Законодавча влада належить Народному консультативному конгресу. При Сухарто Конгрес збирався один раз у п'ять років, щоб обрати президента (щораз ним ставав Сухарто) і віце-президента, а також схвалити "Основні напрямки державної політики". Відповідно до конституційних реформ а внесених змін, що вступили в силу в 2004, Народний консультативний конгрес втратив значення вищого представницького органа влади й був перетворений у парламент, що складається із двох палат – Ради народних представників і Рада регіональних представників. Конгрес наділений правом приймати й змінювати конституцію, призначати на посаду президента й віце-президента, а також ініціювати процедуру відсторонення президента від влади.

Чисельний склад Конгресу не визначається, що достатньо не звично з точки зору демократичних уявлень західного світу, однак є цілком раціональним підходом з точки зору представництва інтересів населення кількість якого постійно зростає, а розселення поширюється майже на всій території Індонезії.

Сформований після виборів в 2004 Конгрес складається з 550 членів Ради народних представників і 128 членів Рада регіональних представників. Депутати обох палат обираються прямим загальним голосуванням строком на п'ять років. Колись Конгрес формувався зі членів парламенту – Ради народних представників, а також представників від політичних партій, провінцій, делегованих місцевими Радами народних представників, і функціональних груп. Останні призначалися декретом президента. Відповідно до закону 1969, Народний консультативний конгрес складався з 920 членів, з них 460 – депутати парламенту. В 1987 склад Конгресу був розширений до 1000 членів. Після реформ, схвалених 28 січня 1999, склад Народного консультативного конгресу був скорочений до 700 місць: за депутатами парламенту були закріплені 500 місць, за представниками провінцій – 135 місць і за представниками функціональних груп – 65 місць.

Поточну законодавчу діяльність здійснює Рада народних представників. При Сухарто Рада збиралася на свої засідання регулярно протягом року для обговорення законів, пропонованих виконавчою владою. Поряд з вибраними по партійних списках депутатами, у її склад входило також певне число членів, призначених урядом і делегованих військовими. Відповідно до закону, новообраний в 2004 склад Ради складається з 550 членів.

Відтепер всі місця в парламенті розподілені тільки між політичними партіями, що приймали участь у загальних парламентських виборах. Представники військових втратили свої квоти у парламенті. Палата повинна збиратися на свої засідання не рідше одного разу в рік і затверджувати бюджет країни й внесені на розгляд урядом або депутатами парламенту законопроекти. Якщо запропонований законопроект не одержить підтримки, то при нинішньому складі парламенту він не може бути внесений на обговорення вдруге. Всі закони набувають чинності тільки після їх затвердження президентом.

Новий орган у структурі законодавчої влади – Рада регіональних представників, утворена відповідно до поправок до Конституції Індонезії 1945 (ст. 22), прийнятої 9 листопада 2001. Кожна провінція представлена в Раді регіональних представників чотирма депутатами, вибраними на мажоритарній основі, при чому ці обранці мають бути безпартійними. Ця новела є новелою не лише для Індонезії а й загалом для демократичного врядування оскільки, фактично позбавляє впливу партійних інститутів на Раду регіональних представників. Така неупередженість дозволяє дійсно вирішувати інтереси регіонів, а не конкретних політичних сил представлених в цих регіонах. Крім того, наявність другого інституту в законодавчій гілці влади, фактично другої плати парламенту – Ради регіональних представників свідчить про високий рівень розвитку суспільної свідомості та демократизації політичних процесів [11].

Загальна кількість депутатів палати не повинне перевищувати 1/3 (третьої частини) від загального числа членів РНП. Прерогативою РРП є підготовка законопроектів, що мають відношення до питань регіональної автономії, взаємин центральних і місцевих органів влади, адміністративного перебудови, керування природними й економічними ресурсами, розподілу фінансових засобів між центром і регіонами. Крім цього, регіональні депутати можуть розглядати підготовлені РНП законопроекти, що стосуються проблем регіонів, давати свої зауваження й пропозиції по бюджеті, питанням оподатковування, утворення й релігії, а також здійснювати спостереження за виконанням вищезазначених законів. Запропоновані Радою регіональних представників законопроекти й зауваження повинні направлятися на твердження в Раду народних представників.