Со времени святителя Ионы московские митрополиты постоянно поставлялись своими епископами, из русских. Около 1480 года в архиерейскую присягу было включено клятвенное обещание не принимать греков ни на митрополию, ни на епископии, как находящихся под властью неверного царя. Но понятно, что, сделавшись независимой от внешней, заграничной власти, русская иерархия должна была очутиться в большем подчинении своей местной государственной власти. При таком порядке замещения митрополичьей кафедры великий князь имел сильное влияние на выбор митрополита, не стесняемое уже ни влиянием Константинополя, ни влиянием ослабевших удельных князей. Во время борьбы великого князя с последними остатками удельного быта митрополиты, как прежде, усердно действовали в пользу верховной власти - писали послания о повиновении великому князю в непокорные края. Великие князья не любили митрополитов, которые в случае надобности не боялись противиться его воли, если оно нарушало Божии заповеди. В княжение Василия Иоанновича поставление митрополита происходило без соборного избрания, по воле одного великого князя. Таким образом, великие князья могли продвигать лояльных себе митрополитов. В правлении царя Ивана Грозного положение митрополитов усугубилось. Всякое слово назидания со стороны первоиерарха Церкви или печалования за опальных, стали восприниматься царем как посягательство на его власть. Так, в 1568 году, Иван Грозный созвал Собор епископов, которые из-за страха перед царем осудили митрополита Филиппа на лишение сана и заточение в монастырь. Через год, Малюта Скурат задушил святителя Филиппа. Последующие митрополиты, Кирилл и Антоний, были уже только безмолвными свидетелями дел Грозного.

Епархии Московской митрополии.

Число всех епархий в Московской митрополии, после отделения от Киевской, простиралось до 10. Из них, новые епархии: Казанская и Пермская. После падения Орды сарайский стал жить в Москве на Крутицах и сделался как бы викарием митрополита.

Церковная жизнь.

Для упорядочения церковной жизни в 1551 г., в Москве был созван собор, получивший в исторических сочинениях название "Стоглав" по наименованию сборника, содержащего в себе постановления Собора, разбитые на 100 глав. Значение этого исторического источника для русской истории XVI в. трудно переоценить. Для современников Стоглава особое значение имели главы, относящиеся к церковному управлению и церковному суду. Эти главы, как показало изучение рукописной традиции, формировали отдельные сборники. В XVII в. в связи с богослужебными реформами, приведшими к расколу, Стоглав обрел новую жизнь: он стал рассматриваться в первую очередь как соборный акт, подтверждающий правильность позиций ревнителей старой веры.

После исправлений в церковном управлении и в духовенстве особенное внимание Церкви обращено было на исправление церковной обрядности. В конце XV века почвой для разномыслий и споров стало то, как пройтись крестным ходом, посолонь или против солнца. В XVI веке распространилось сильное сомнение о том, двоить или троить аллилуйю. Одной из серьезных проблем стало испорченность богослужебных книг. В 1518 году  Россию приехал с востока Максим Грек, афонский монах, получивший образование на западе в Венеции и Флоренции. Его вызвали для пересмотра и перевода греческих книг великокняжеской библиотеки. Воспользовавшись приездом такого образованного человека, правительство и иерархия стали обращаться к нему за разрешением разных трудных вопросов времени и между прочим важнейшего тогда обрядового вопроса об исправлениях в богослужении. Он пересмотрел и исправил Триодь, Часослов, праздничную Минею, Толковое Евангелие и Апостол. Кроме исправления богослужебного текста, Максим старался еще при этом объяснять разные богослужебные обряды и принадлежности, которых вовсе не понимали почитатели церковной внешности. Но большинство русских и митрополит Даниил думали иначе, говорили, что он, напротив, только портит книги, что хулами на них творит досаду русским чудотворцам, спасавшимся по этим книгам. Несчастному справщику пришлось дорого поплатиться за свои исправления. В 1525 году он был осужден на соборе и приговорен к заточению в монастырь. Вместе с этим прекратились и его исправления богослужебных книг. Спустя немного времени приходилось думать о предотвращении в книгах новых описей и недописей; с этой скромной целью и появилась в Москве первая типография.

