Киевская митрополия в Польско-Литовском государстве очутилась в самом невыгодном для нее положении, одинокая, лишенная всякой внешней опоры, лицом к лицу с сильным католичеством. На первых порах она была, впрочем, еще довольно сильна сама по себе, своей численностью и внутренней силой. Сами короли, восходившие на польско-литовский престол из литовского рода Ягеллонов, хорошо знакомые с характером своей родной страны, старались воздерживаться от излишней католической ревности, – чтобы не раздражать православного народа, охраняли права последнего, давали православным церквам и монастырям жалованные грамоты, сдерживали слишком рьяные напоры католичества на святыню народной веры. Первый киевский митрополит, после разделения, Григорий, приверженец Флорентийской унии, через 10 лет управления митрополией почел за лучшее отказаться от унии.  Весьма вредным для Православной Церкви было усвоенное королям право церковного «патроната» и «продажа» церковных мест – архиерейских кафедр и находившихся на коронных землях монастырей и храмов. По этому праву короли назначали на епархиальные кафедры епископов, а в храмы и монастыри – настоятелей за деньги, и через это доводя православную иерархию до самого жалкого положения. Очутившись в таком опасном состоянии, Киевская митрополия старалась создать себе внешнюю опору в Константинопольском патриархе. Патриарх принимал иногда близкое участие и в административных делах Киевской митрополии, особенно касавшихся ее отношений к иноверному государству и защиты православия от покушений на него латинства. Но в общем своем ходе внутреннее управление митрополии  велось независимо от патриарха, по порядкам и законам, принятым исстари при прежних русских князьях. Важнейшей особенностью в этом управлении было весьма близкое участие в церковных делах мирян – народа и православных панов, в которых православная церковь, при указанном отношении к ней правительства и ослаблении своей собственной иерархии, находила для себя единственную поддержку. Они следили за употреблением и целостью церковных имуществ и за самым церковным управлением, протестовали против злоупотреблений владык и других духовных лиц и защищали церковные интересы перед правительством.

Брестская уния.

В 1596 году для введения унии собрался в Бресте небывало многолюдный и торжественный собор, на который, кроме епископов, духовенства и многих мирян, прибыли два патриарших экзарха, Никифор от константинопольского и Кирилл Лукарис от александрийского патриархов. Но собор этот с самого же начала разделился на две партии, униатскую и православную. Униаты открыли заседания в городском соборе, а православные – в одном частном доме. Экзарх Никифор три раза приглашал митрополита и 4 епископов-униатов на собор православных; когда они не явились, собор лишил их сана и единогласно отверг унию. Со своей стороны, униатское собрание отвечало проклятием на православный собор и торжественным актом о принятии унии, который был тогда же утвержден королем. Православные епископы были объявлены ослушниками своего митрополита и изменниками своей церкви, греческие экзархи – самозванцами и шпионами султана, все православные – преступниками против духовной власти своих иерархов и против воли короля. Так совершилась пресловутая уния между православной и латинской церковью, явление, менее всего отвечавшее своему названию. Положение православной церкви с начала XVII века сделалось совершенно невыносимым, особенно в Литве, на Волыни и в Галиции; Малороссия, благодаря силе казачества, была еще несколько спокойнее. Православные постоянно подвергались оскорблениям и насилиям. Борьба с унией духовным оружием началась непосредственно через образование православных «братств». Кроме братских школ, православная церковь нашла себе сильную духовную опору в своих монастырях. Несмотря на отнятие у православных множества обителей в унию, православные монастыри отличалась многолюдством, тогда как униатские стояли почти пустые. В течение первых 20 лет унии, самых тяжелых для православной церкви, возникло даже до 10 новых православных монастырей и между ними три монастыря таких, как Почаевский, виленский Святодуховский и киевский братский, которые сделались главными оплотами православия для целых краев России: первый – для Волыни, второй – для Литвы, третий вместе с Киево-Печерскою лаврой – для Малороссии.