Осенью 1948 г. произошел перелом, государственные органы избрали новую тактику: вместо жесткого контроля над допущенным расширением влияния Церкви — повсеместное вытеснение ее на периферию общественной жизни при сохранении внешне ровных отношений. С сентября 1948 до 1954 ни один новый храм открыт не был, более того, происходило массовое изъятие церковных зданий для переоборудования их под клубы. Здесь сказались не только внешнеполитические обстоятельства, но и начало курса на общее ужесточение репрессий против всякого инакомыслия. Последняя – «хрущевская» волна гонений на Церковь в 1958-1964 годах стало одним из самых тяжелых периодов государственно-церковных отношений в СССР — временем последних попыток советского руководства радикально, в кратчайшие сроки решить «религиозную проблему» в стране. В конце 1950-х – начале 1960-х основными направлениями государственного давления на деятельность Церкви были резкое сокращение количества приходов и монастырей,  ликвидация духовных учебных заведений, изменение положения об управлении Церковью, жесткий контроль над кадровой политикой Патриархии.

Архиерейский Собор 1961 года. В июле 1961 г. по инициативе советского руководства был проведен первый после долгого перерыва Архиерейский Собор. В условиях нараставших гонений патриарху Алексию пришлось пойти на изменения «Положения об управлении Русской Православной Церковью». Суть навязанной руководству Московского Патриархата «церковной реформы» заключалась в отстранении священнослужителей от руководства приходами. Роль главы общины переходила от настоятеля к исполнительному органу – приходскому совету. «Реформа» во многом разрушила традиционное управление Церковью, ее организация юридически расчленялась. Собор утвердил навязанные ему изменения, а также принял решение о вступлении во Всемирный Совет Церквей и одобрил участие во Всемирном общехристианском конгрессе в защиту мира. Внешняя деятельность Церкви нужна была государству для прикрытия существующего гонения на религию внутри страны. В 1960-е — 1970-е укреплялись и расширялись связи с различными Церквами, продолжался активный межконфессиональный диалог. Улучшение отношений с Римско-Католической Церковью привело к тому, что в 1969 году Священный Синод даже принял определение о разрешении католикам обращаться в православные храмы за совершением святых таинств. Бремя внешних церковных отношений с миром легко на митрополита Ленинградского Никодима (Ротова), одного из выдающихся иерархов Русской Церкви советской эпохи. В 1970 г. в состав Московского Патриархата вошла на правах автономии Японская Православная Церковь, а Православной Церкви Америки была дарована автокефалия.

Проводником антицерковной политики государства стал Совет по делам религий, образованный в декабре 1965 на базе Совета по делам Русской православной церкви.             

Поместный Собор 1971 года. 17 апреля 1970 скончался патриарх Алексий I, и 30 мая – 2 июня 1971 состоялся Поместный Собор. На Соборе была подтверждена правильность постановления Архиерейского Собора 1961 г. ограничить функции священника богослужением и проповедью, одобрена международная, в том числе экуменическая деятельность Московского Патриархата и избран новый Патриарх Пимен (Извеков).

Новая Конституция СССР 1977 года в статье о свободе совести по сути ничего нового не дала, лишь антирелигиозная пропаганда была переименована в атеистическую. При этом и в 1970-е власти постоянно нарушали закон с целью ограничения церковной жизни. Хотя закрытие храмов в это время уже не было массовым, широкое распространение получили отказы в регистрации фактически существующих общин. В 1972, после 16-летнего перерыва, возобновилась официальная регистрация православных объединений, но закрытие церквей продолжалось. В результате число приходов Патриархата к 1981 году сократилось до 7007.     В 1980 г. в поселке Софрино под Москвой создан завод по производству свечей и церковной утвари, в 1981 г. выстроено новое здание для издательского отдела Московской Патриархии, увеличился выпуск богослужебных книг. Некоторое ослабление государственного прессинга проявилось и в том, что в 1983 году Русской Церкви был возвращен Свято-Данилов монастырь в Москве.

Перестройка и Церковь. Ставший весной 1985 политическим руководителем СССР Михаил Горбачев первоначально продолжил прежнюю линию. Программа коммунистической партии, принятая на XXVII съезде КПСС была составлена в атеистическом духе. Последняя антирелигиозная кампания в печати пришлась на осень 1986 года. Ситуация начала меняться после январского 1987 пленума ЦК КПСС по вопросам перестройки и кадровой политики, который принял решения о демократизации общества и реформировании коммунистической партии. Тогда появились первые признаки освобождения деятельности Русской Церкви от жесткого контроля государственных структур. В 1987 г. в состав советской делегации, сопровождавшей Михаила Горбачева во время его поездки в США, были включены представители Церкви. Так начиналась новая страница в деятельности Московского Патриархата.