Обрядовый характер благочестия русских людей.

 Привязанность к форме, обряду отразилась и во всей нравственной жизни общества. Добродетелями времени были частое присутствие при богослужении, строгое соблюдение постов, кроме положенных, еще добровольных, обетных, по понедельникам и в 12 пятниц, вклады в монастыри и церкви, построение церквей, путешествия к святым местам, раздача пищи и денег бедным и тому подобное. Жизнь благочестивого человека вся строилась по церковному уставу; распределение времени, пища, одежда, этикет общежития, отношения между членами семейства – все носило печать религии. Даже внешний вид русского города и селения показывал, что религия – господствующая сила в стране; иностранцы видели в русских городах множество богатых церквей и монастырей, слышали неумолкаемый звон колоколов; по всем улицам стояли часовни и иконы с зажженными перед ними свечами, прохожие крестились перед каждой часовней, а иные клали земные поклоны; везде можно было встретить духовенство с святой водой, крестами, иконами и пением; весьма часто совершались крестные ходы. Но истинное религиозное чувство, которое оживляет обряд и преобразует нравственность человека, было мало развито. Среди множества вопросов и обличений в XVI веке подверглось обличениям и это противоречие между христианской внешностью и нехристианскими нравами; но даже те самые люди, которые всех резче обличали обрядовое благочестие, иногда были самыми типичными его представителями, например Грозный, который предлагал самые энергические обличения на Стоглавом соборе. Вся жизнь в его Александровской слободе была устроена по монастырскому чину; царь был игуменом, опричники – братиею с разными монастырскими должностями. Каждый день эта братия упражнялась в богослужении, а в промежутках между молитвами шли страшные пытки и казни или проявления грубого разврата. Достоинство молитвы определялось не силой душевного умиления, а счетом поклонов, милосердие – счетом поданных нищему алтынов, усердие к церкви – числом пожертвований в монастыри. Выразительным памятником этого благочестия остался синодик Грозного, который он послал в Кириллов монастырь для вечного поминовения, заплатив за него 2200 руб.; это огромное поминанье в двух томах, в котором записано 3470 душ убитых царем людей; царь даже не знал всех их по именам, а записывал по местам огулом: помяни, Господи, столько-то убиенных там-то, их же имена Ты Сам, Господи, веси. Под благочестивой внешностью в обществе обнаруживалась азиатская грубость нравов. В общественных отношениях видим угнетение низших высшими, бедных богатыми, подчиненных начальствующими. В суде и управлении господствовали страшные пытки и страшные казни. Неуважение к личности, привычка давать волю рукам господствовали одинаково во всех классах общества. Иностранцы замечали в русских слабость чувства чести, ложь и обманы. «Мои русские, – говорил им Грозный, – все воры». Всякий, приставленный к какому-нибудь делу старался нажиться на нем. Стоглав возмущался тем, что даже приставники богаделен – и те наживались за счет милостыни, которую боголюбцы подавали богаделенным нищим. Существовали грубые потехи, например кулачные бои, на которых побивали людей до смерти. Грозный увеселялся травлей людей медведями; то же делали и другие сильные люди. Общественные сходки, пиры и беседы редко не оканчивались дракой и даже убийством. Моралисты вооружались также против поголовного пьянства во всех сословиях, не исключая даже высшего духовенства, особенно против пьяного препровождения праздников и семейных торжеств. По описанию Стоглава, свадебный поезд, например, совершался пьяной толпой с дудками и бубнами, а, впереди ехал верхом, в епитрахили и с крестом, священник, которого тоже предварительно напаивали. В праздновании главных христианских праздников, кроме того, и теперь еще замечалась грубая примесь часто безнравственных языческих обрядов, что вызывало со стороны лучших духовных лиц сильные обличения. В 1505 году игумен псковского Елеазарова монастыря Памфил писал псковским властям, умоляя их прекратить грубый разгул купальского торжества в ночь на Рождество Предтечи, совершавшийся с диким беснованием всего города. В Стоглаве тоже говорится, что везде еще происходили обряды Радуницы; на великий четверг палили солому и кликали мертвых; в Троицкую субботу мужи и жены сходились на жальниках (кладбищах) и плакались на могилах с великим кричанием, а потом заставляли играть скоморохов, пели и плясали; на Иванов день и на Крещенье сходились мужи и жены и девицы на безнравственное нощное плещевание, бесовские песни, плясание, а после ночи все, как бесноватые, с криком купались в реке; в святки гадали и ходили по домам с играми и переряживанием. Собор велел преследовать и разгонять все такие сборища.

