Устав Духовных консисторий 1841 года уточнил подведомственность и подсудность дел. В соответствии с указанным нормативным актом епархиальному суду подлежали лица духовные и светские. В Уставе Духовных консисторий 1883 года подсудности духовных дел было посвящено первое отделение второй главы «О ведомстве епархиального суда», кроме того, в этой главе содержались дела, связанные со взаимными спорами священнослужителей (например, при пользовании движимым и недвижимым церковным имуществом). На основании Устава Духовных консисторий также подлежали наказанию те священнослужители, которые говорили о церкви неблагочинные слова. Наказание заключалось в приостановке священнослужения. В Уставе Духовных консисторий также содержались следующие указания о епархиальной подсудности:-по поданным жалобам духовных и светских лиц на обиды, которые были причинены лицами духовного звания, судопроизводство осуществлялось Консисторией, если данные обиды не являлись уголовными преступлениями,-если лица, имеющие духовное звание, совершали уголовно наказуемое деяние, то епархиальное начальство приводило решение о наказании в исполнение, о чем уведомлялся Синод. В соответствии со статьей 187 Устава Духовных консисторий (в редакции 1841 года), мерами взыскания для лиц духовного звания являлись:-лишение сана с исключением из духовного ведомства,-лишение сана с оставлением в духовном ведомстве на более низких должностях,-временный запрет в священнослужении,-временное испытание в монастырях,-отрешение от места,-исключение за штат,-пеня и денежное взыскание,-строгий или простой выговор,-усугубление надзора,-поклоны и пр. Уставом Духовных консисторий (в редакции 1883 года) предусматривались случаи увольнения священнослужителей за штат:-по собственной просьбе,-по распоряжению епархиального начальства (по болезни или неспособности священнослужителя исполнять обязанности). В соответствии со статьей 148 Устава Духовных консисторий, суды рассматривали следующие категории дел:- относительно незаконно совершенных браков,-по проступкам и преступлениям, подвергающим виновных церковной епитимии,-по делам о прекращении, расторжении брака,-по делам об установлении законности рождения в браке и пр.

Устав духовных консисторий, утверждённый Святейшим Синодом, был подписан императором Николаем I 27 марта 1841 года . Основу Устава составил «Духовный регламент» — главный акт законодательства Петра I относительно церкви и некоторые ранее изданные указы по епархиальному управлению. Устав был пересмотрен при переиздании в 1883 году, однако принципиальных изменений статуса, состава и порядка деятельности духовных консисторий в новом издании не было.

Присутствие в разное время состояло из разного числа лиц, штатных, и при необходимости, сверхштатных (без жалованья). Число членов духовных консисторий зависело от территориальных размеров епархии, численности православного населения в ней, количества приходов и клириков и других обстоятельств.

Члены духовных консисторий назначались по представлению правящего архиерея Святейшим Синодом, и состояли в пресвитерском сане, то есть, это были протоиереи, священники, архимандриты, игумены, иеромонахи. В аналогичном порядке члены духовной консистории увольнялись.

Каждому члену духовных консисторий назначали свой «стол», что означало наблюдение и контроль членом духовных консистории особого круга епархиальных дел. Однако дела рассматривались не единолично, а коллегиально, при равноправном участии всех членов духовной консистории. При этом присутствие правящего архиерея было необязательно, а председателем, как правило, являлся старейший член духовной консистории.