Глава держави, уряду й верховний головнокомандуючий збройними силами Індонезії – президент, якому надає допомогу в здійсненні його обов'язків віце-президент. Президент і віце-президент обираються (з 2004) загальним прямим і таємним голосуванням строком на п'ять років, після закінчення якого вони можуть бути вибрані вдруге, але не більш, ніж ще на один строк. Раніше президент обирався парламентом. Кандидати в президенти й віце-президенти висуваються загальним списком від політичних партій або їхніх коаліцій, які завоювали не менш 5% голосів на парламентських виборах, або 3% з 550 місць (тобто 17 місць) у Раді народних представників. Якщо жоден зі списків не одержує необхідної більшості голосів, проводиться другий тур, для перемоги в якому досить відносної більшості голосів. Першим всенародно обраним президентом Республіки Індонезії став генерал у відставці Сусило Бамбанг Юдойоно, що завоював в другому турі президентських виборів понад 60,9% голосів з 122 млн. виборців, що взяли участь в перших демократичних виборах. Інаугурація першого всенародно вибраного президента відбулася 20 жовтня 2004.

По конституції президент наділений повноваженнями представляти законопроекти на розгляд Ради народних представників (РНП) і затверджувати постанови уряду для їх виконання; оголошувати війну, заключати мир і договори з іншими державами; при необхідності вводити надзвичайний стан і управляти країною за допомогою декретів. Раніше глава держави мав повноваження видавати закони, але внесені в 1997 у текст конституції зміни позбавили його цього права.

Президент також призначає й звільеяє міністрів, послів і консулів, має право амністії й помилування, присвоєння звань і почесних знаків відзнаки. У той же час, будучи главою виконавчої влади, він не має права втручатися в роботу парламенту, розпускати законодавчий орган або припиняти його діяльність.

Під керівництвом президента здійснює свою діяльність уряд республіки – кабінет міністрів. Уряд наділений правом видавати за згодою Ради народних представників закони, а також розробляти відповідні постанови для їх виконання. Призначувані президентом міністри очолюють урядові міністерства й надають допомогу президентові в його діяльності. Сформований у жовтні 2004 перший "Кабінет об'єднаної Індонезії" включав крім президента й віце-президента 34 членів і Генерального прокурора. На сьогоднішній день формальний склад уряду не змінився, але змінився персональний після останніх виборів. Таким чином, уряд Індонезії складаються з 37 осіб, 3 з яких займають місця в ньому за посадою.

До центральних органів влади відноситься також Вище аудиторське управління (така собі Рахункова палата із поєднанням функцій Державного казначейства), що здійснює контроль за виконанням фінансової сторони державного бюджету. Його члени пропонуються Радою народних представників і призначаються президентом. У колишній редакції Конституції передбачалося створення при президенті Вищої консультативної ради, допоміжного органу наділеного правом давати консультації президентові по його запиту.

Необхідно також відмітити роль органів влади на регіональному рівні. В адміністративному відношенні Республіка Індонезія ділиться на 33 провінції, включаючи Особливі регіони – Султанат Джок’якарта й Нанггроє Ачех-Даруссалам, а також особливий столичний округ – Велика Джакарта. На чолі провінцій стоять губернатори, що здійснюють функції виконавчої влади. Губернатор Джок’якарти, яким є султан, займає цей пост довічно. Однак нинішній правитель Джок’якарти, султан Хаменгкубувоно Х, зайняв пост губернатора в результаті прямих виборів. Раніше, до конституційної реформи в 1999, губернатори призначалися президентом за рекомендацією провінційних законодавчих органів після попередньої консультації з міністром внутрішніх справ. Як правило, більшість губернаторів були з числа представників збройних сил.

Провінції діляться на кабупатени (області або райони), а останні – на кечаматани (підрайони). У великих містах утворяться муніципалітети. Виконавчу владу в кабупатенах очолюють голови адміністрації області – бупати, а в муніципалітетах – мери міст. Призначення на посаду бупати й мера здійснюється губернатором провінції разом з регіональними представницькими органами, а затвердження в посаді – міністром внутрішніх справ.

Виборці беруть участь у виборах у провінційні, міські й районні законодавчі органи – ради народних представників. кількість місць у провінційних радах народних представників коливається від 45 до 100 місць, а районних або муніципальних зборів від 20 до 45, залежно від чисельності населення даного регіону, при цьому кожний нижчестоящий регіон отримує 1 місце в законодавчих зборах регіону більш високого рівня.

При Сухарто ці органи були набагато слабкіші. Міністерство внутрішніх справ контролювало зі столиці діяльність виконавчих і законодавчих органів у провінції, диктувало їм лінію поведінки й навіть пропонувало, які закони й розпорядження їм варто прийняти. У цей час законодавство передбачає деякий ступінь автономії провінцій, областей і великих міст у вирішенні господарських питань.

Кечаматан, будучи підрайоном кабупатена або міста, і сільські адміністративні одиниці не мають автономію й не мають представницьких органів. Кечаматан очолюється чаматом, а на чолі місцевого самоврядування сільської громади стоїть староста.

Усього в Індонезії – 357 районів, 55 муніципалітетів, 3592 підрайонів й 66 594 сільські громади.

Право голосу мають всі громадяни чоловічої й жіночої статі, що досягли 17-літнього віку. Одружені люди можуть голосувати незалежно від свого віку. Вибраними в центральні або місцеві законодавчі органи влади можуть бути кандидати, що досягли 21 року. Відповідно до закону про загальні вибори 1969, виборчі права втрачають усі, хто були замішані в "подіях 30 вересня 1965", а також колишні члени Комуністичної партії Індонезії [7].

Таким чином, можемо зробити висновки щодо наявних у суспільстві процесів демократизації політичної системи, зокрема вертикалі виконавчої влади, в країні. Однак, система виконавчої влади ще не усталена, а тому є певні недоліки в її реалізації. Так, наприклад, достатньо ускладнений процес призначення на посади т контролю за діяльністю, хоча в той же час значно спрощена процедура контролю за виконанням бюджету на відміну наприклад від України. Однак слід відмітити в країні достатньо демократичну систему місцевого самоврядування, а також майже класичну форму та змісту, мається на увазі функціональне навантаження, інституту президента.