Церковный раскол в России связан с именем патриарха Никона, который в 50-х и 60-х годах 17 века устроил грандиозную реформу Русской церкви. Изменения коснулись буквально всех церковных укладов. В России в то время сложилась уникальная ситуация, когда религиозные обряды в стране очень сильно отличались от общеправославных , в том числе и от греческих обрядов, откуда и пришло христианство на Русь. В течение веков, в процессе переписки, в церковных богослужебных книгах просочилось большое количество искажений и опечаток. В частности, в Русской церкви до 17 века все крестились двумя перстами, а в остальных православных церквах - тремя. Церковные обряды велись по принципу «многоголосья», который выражался в том, что одновременно службу вели и священник, и дьяк, и певчие, и прихожане. В результате образовалась многоголосие, в котором тяжело было что-то разобрать. Царь Алексей Романов одним из первых указал на эти проблемы, предлагая принять меры для наведения порядка. В 1653 - 1655 годах патриарх Никон начал реализацию реформ, которые выразились в следующем: Крестное знамение совершать тремя перстами вместо двух. В праздники и воскресные дни заменить земные поклоны поясными. Исправить все церковные книги, сверяя их с греческими. Вместо "Исус" писать "Иисус". В Символе веры из определения свойств Духа Святаго исключено слово «Истиннаго». «Аллилуйя» во время богослужения стали произносить не дважды (сугубая аллилуйя), а трижды (трегубая). Изменено число просфор на проскомидии и начертание печати на просфорах. Введено понятие "православие" вместо «правоверие». Помимо восьмиконечного креста решено использовать и четырехконечный. Крестный ход стали совершать не посолонь (по часовой стрелке), как было раньше, а против солнца. После начала реализации реформ по всей стране прокатились массовые народные восстания, направленные против изменений церковного уклада. Часть людей открыто высказывала свое недовольство. Люди уходили в леса, в далекие поселение, в другие страны. Показательной является реакция государства, которое фактически устроило инквизицию. Горели не только книги, но и люди. Тысячи людей погибло, выступая против реформаторских идей Московского патриарха. Приверженцы старых обрядов, впоследствии получившие название «старообрядцы», были преданы анафеме на Московском соборе 1656 года и на Большом Московском соборе1666—1667 годов. В результате появились старообрядческие группы, впоследствии разделившиеся на многочисленные согласия. Резкость и процедурная некорректность (так, патриарх Никон однажды публично избил, сорвал мантию, а затем без соборного решения единолично лишил кафедры и сослал противника богослужебной реформы епископа Павла Коломенского) проведения реформ вызвала недовольство среди значительной части духовенства и мирян, которое питало также личную неприязнь к отличавшемуся нетерпимостью и амбициозностью патриарху. Все закончилось отстранением Никона от патриаршества.

Суд над патриархом Никоном составлял только один эпизод из деяний большого московского собора, состоявшего собственно из двух соборов – одного, созванного в феврале 1666 г. из русских иерархов для решения вопросов о церковных исправлениях Никона и расколе, и из собора, начавшегося в конце того же года с участием восточных патриархов. Это был такой же многосодержательный собор, как в XVI веке Стоглавый. Различные церковные исправления, энергичное, даже бурное патриаршество Никона, возникновение раскола, многочисленные обличения современных церковных нестроений, раздававшиеся со всех сторон, и от своих, и от чужих наезжих людей, тяжелое столкновение церковного и государственного ведомств – все это сильно встревожило русскую жизнь и возбудило множество острых и настоятельных вопросов, для разрешения которых правительство и церковная власть спешили теперь воспользоваться помощью такого важного по составу собора.

 Во время своих многочисленных заседаний собор действительно успел отозваться на все главные вопросы времени, постарался решить и те из них, которые специально касались государственного положения церкви, церковного управления и состояния духовного чина. Осудив великое государствование Никона, его чрезмерные притязания и некоторые частные распоряжения, например, образование им особого, лично ему принадлежащего церковного удела из трех его монастырей, возвратив незаконно отобранные для вотчины и самые монастыри эти подчинив местным архиереям, собор признал, однако, справедливым основной взгляд Никона на государственное положение церкви и на монастырский приказ.

Определено было, что патриарх не должен носить титула великого государя и вступаться в мирские дела, но в то же время подтверждена была прежняя независимость церковного ведомства от мирского суда. Духовных лиц не велено было «вовлачать в мирския судилища» не только по делам гражданским, но до снятия сана даже и по делам уголовным; светские лица церковного ведомства по гражданским делам тоже подчинены были суду одних своих епархиальных архиереев. Собор определил, чтобы и сами святители судили свое духовенство во всех делах, а мирян в делах духовных, брачных и по духовным завещаниям, через духовных же, а не мирских людей своих архиерейских домов, вследствие чего при архиерейских кафедрах стали заводиться духовные приказы из судей духовного сана, светским же чиновникам архиерейских домов стали предоставляться главным образом дела суда гражданского, хозяйственные по архиерейским и церковным вотчинам, полицейские и разные исполнительные действия по духовному суду. Кроме того, собор обратил внимание на слабость церковной власти, происходившую от непомерной величины русских епархий; и решил увеличить число епархий; выразил также желание, чтобы для совещания об общих делах архиереи чаще съезжались в Москву на соборы.

Подчинение Киевской митрополии Московскому патриарху.

Заключение Россией  «вечного мира» с Польшей, что дало России право удержать за собой всю восточную Малороссию с Киевом, совпало с избранием нового Киевского митрополита. Им стал Луцкий епископ Гедеон (Четвертинский). Для этого 1685 г. в Киеве состоялся собор, в ходе которого были выработаны условия перехода Киевской митрополии в Московскую юрисдикцию. Согласно этим условиям, митрополит должен был избираться на соборе в Киеве украинским духовенством и казачеством. Московскому патриарху же надлежало только благословлять и совершать его поставление. Кроме того, патриарх не должен был вмешиваться во внутренние дела Киевской митрополии. Также участники собора просили патриарха Иоакима полностью уладить с Константинопольским патриархом вопрос о переходе Киевской митрополии под юрисдикцию Москвы. Но одновременно представители Киева выступали за сохранение за митрополитом Киевским титула экзарха Патриарха Константинопольского, дабы не допустить избрания отдельного православного митрополита Константинопольской юрисдикции в Речи Посполитой.

В 1687 г. Константинопольский патриарх Дионисий, после соборного совещания с другими патриархами, принимая во внимание политические изменения, согласился признать зависимость Киевской митрополии от Московского патриарха, но с условием, чтобы Киевский митрополит продолжал поминать своей главой Константинопольского патриарха. Этим важным актом окончательно прекращено было разделение Русской Церкви, продолжавшееся около двух с половиной столетий.

В 1688 г. последовало изменение титула Киевского митрополита - была устранена прибавка «всея Руси». Это было вполне логично, поскольку прибавка «всея Руси» уже наличествовала в официальной титулатуре Предстоятеля Русской Церкви.