Начавшееся бурное возрождение Русской Церкви сопровождалось нарастающими процессами внутреннего нестроения. Кроме того, в условиях, когда российское общество начало обращаться к поискам некоммунистической «веры» и новых путей организации своей жизни, Московский Патриархат проявил определенное неумение наладить взаимодействие с потенциальной паствой. Подобная неготовность объяснялась, прежде всего, наследием прежних времен, когда религиозные организации были в основном вытеснены за пределы реальной общественной жизни. Все эти проблемы мешали Русской Церкви полноценно выполнять свои функции и в 1990-е. В результате активизировались внеконфессиональные поиски веры, множились ряды членов тоталитарных сект. Церковную жизнь также существенно осложняли различные расколы. В западных областях ставшей независимой Украины произошло возрождение не существовавшей легально с конца 1940-х ГрекоКатолической (униатской) Церкви.

Архиерейские соборы 1992 года.  Архиерейский Собор Русской Православной Церкви в 1992 году был созван дважды - в мае и июне. В мае Собор отклонил обращение митрополита Киевского Филарета (Денисенко) и епископата Украинской Православной Церкви по поводу дарования ей автокефалии. Митрополит Филарет, вернувшись в Киев, объявил о  выходе из состава Московского Патриархата и самочинно провозгласил автокефалию Украинской церкви. Созванный в июне того же года Собор с горечью засвидетельствовал, что на земле Украины возник новый раскол и постановил извергнуть митрополита Филарета (Денисенко) из сущего сана, лишив его всех степеней священства и всех прав, связанных с пребыванием в клире (позже анафематствован).

Часть приходов отделилось от Русской Церкви в Молдове и Эстонии. Вследствие распространения Константинопольским Патриархатом своей юрисдикции на Эстонию, в 1995-1996 Русская Церковь временно прерывала с ним евхаристическое и каноническое общение.

В первой половине 1990-х было образовано большое количество новых епархий. К 1997 г. их общее число достигло 124. Российские власти возвратили Церкви большинство сохранившихся храмов; в некоторых городах и селах строились новые храмы; возрождалась монашеская жизнь; открывались Духовные учебные заведения. Вначале 1997 г. в Русской Церкви имелось 18 тыс. приходов, 390 монастырей, 47 монастырских подворий, 146 архиереев, 17 тыс. священнослужителей, 5 Духовных академий, 26 семинарий, 29 Духовных училищ и 13 пастырских курсов (всего около 9 тыс. учащихся).

Архиерейский Собор 1994 года. Архиерейский Собор 1994 г. принял определение «О взаимоотношениях Церкви с государством и светским обществом на канонической территории Московского Патриархата в настоящее время»; Определение «О вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Церкви»; Определение «Об издательской деятельности». Собор также образовал новые отделы Русской Церкви: миссионерский и отдел по взаимодействиям с вооруженными силами и правоохранительными учреждениями.

Юбилейный Архиерейский Собор 2000 года. Завершил историю Русской Православной Церкви в XX веке юбилейный Архиерейский Собор 13-16 августа 2000 г. В это время в Московский Патриархат входило 130 епархий, 545 монастырей  и 19,5 тыс. приходов. Собор прославил в лике святых около тысячи новомучеников и исповедников Российских, в том числе последнего русского императора Николая II и членов его семьи, расстрелянных в 1918. Кроме того, Архиерейский Собор подвел итоги деятельности Московского Патриархата на рубеже тысячелетий, принял новую редакцию «Устава Русской Православной Церкви» и одобрил «Основы социальной концепции Русской Православной Церкви». Последний документ стал уникальным явлением в истории Православных Церквей, так как он впервые полно и систематически выразил позицию Церкви по важнейшим общественным проблемам: светская культура и наука, собственность, мир, война, преступность, светское право, средства массовой информации, труд, вопросы семьи и брака, отношения с государством и экологии.

Архиерейский Собор 2004 года. На Соборе было принято Определение «О взаимоотношениях с Русской Православной Церковью за границей»; Определение «О взаимоотношениях со старообрядчеством»; Определение в отношении «Положения о наградах Русской Православной Церкви».  

Воссоединение Русской Зарубежной Церкви к Московскому Патриархату. 17 мая 2007 года в храме Христа Спасителя состоялась торжественная церемония подписания Акта о воссоединении Русской православной церкви за границей с Русской православной церковью Московского патриархата. Акт о каноническом общении подписали патриарх Алексий II и митрополит Лавр, первоиерарх Русской зарубежной церкви. Затем прошла первая после восстановления единства Русской православной церкви совместная литургия.

Архиерейский Собор 2008 года. На Соборе было принято Определение «О единстве Церкви»; Определение «О вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Русской Православной Церкви»; Определение «О деятельности Преосвященного Диомида, епископа Анадырского и Чукотского» , которого Собор изверг из священного сана за раскольническую деятельность.

Новое патриаршество.

Архиерейский и Поместный соборы 2009 года. Архиерейский и Поместный соборы Русской Православной Церкви, состоялись в январе 2009 года. Причиной созыва Соборов стала необходимость избрания нового Предстоятеля Русской Православной Церкви в связи со смертью патриарха Алексия II (+ 5 декабря 2008).

