Реформы, проводившиеся в России во второй половине XIX в., практически не затронули организационную структуру Православной церкви. Как и раньше, царь оставался «верховным земным покровителем» Русской православной церкви, но непосредственными делами церковного управления ведал Святейший Синод. Он состоял из присутствия и собственно управления. Присутствие объединяло высших иерархов православной церкви, выносивших свои решения по важнейшим вопросам жизни церкви.

Компетенции Святейшего Синода принадлежали все дела церковной организации: истолкования церковных догматов, распоряжения по церковной обрядовости и молитвам, назначение церковных должностных лиц, заведование церковным имуществом, церковное просвещение, борьба с еретиками и раскольниками, церковная цензура, судебные дела духовных лиц. Возглавлял это влиятельное ведомство обер‑прокурор Святейшего Синода. С 1880 г. и до конца 1905 г. на этой должности бессменно находился известный консервативный деятель К. П. Победоносцев (1827–1907).

К началу XX в. церковь делилась на 66 епархий: 64 в пределах России, одна в Америке (Алеутская) и одна в Японии. Каждая епархия, возглавляемая архиереем, назначаемым царем по согласованию с Синодом, подчинялась непосредственно Синоду. Епархиальный архиерей мог носить титул митрополита, архиепископа или епископа. Он являлся в пределах епархии не только высшим церковным административным лицом, но и «главным учителем веры и нравственности».

Структура местного церковного управления помимо архиерея включала еще духовную консисторию, ведавшую собственно управлением и церковным судом, училищный совет, занимавшийся делами церковно‑приходских школ, и попечительский совет о бедных лицах духовного звания. Каждая епархия делилась на благочинные округа, пределы которых определялись епархиальным начальством. Каждый из округов включал от 15 до 35 приходских храмов. Вне епархий находились церкви придворного и военного ведомства, а также 10 крупнейших монастырей.

Всего в России к началу XX в. насчитывалось более 80 млн православных верующих и 37 тысяч приходов. В число православных входили и старообрядцы («раскольники»), которых, по данным Синода на 1895 г., насчитывалось около 13 млн человек и которые не подчинялись синодальному управлению.

В России действовали 4 духовные академии (900 студентов), 58 духовных семинарий (19 000 учащихся), 183 духовных училища (32 000 учащихся), 49 епархиальных женских училищ (13 300 учащихся) и 13 женских училищ духовного звания (2 100 учащихся).

С начала 80‑х гг. церковь стала играть активную роль как бы второго Министерства народного просвещения. Александру III была близка идея широкого развития в стране сети церковно‑приходских школ. Подобные начальные учебные заведения не только давали основы грамотности, учили детей читать и писать, но и прививали духовно‑нравственные ценности, так как преподавателями являлись по преимуществу приходские священники. К началу 80‑х гг. их число не достигало и пяти тысяч.

Этого было мало, но широкому развитию школьного дела мешало отсутствие средств и необходимого персонала. При Александре III положение изменилось. Утверждая 13 июня 1884 г. «Правила о церковно‑приходских школах», император наложил резолюцию: «Надеюсь, что приходское духовенство окажется достойным своего высокого призвания в этом важном деле».

Несмотря на тяжелое состояние государственных финансов, вопрос о выделении добавочных средств на развитие церковно‑приходского образования решался довольно оперативно. Уже в 1882 г. первые суммы поступили на счета Святейшего Синода (ведавшего церковно‑приходскими школами). Их размер неизменно увеличивался. Забота власти способствовала небывалому увеличению числа церковно‑приходских школ. Общее их число в 1894 г. достигло почти 31 тыс., в них обучалось более миллиона мальчиков и девочек.

Религиозно‑православное попечение о нравственном здоровье народа проявлялось в период царствования Александра III и в особом внимании к нуждам духовенства. Еще при Николае I в 1842 г. были утверждены штаты церковных причтов, с отпуском из казны ежегодно значительных сумм на их содержание. При Александре II с 1861 г. поток средств почти прекратился, выделяемые деньги шли почти исключительно на нужды духовенства на окраинах России. Необеспеченность большинства церковнослужителей центральных губерний России превратилась в вопиющую проблему. Александр III распорядился «восстановить порядок», существовавший до 1861 г., что и было исполнено.

На протяжении четверти века обер‑прокурором Святейшего Синода являлся Константин Петрович Победоносцев, назначенный на этот пост Александром II в 1880 г. В 1846 г. он окончил Училище правоведения, в 1860–1865 гг. занимал кафедру гражданского права в Московском университете и являлся одним из авторов либеральных правовых актов, введенных в действие в ходе судебной реформы 1864 г. В 1868 г. стал сенатором, в 1872 – членом Государственного совета. Победоносцев был одним из образованнейших правоведов своего времени, написал целую серию историко‑юридических трудов, а его «Курс гражданского права» в трех томах являлся учебным пособием нескольких поколений студентов.

Постепенно, под влиянием окружающей его действительности, К. П. Победоносцев полностью расстается с либеральными пристрастиями. После убийства Александра II его социальные взгляды окончательно окрашиваются в мрачные цвета. Причину общественных настроений, источник видимых недостатков реального мира он видит не в общественных учреждениях, не в системе отношений между людьми, а в нравственной природе самого человека.

Несовершенные люди не могут построить на земле ничего совершенного – вот главный камертон мировоззрения К. П. Победоносцева. Человек слишком «грязен» и «темен», и пока душа его не просветлится светом Небесной Истины, то ждать ничего хорошего не приходится. Глубокий христианский скептицизм и мистицизм делали обер‑прокурора Синода непримиримым критиком любых попыток социального реформирования. Его острый ум видел недостатки и темные стороны там, где другие их не замечали.

В 1896 г. появился победоносцевский «Московский сборник», статьи которого отразили главные мировоззренческие постулаты, как его назвали противники, «черного кардинала империи». Победоносцев категорически выступал против воспроизведения в России любых форм государственно‑либеральных западноевропейских моделей, называя всеобщее избирательное право и парламентаризм «великой ложью нашего времени». Конструктивными факторами истории для него являлись Государство и Церковь, неразделимые «как дух и тело». Отделение церкви от государства неминуемо приведет к гибели и того и другого. Государство Русское может существовать только при сильной верховной царской власти, потребность в которой «глубоко таится в душе русского человека».

Победоносцев как широко образованный человек слишком хорошо знал историю, чтобы убаюкивать себя иллюзией о возможности тихого и бесконечно долгого недвижимого существования.

В узком сановном кругу он не раз предрекал «неизбежное крушение». Эти речи производили странное впечатление в силу того, что звучали из уст высокопоставленного должностного лица, обязанного защищать «основы и начала», а не предрекать грядущую гибель. Победоносцева нельзя было обвинить в пассивности; он старался по мере сил и возможностей выискивать опасности и пресекать их. Однако политика недопущения и запретов, непременным сторонником которой являлся глава Синода, сама по себе была лишена какого‑либо созидательного содержания и не сулила никакой перспективы стране.