ограничения на перемещения капиталов в отношениях с третьими странами могут вводиться, при необходимости, законодательными актами ЕС, причем если эти меры представляют собой «движение назад в праве Союза в отношении либерализации перемещений капиталов в третьи страны или из третьих стран», то Совет Европейского Союза может принимать их только единогласно.

· Ограничения, связанные с функционированием ЭВС - статья 66 Договора о функционировании Европейского Союза. Положения этой статьи позволяют Совету Европейского Союза по предложению Европейской комиссии и после консультации с Европейским центральным банком принимать «по отношению к третьим странам защитные меры на период не свыше шести месяцев при условии, что такие меры являются строго необходимыми». Основанием введения временных защитных мер служит угроза «серьезных трудностей для функционирования экономического и валютного союза», в том числе для поддержания устойчивости евро на мировом валютном рынке.

· Финансовое эмбарго. Согласно специальному разделу Договора о функционировании Европейского Союза (раздел IV «Ограничительные меры» части пятой «Внешнеполитическая деятельность Союза» ДФЕС) они могут заключаться в «приостановлении или сокращении экономических и финансовых отношений с одной или несколькими третьими странами», а равно в «ограничительных мерах против физических или юридических лиц, групп или негосударственных образований», например, замораживание счетов субъектов террористической деятельности. Подобные меры принимает Совет Европейского Союза по совместному предложению Европейской комиссии и Верховного представителя Союза по иностранным делам и политике безопасности. Тесно связанная со свободой передвижения капиталов свобода передвижения платежей может ограничиваться только в отношении платежей между государствами-членами ЕС и третьими странами в рамках вышеуказанных ограничительных мер, принимаемых при осуществлении внешней политики ЕС.