Домострой. Семейные нравы и идеалы описываемого времени выразительно очерчены в обширном сборнике знаменитого иерея Сильвестра, известном под названием Домостроя. Вращаясь исключительно в области домашней обыденной жизни, этот драгоценный памятник древней жизни с особенной ясностью обрисовывает главный жизненный мотив века, мотив уважения к обряду, заведенному порядку, обычаю отцов и дедов, – весь этот заведенный порядок, начиная с исполнения важнейших религиозных обязанностей до самых мелочных хозяйственных занятий, увековечен автором Домостроя в полном и, так сказать, пластически осязательном образе, и преимущественно с его идеальной стороны, как образец. Но здесь же видно и то, как обрядовому благочестию было трудно выразить истинный христианский идеал семейной жизни. В основу семейной жизни Домостроем положено безусловное главенство отца семейства; жена полная его раба, исключительно хозяйка и работница, поставленная им во главе других работниц и работников дома. Домострой вооружается против всяких удовольствий женщины, требует от нее исключительно хозяйственных забот и работы, потому что в обстановке современной жизни не может найти ей никаких приличных увеселений для часов отдыха. Когда женщина не работала, ей только и оставалось предаться сплетням с служанками и торговками, беседам с женками бездельными и ворожеями или же хмельному питию. Среди такой жизни она естественно тупела и действительно требовала тех педагогических вразумлений побоями, о которых так выразительно говорят правила Домостроя. Дети являются тоже совершенно бесправными пред отцом; от него зависит вся их судьба, назначение положения в обществе, брак, потому что сами они люди неразумные, молодые, ничего не могут понимать. Отец обязан их учить страху Божию и всякому порядку; средствами для этого служат тоже страх и побои. Как олицетворение власти и страха для семьи, отец не должен даже улыбаться своему дитяти и играть с ним. В отношении к рабам автор Домостроя представляет себя добрым господином, но вместе с тем постоянно трактует раба, как человека тоже скудного разумом, которого не научишь, если не побьешь; в случае ссоры своих холопов с чужими советует побранить и побить своих, хотя бы и правы были – этим вражды избудешь, а убытка не будет. Нравственные правила Домостроя носят общий в древней Руси характер обрядового аскетизма. Запрещаются всякое смехотворение, песни, пляски, мирские потехи, охота. Весь дом должен быть устроен по подобию монастыря. Рядом с чистыми побуждениями к праведному житию выставляются и нечистые: похвала людей, стремление избыть насмешки или вражды, необходимость уживаться с другими и правдой и неправдой. При случае рекомендуется побить невинного слугу, солгать, споить до упаду нужного гостя и т.п.

Состояние монашества.

Понятно, что при таких взглядах на христианскую нравственность монашество должно было много выигрывать, по крайней мере с внешней своей стороны. Возникновение новых обителей шло с еще большей быстротой, чем прежде, так что с половины XV до XVII века насчитывается до 300 вновь устроенных монастырей. Конец XV и начало XVI века выставили двоих великих подвижников, имевших особенно важное значение в истории русского монашества, устроителей и законоположников главных родов аскетической жизни – скитского и общежительного.