Архиерейский собор рассмотрел и утвердил предложенные Священным Синодом Положение о составе Поместного Собора Русской Православной Церкви, программу, повестку дня, регламент и структуру Поместного Собора Русской Православной Церкви, а также процедуру избрания Поместным Собором Святейшего Патриарха Московского и всея Руси. Вечером 25-го января было проведено тайное голосование по выдвижению трех кандидатов в патриархи, которые будут предложены Поместному собору. Общее количество полученных счетной комиссией бюллетеней равнялось 250. Число присутствующих делегатов было 198, количество розданных бюллетеней – 198, количество не розданных бюллетеней, погашенных Счетной комиссией – 52. Испорченных бюллетеней при подсчете не выявлено. Количество бюллетеней, изъятых из урн после голосования равнялось 198. Действительных бюллетеней было 197, недействительных – 1. Результаты голосования выглядели следующим образом: Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл - 97 голосов; митрополит Калужский и Боровский Климент - 32 голоса; митрополит Минский и Слуцкий Филарет - 16 голосов; митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий - 13 голосов; митрополит Киевский и всея Украины Владимир - 10 голосов; митрополит Черновицкий и Буковинский Онуфрий - 10 голосов; митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий - 7 голосов; митрополит Кишиневский и всея Молдовы Владимир - 4 голоса; митрополит Одесский и Измаильский Агафангел - 3 голоса; митрополит Волгоградский и Камышинский Герман - 1 голос; митрополит Аргентинский и Южноамериканский Платон - 1 голос; митрополит Восточно-Американский и Нью-Йоркский Иларион - 1 голос; митрополит Ташкентский и Среднеазиатский Владимир - 1 голос; епископ Сыктывкарский и Воркутинский Питирим - 1 голос. Таким образом, тремя кандидатами, которых Архиерейский Собор представит для голосования при избрании Патриарха Московского и всея Руси на Поместном Соборе, стали: митрополит Кирилл, митрополит Климент и митрополит Филарет. Незадолго до начала голосования 27 января митрополит Филарет объявил о своем самоотводе. Вечером 27 января делегаты Поместного Собора тайным голосованием избрали на вдовствующий Московский Патриарший престол митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла. Он набрал 508 из 677 голосов. Интронизация святейшего патриарха Кирилла состоялась 1 февраля в Храме Христа Спасителя.

Архиерейский Собор 2011 года. Собор, состоявшийся в Москве 2-4 февраля 2011 г., рассмотрел и принял следующие документы: «Практика заявлений и действий иерархов, духовенства, монашествующих и мирян во время предвыборных кампаний. Проблема выдвижения духовенством своих кандидатур на выборах; «Общественная деятельность православных христиан»; «О мерах по сохранению памяти новомучеников, исповедников и всех невинно от богоборцев в годы гонений пострадавших»; "О хиротонии безбрачных лиц, не состоящих в монашестве"; «Об отношении к намеренному публичному богохульству и клевете в адрес Церкви». Собор рассмотрел проект документа "Временное положение о материальной и социальной поддержке священнослужителей и работников религиозных организаций Русской Православной Церкви, а также членов их семей" и принял поправки к Уставу Русской Православной Церкви.

Архиерейский Собор 2011 года. Накануне открытия, 1 февраля, состоялась встреча членов Архиерейского Собора с президентом Российской Федерации Владимиром Путиным, в ходе которой обсуждались ключевые вопросы церковногосударственных отношений. Глава Российского государства дал высокую оценку трудам Русской Православной Церкви, а также ответил на ряд вопросов архипастырей. 2 февраля, в первый день работы Собора, с докладом о жизни и деятельности Русской Церкви к соборянам обратился патриарх Московский и всея Руси Кирилл. Затем Собор принял ряд документов: «Положение об избрании Патриарха Московского и всея Руси»; «Положение о составе Поместного Собора Русской Православной Церкви»; «Позиция Церкви в связи с развитием технологий учета и обработки персональных данных»; «Позиция Русской Православной Церкви по реформе семейного права и проблемам ювенальной юстиции»; «Позиция Русской Православной Церкви по актуальным проблемам экологии». Была утверждена новая редакция Устава Русской Православной Церкви с учетом внесенных в него поправок.

Архиерейский Собор 2016 года. 22 октября 2015 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил провести Архиерейский Собор Русской Православной Церкви с 2 по 3 февраля 2016 года в городе Москве. Собор созван на год раньше, чем это предполагает Устав Русской Православной Церкви. По словам патриарха Кирилла, это вызвано активной подготовкой к Всеправославному Собору. К участию в Соборе были приглашены 354 архипастыря из 293 епархий Русской Православной Церкви. Собор рассмотрел и принял следующие документы: Определение об общецерковном прославлении ряда местночтимых святых; о внесении изменений и дополнений в Устав Русской Православной Церкви и обратился с посланием к клиру, монашествующим и всем верным чадам Русской Православной Церкви.

Архиерейский Собор 2017 года. Собор был созван с целью торжественно отметить столетний юбилей восстановления патриаршества в Русской Церкви. Участники собора также утвердили следующие документы: Положение о монастырях и монашествующих Русской Православной Церкви; документ «О канонических аспектах церковного брака» и новую редакцию «Положения о наградах Русской Православной Церкви».