Период VII

Новейший период

«Возрождение» Русской Церкви

Важнейшей вехой стало празднование тысячелетия Крещения Руси, превратившееся в подлинный триумф для Церкви. В преддверии торжеств 29 апреля 1988 г. состоялась встреча М.С. Горбачева с патриархом Пименом и членами Синода, на которой генеральный секретарь пообещал добиться отмены всех дискриминационных по отношению к верующим актов и законов. В ходе встречи было принято решение проводить приближающееся тысячелетие Крещения Руси не только как церковный, но и как общественно-значимый юбилей. Еще до начала юбилея Церкви были возвращены Введенская Оптина пустынь, Толгский монастырь, а затем и Киево-Печерская Лавра, переданы мощи святых, находившиеся на хранении в государственных музеях Московского Кремля. В 1988 г. в Смоленске открылось первое Духовное училище, вслед за ним училища по явились в Кишиневе, Чернигове, Ставрополе, Минске, Новосибирске. Церковные деятели получили доступ к средствам массовой ин формации.

Поместный Собор 1988 года. В год тысячелетнего юбилея Крещения Руси, с 6 по 9 июля 1988 г., в Троице-Сергиевой Лавре заседал Поместный Собор Русской Православной Церкви. В деяниях Собора приняли участие все архиереи Русской Церкви; по два представителя от клириков и мирян каждой епархии; а также представители духовных школ, наместники и игумений монастырей. Председательствовал на Соборе патриарх Пимен. Среди документов Собора важнейшее значение имеет Устав об управлении Русской Православной Церкви. Это первый Устав в истории Русской Церкви. В синодальную эпоху Церковь управлялась на основании «Духовного регламента»; затем «Духовный регламент» заменили отдельные Определения Поместного Собора 1917– 1918 гг. и, наконец, с 1945 г. по 1988 г. действовало краткое «Положение об управлении Русской Православной Церковью». По сравнению с определением 1961 г. права настоятеля храма были существенно расширены, он становился председателем приходского собрания. Приход становился автономной единицей с широким участием в управлении мирян и выборностью снизу. На Соборе обсуждались и вопросы о необходимости увеличить выпуск религиозной литературы, открывать новые духовные учебные заведения. Собор прославил к общецерковному почитанию 9 святых, живших в XIV – XIX веках.

Архиерейский Собор 1989 года. В октябре 1989 г. состоялся Архиерейский Собор, одним из важнейших решений которого стала канонизация патриарха Тихона. На Соборе также было заявлено о необходимости возрождения приходской жизни. В связи с подготавливавшимся тогда законом «О свободе совести», Русская Церковь заявила о необходимости внесения в него пункта о признании юридическим лицом церковной организации в целом. Таким образом, открыто был поставлен вопрос о пересмотре дискриминационных для Православной Церкви отношений с государством.

Поместный собор 1990 года. Последний в советский период Поместный Собор состоялся вскоре после кончины патриарха Пимена (+3 мая 1990). На предшествовавшем Архиерейском Соборе впервые с 1917 года тайным голосованием были избраны три кандидата на Патриаршую кафедру. Делегаты открывшегося 7 июня 1990 г. Поместного Собора выдвинули еще несколько кандидатур, но ни одна из них не получила необходимой поддержки. Во втором туре большинство получил митрополит Ленинградский Алексий (Ридигер), ставший пятым в истории СССР Патриархом. Собор поручил Комиссии по канонизации святых подготовить материалы к прославлению новомучеников, пострадавших за веру в XX веке.       1 октября 1990 г. Верховный Совет СССР принял закон «О свободе совести и религиозных организаций», утвердивший за религиозными организациями права юридического лица. У Церкви появилось право иметь в собственности недвижимость, осуществлять религиозное обучение детей, защищать свои интересы в судебном порядке; религиозные организации могли участвовать в общественной жизни, пользоваться средствами массовой информации и т.д. Закон фактически разрушил советскую систему контроля за религиозными объединениями. Совет по делам религий лишался властных полномочий и превращался в информационный, консультативный и экспертный центр. В ноябре 1990 г. был принят и российский закон «О свободе вероисповеданий», действующий до настоящего времени. Этот закон не предусматривал правительственного учреждения подобного Совету по делам религий, вместо него в Верховном Совете была образована Комиссия по свободе совести и вероисповеданиям. Допускалось преподавание вероучения на факультативной основе в любых учебных заведениях. Таким образом, в период перестройки конца 1980-х начался процесс постепенного оздоровления Русской Церкви, приобретения самостоятельности, освобождения из-под жесткого контроля различных органов советского государства. Он шел параллельно с «религиозным возрождением», бурным ростом числа верующих в стране. За пять лет – в 1985-1990 открылось 3402 прихода (рост на 49 %) и 40 монастырей (их число достигло 57).       Ко времени распада СССР осенью 1991 г. в 93 епархиях Московского Патриархата действовало более 12 тыс. приходов, богослужения в них совершали около 10 тыс. священнослужителей.