15 (27) мая 1867 г. Александр II утвердил Военно-судебный устав, построенный на принципах судебной реформы 1864 г. и определивший устройство и компетенцию военного суда. При утверждении Устава порядок введения его в действие не был определён. Устав вводился постепенно, с 1867 г. по 1889 г., по отдельным военным округам.

Новая судебная система основывалась на принципах бессословности, гласности и состязательности. Были введены судебные инстанции: полковые суды, военно-окружные суды и Главный военный суд. Суды признавались независимыми от административных органов; учреждались должности следователя и военного прокурора; формально отменялись сословные привилегии подсудимых; устанавливался порядок обжалования приговоров.

В условиях военного времени действовали военно-полевые суды, решения которых распространялись на военных, а также гражданских лиц, если они находились на территории, объявленной на военном положении.

Полковые суды назначались командиром полка в составе трёх офицеров: председателя — штаб-офицера и двух членов — обер-офицеров. Председатель назначался сроком на один год, члены суда — на шесть месяцев. Все они должны были иметь стаж службы на строевых должностях не менее двух лет и, как правило, не освобождались от выполнения своих прямых служебных обязанностей.

Полковым судам были подсудны дела о преступлениях нижних чинов, предусматривавшие исправительные наказания. Для них был установлен упрощённый порядок рассмотрения и решения дел. Возбуждение и рассмотрение дел назначалось командиром полка по рапортам ближайших начальников обвиняемых, по жалобам частных лиц, а также по сообщению мировых судей, полиции и других административных властей.

Полковые суды рассматривали дело устно и в основном в открытых заседаниях. Исключения составляли дела о нарушении воинской дисциплины, о проступках против семейных прав, «об оскорблении женской чести» и т.п. Разбирательство и решение дела по возможности должно было оканчиваться в одно заседание. Приговор полкового суда утверждал командир полка в трёхдневный срок, а по некоторым делам — «никак не позже следующего дня». Он мог изменить приговор в пределах предоставленных ему дисциплинарных прав. Утверждённый приговор немедленно вступал в законную силу и подлежал исполнению. После этого жалобы на приговор не допускались.

К ведению военно-окружных судов относились дела о генералах, офицерах и чиновниках военного ведомства; о преступлениях нижних чинов, за совершение которых предусмотрены наказания более строгие, чем мог назначить полковой суд, либо о преступлениях, совершенных совместно с гражданскими лицами, против военной службы; о преступлениях и проступках нижних чинов, если вместе с обвинением по делу заявлен гражданский иск на сумму свыше 100 руб., либо за совершенное преступление предусмотрено денежное взыскание свыше 100 руб.

Военно-окружным судам были подсудны все дела о «государственных преступлениях» военнослужащих, а в местностях, объявленных на военном положении, также дела и в отношении гражданских лиц.

Военно-окружные суды создавались командующими в каждом военном округе и состояли из постоянных и временных членов. К числу постоянных членов относились председатели, военные судьи и военные следователи этих судов, имеющие юридическое образование. Временные члены военно-окружных судов — два штаб-офицера и четыре обер-офицера — назначались из войск на шесть месяцев.

Приговоры военно-окружных судов считались окончательными и могли быть отменены только в кассационном порядке как по жалобам участвовавших в деле лиц, так и по протестам военных прокуроров. Подача кассационной жалобы или протеста приостанавливала исполнение приговора, за исключением приговора об освобождении подсудимого из-под стражи. Все дело вместе с поданной жалобой или протестом представлялось в Главный военный суд.

Если полковые и военно-окружные суды являлись судами первой инстанции и предназначались для рассмотрения и решения дел по существу, то Главный военный суд (ГВС) должен был наблюдать за «охранением точной силы закона и за единообразным его исполнением военными судами», таким образом, в ведении ГВС находились все военные суды Российской империи.

Сам ГВС находился в Санкт-Петербурге, а его отделения — в Сибири (в Омске) и на Кавказе (в Тифлисе). Сибирское и Кавказское отделения при рассмотрении дел пользовались той же степенью власти относительно подведомственных им судов, что и ГВС. Однако вопросы, касающиеся изменения военно-уголовного законодательства, обсуждались только в ГВС.

Главный военный суд и его отделения состояли из председателей и членов (военных судей) в числе, определённом штатом. Председатели суда и отделений отбирались военным министром из числа высших чиновников военно-судебного ведомства (председателей военно-окружных судов, военных прокуроров и т.п.) в чине не ниже генерала и назначались на должность царским приказом и указом Правительствующему Сенату. Члены суда назначались из числа военных чиновников первых четырёх классов Табели о рангах.

При ГВС состояли главный военный прокурор и определённое штатом число его товарищей, а при каждом отделении — товарищ главного военного прокурора с помощниками.

На заседаниях ГВС и его отделений должны были присутствовать не менее трёх судей (включая председателя), делопроизводитель, главный военный прокурор или его товарищ (в отделениях — помощник товарища главного военного прокурора).

Делопроизводство ГВС велось в Главном военно-судном управлении, а отделений ГВС — в особых канцеляриях. Все сношения ГВС с военно-судными, военными и гражданскими учреждениями, а также с должностными лицами осуществлялись через Главное военно-судное управление, а отделений ГВС — через состоявших при них товарищей главного военного прокурора.

Рассмотрению ГВС подлежали дела по кассационным жалобам и протестам; по частным жалобам и протестам в случаях, определённых Военно-судебным уставом; по просьбам и представлениям о пересмотре по вновь «открывшимся» обстоятельствам приговоров, вошедших в законную силу; о дисциплинарных взысканиях в отношении лиц военно-судебного ведомства на основании правил, определённых в первом разделе Военно-судебного устава.

Постановления ГВС по всем этим делам являлись окончательными, не обжаловались и подлежали немедленному исполнению.

Кроме рассмотрения военно-судных дел, ГВС осуществлял законосовещательные функции. На заседаниях суда обсуждались вопросы, касающиеся уточнения и изменения военно-уголовного законодательства. Утверждённые царём решения ГВС по законодательным вопросам приобретали силу закона и объявлялись к исполнению в приказах по военному ведомству.