Судебный порядок защиты нарушенных прав налогоплательщиков подразумевает обращение лица в порядке искового производства в надлежащий суд. Для судов всех видов рассмотрение налоговых споров является одной из самых сложных категорий дел, поскольку судьи должны владеть не только налоговым, по и почти всем финансовым законодательством, разбираться в правилах ведения бухгалтерского учета, осуществления аудиторской деятельности.

Законодательством РФ предусмотрены следующие способы судебной защиты прав налогоплательщиков:

1. Признание Конституционным Судом неконституционным законодательного акта полностью или в части.

2. Признание судом общей юрисдикции противоречащим федеральному закону субъекта закона субъекта РФ

3. Признание нормативного либо ненормативного налогового органа, иного государственного органа или органа местного самоуправления арбитражными судами недействительным.

4. Отмена арбитражными судами или судами общей юрисдикции недействительного нормативного акта, либо ненормативного акта налогового органа, иного государственного органа или органа местного самоуправления, противоречащего закону и нарушающего права и законные интересы налогоплательщиков.

5. Неприменение судом нормативного или ненормативного акта государственного органа, органа местного самоуправления или иного органа, противоречащего закону

6. Пресечение действий должностного лица налогового органа или иного государственного органа, нарушающих права или законные интересы налогоплательщика

7. Принуждение налоговых органов, иных органов государственной власти или их должностных лиц к выполнению законодательно установленных обязанностей, от выполнения которых они уклоняются

8. Признание не подлежащим исполнению инкассового поручения налогового или другого органа на списание в бесспорном порядке сумм недоимок, пеней, штрафов, за нарушения налогового законодательств с банковского счета налогоплательщика.

9. Возмещение убытков, причиненных незаконными решениями, действиями или бездействиями налоговых органов или их должностных лиц.

Названные способы судебной защиты являются предметами исковых требований налогоплательщиков.

Ст. 138 НК устанавливает, что дела по обжалованию нормативных или ненормативных актов налоговых органов, а также действия или бездействия их должностных лиц организациями и индивидуальными предпринимателями подведомственны арбитражным судам, а физическими лицами, не являющимися индивидуальными предпринимателями – судам общей юрисдикции.

Арбитражные суды рассматривают следующие категории дел, связанных с осуществлением предпринимательской деятельности граждан и организаций:

1. Об оспаривании нормативных правовых актов, затрагивающих интересы заявителя в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности

2. Об оспаривании ненормативных правовых актов органов государственной власти РФ , органов местного самоуправления, органов государственной власти субъектов РФ, иных органов и должностных лиц, которые затрагивают права и законные интересы заявителя в данной сфере

3. О взыскании с организации и граждан, осуществляющих предпринимательскую и иную экономическую деятельность, обязательных платежей, санкции, если федеральным законом не предусмотрен другой порядок взыскания.

4. Другие дела

Деятельность арбитражных судов по защите прав налогоплательщиков шире, чем судов общей юрисдикции.

По общему правилу иск о защите нарушенных прав и законных интересов предъявляется по месту нахождения налогового органа, акты действия или бездействия которого обжалуются. Иски к государственным органам и органам местного самоуправления, вытекающие из налоговых правоотношений,  предъявляются в арбитражный суд соответствующего субъекта РФ, а не по месту нахождения органа принявшего оспариваемое решение.