После перекрытия кочевниками торгового пути из варяг в греки и разорения монголо-татарами Киева Москва, находившаяся в центре речной системы северо-восточной Руси, постепенно превратилась в центр русского государства, став собирательницей русских земель. По сравнению с городами-соперниками Москва обладала очевидными преимуществами географического положения. Новгород был подвержен западному влиянию. Тверь не имела поблизости собственных житниц, ее коммуникации в случае военных конфликтов легко могли быть перехвачены соперниками. Рязань и Смоленск были чрезмерно выдвинуты на опасных в военном отношении направлениях. Москва была лучше укрыта, защищена расстояниями, реками, лесами и болотами. Роль важного оборонительного рубежа к югу от Москвы играла Ока, перегораживавшая пути нападающих. Окружающие Москву местности - ближняя и дальняя - обладали благоприятными предпосылками хозяйственного развития: имелись ополья, бортные угодья, гнезда огородничества и промыслов. Система рек и волоков обеспечивала выходы на Оку и Волгу. Путь по Москве-реке и Клязьме связывал западную часть Руси с Булгарским царством.

Возвышение Москвы сопровождалось расширением Московского государства. Одним из первых был освоен Север. Земли по Сухоне, Вычегде, Северной Двине и Печоре, являвшиеся поставщиками многих ценных товаров, назывались Заволочье. Большую роль в московской колонизации Севера сыграли Вологда и Устюг. Города Севера служили базой для подготовки и снаряже­ния отрядов, отправлявшихся за Камень, как называли в те времена Урал. Особую известность приобрел Сольвычегодск, основанный в 1492 г. предприимчивыми купцами Строгановыми у богатых соляных источников. Через Север были установлены торговые связи с Западной Европой. Близ устья Северной Двины стоял город-порт Холмогоры, преемником которого стал основанный в 1584 г. Архангельск, до 1613 г. называвшийся Новохолмогорами.

Московское государство активно расширялось к югу, юго-востоку и востоку. Решающее значение имело взятие в 1552 г. Казана. Взятию Казани предшествовало сооружение цепи городов-крепостей, расположенных на берегах рек волжского бассейна. Через шесть лет после взятия Казани была основана Астрахань, расположенная в стратегически важном месте на юго-востоке стремительно расширявшегося государства. Основание города открывало пути распространения русского влияния на Кавказ и Закаспийские территории. Закрепление на Волге было достигнуто сооружением городов-крепостей, занявших все важные по своему географическому положению «точки»: в 1586 г. была основана Самара, в 1589 г. - Царицын, в 1590 г. - Саратов. Образную оценку выхода Московского государства на Волгу даёт В.П. Семенов-Тян-Шанский: «Наша народная жизнь как раз и нашла тот богатырский размах, который позволил ей переселиться за Урал, в суровые Сибирские равнины и из них через горные страны докатиться до самого Тихого океана, т.е. пройти и Жиганск (1632), Вилюйск (1637), Верхоянск (1638), Среднеколымск (1643), Нижнеколымск (1644), Верхнеколымск (1647).

Суровые условия сибирского Севера создавали трудности, но редкая заселенность территории облегчала продвижение немногочисленных казачьих отрядов, не встречавших сопротивления со стороны местных жителей. В результате огромное расстояние от Урала до Тихого океана было пройдено за шесть десятков лет. В 1639 г. отряд Ивана Москвитина вышел на тихоокеанское побережье, а в 1649 г. был основан Охотск - колыбель русского тихоокеанского флота и в течение долгого времени главный порт России на берегах Тихого океана.

Речные системы великих сибирских рек создавали почти непрерывную длинную водную дорогу, относительно удобную и единственно возможную в тайге. Стекающие с восточного склона уральских гор реки выводили на Обь, с которой по ее притокам Ваху, Тыму, Кети можно было попасть на Енисей. Наибольшее значение приобрела дорога по Кети. Естественно, что города возникали на берегах рек: Сургут на Оби в 1594 г., Кетск на Кети в 1603, Енисейск на Енисее, ниже впадения в него Ангары, в 1619, Братск на Ангаре в 1631 и Илимск на Илиме в 1630 г. Для прикрытия этого водного пути с юга была устроена укрепленная линия. Наиболее значительные из составивших ее острогов, отличавшиеся лучшим географическим положением, впоследствии стали городами. Для создания укреплений на юге Сибири требовалось подняться вверх по Оби, Иртышу, Томи, Енисею, Ангаре. Так возникли Кузнецк в 1618 г., Красноярск в 1628, Иркутск в 1686 г. (т.е. на полвека позже, чем Якутск). Лишь в XVIII в. увенчались успехом настойчивые попытки по­строить города-остроги в зоне сибирской лесостепи на Енисее (Абакан в 1707 г.), Оби (Бийск в 1709), Иртыше (Омск в 1719). Чтобы пройти несколько сот верст от проходящих севернее транспортных коммуникаций на юг, понадобилось больше времени, чем для преодоления многих тысяч километров от Урала до Тихого океана.

Таким образом, цепочки городов по северу Сибири, по основному водному пути, наконец, цепочки острогов в составе укрепленных линий еще южнее - такой выглядела первоначальная география русских сибирских городов, основанных в конце XVI - первой половине XVII вв.

Судьба городов северной и средней широтных зон Сибири оказалась изменчивой. Первоначально Сибирский тракт, к которому в XVIII в. перешла главная роль в системе сибирских сообщений и в связях с Европейской Россией, был проложен с учетом рисунка сложившейся к тому времени сети сибирских городов. Но вскоре под влиянием общего смещения экономической жизни на юг, в благодатную лесостепь, он несколько раз, участками менял трассу, спускался все южнее и южнее. Эти перемены обрекли на угасание многие северные города. Упало значение городов, заслуживших известность и славу на первом этапе покорения Сибири: Сургута, Надыма, Енисейска, Братска, Илимска.