Федеральные органы исполнительной власти осуществляют свои полномочия на территории субъектов Федерации непосредственно или через создаваемые ими территориальные органы. Законодательные основы существования подобных исполнительных органов вытекают прежде всего из конституционного определения предметов совместного ведения Российской Федерации и ее субъектов (ст. 72 Конституции РФ). В соответствии с этим ст. 78 Конституции РФ закрепляет право федеральных органов исполнительной власти для осуществления своих полномочий на создание своих территориальных органов и назначение соответствующих должностных лиц.

В этой связи Правительство утвердило основные положения, касающиеся порядка создания и деятельности территориальных органов министерств и ведомств Российской Федерации.

Постановлением Правительства от 12 августа 2004 г. был определен порядок взаимодействия органов власти субъектов Федерации и органов местного самоуправления с территориальными органами федерального органа исполнительной власти и уполномоченного в области налогов и сборов.

Было подчеркнуто, что названные территориальные органы входят в систему органов исполнительной власти Российской Федерации и осуществляют свою деятельность под руководством соответствующих федеральных органов исполнительной власти. По вопросам, входящим в компетенцию субъектов РФ, они должны взаимодействовать с соответствующими органами исполнительной власти республик, краев, областей, городов федерального значения, автономной области, автономных округов. Территориальные органы в своей деятельности руководствуются прежде всего актами федеральных органов исполнительной власти, а по вопросам, входящим в компетенцию исполнительных органов субъектов РФ, также и их правовыми актами.

Создание, реорганизация и ликвидация территориальных органов производится федеральными органами исполнительной власти по согласованию с администрацией субъектов Федерации. На территории автономных округов данный вопрос должен решаться по взаимному согласию сторон. По результатам консультаций с администрацией субъектов Федерации соответствующие федеральные органы исполнительной власти осуществляют назначение на должность и освобождение от должности руководителей своих территориальных органов. Такое согласование в отношении руководителей силовых и правоохранительных органов не требуется.

Финансирование территориальных органов осуществляется, как правило, за счет федерального бюджета. Администрация субъектов Федерации выделяет для них помещения и создает необходимые условия для работы.

Территориальные органы участвуют в соответствии с профилем своей деятельности в выработке мер и способствуют государственному регулированию социально-экономического и административно-политического развития субъектов Федерации, в анализе межрегиональных программ; участвуют в совместной работе с органами исполнительной власти субъектов по разработке и реализации программ углубления экономических реформ по вопросам, касающимся сфер их деятельности; информируют федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Федерации о своей работе.

Территориальные органы вправе представлять федеральные органы исполнительной власти в их отношениях с органами исполнительной власти субъектов Федерации; запрашивать необходимую для своей деятельности информацию у федеральных и региональных органов исполнительной власти, а от организаций независимо от формы собственности - сведения, необходимые для выполнения своих работ; вносить предложения по вопросам сфер своей деятельности как федеральным, так и региональным органам исполнительной власти.

Структура и штаты территориальных органов определяются федеральными органами исполнительной власти.

Таким образом, порядок создания и деятельности территориальных органов федеральных органов исполнительной власти относится к полномочиям Президента и Правительства.

Одновременно Президент обязал Правительство обеспечить упорядочение состава территориальных органов федеральных органов исполнительной власти. Особое внимание при этом должно быть уделено исключению дублирования и параллелизма в деятельности территориальных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Федерации, более четкому разграничению их функций и полномочий.

В настоящее время в целях повышения эффективности деятельности территориальных органов федеральных органов исполнительной власти и их взаимодействия с органами исполнительной власти субъектов Федерации образованы региональные коллегии территориальных органов федеральных органов исполнительной власти. Положение о них утверждено 25 мая 1998 г. Коллегия действует в качестве совещательного органа при полномочном представителе Президента РФ в административном округе. В ее составе - руководители территориальных органов, действующих на территории региона и представляющих министерства внутренних дел, обороны, иностранных дел, МЧС и службу безопасности. Руководители иных территориальных органов могут быть включены в состав коллегии по согласованию с Полномочным представителем Президента. Основные задачи коллегии: обеспечение согласованного выполнения территориальными органами стоящих перед ними задач; разработка согласованных планов деятельности и т.д

Самым существенным в административно-правовой характеристике территориальных подразделений федеральных органов исполнительной власти является то, что они, действуя на территории субъектов Федерации, не входят в систему органов исполнительной власти этих субъектов. В этом смысле они являются организационным звеном системы соответствующих федеральных органов исполнительной власти, вертикально подчиненным последним. Поэтому их невозможно квалифицировать в качестве местных органов исполнительной власти.

Сейчас свои территориальные органы, действующие в пределах соответствующих субъектов (субъекта) Федерации, имеет ряд федеральных органов исполнительной власти. Как правило, они не имеют единообразного наименования: территориальные главные управления (управления), органы на местах, управления и подразделения на местах, региональные и местные подразделения, региональные инспекции, центры и т.п. Кроме того, часто говорится не столько о территориальных органах, представляющих федеральные органы исполнительной власти в субъектах Федерации, сколько о конкретных должностных лицах, действующих в тех же пределах, но не от имени соответствующего федерального органа, а в качестве представителя тех или иных контрольно-надзорных служб, находящихся в ведении федеральных органов исполнительной власти.