В 1862 г., еще до судебной реформы, Государственный совет Российской империи принял Основные положения о прокуратуре, в которых определялись государственное назначение прокурорского надзора, его содержание, задачи и полномочия прокуроров. Весьма четко было сформулировано назначение прокуратуры - наблюдение за точным и единообразным исполнением законов в Российской империи. Основные положения о прокуратуре устанавливали принципы организации и деятельности прокуратуры, являвшиеся незыблемыми на протяжении всего периода существования Российской империи. К их числу были отнесены единство и строжайшая централизация органов прокурорского надзора, осуществление прокурорами возложенных на них полномочий от имени всей системы органов прокуратуры, осуществление "верховного" надзора в империи генерал-прокурором, который одновременно являлся министром юстиции, строжайшая подчиненность нижестоящих прокуроров вышестоящим, несменяемость прокуроров, независимость прокуроров от местных влияний при принятии ими любого решения.

Ситуация в корне изменилась в результате судебной реформы 1864 г. В середине XIX в. правительство России осознало, что существующая судебная система себя изжила и стала тормозом общественного развития. В конце 40-х годов начинается усиленная разработка нового процессуального законодательства, однако только после крестьянской реформы 1861 г. эта работа активизировалась. В ходе преобразований произошло коренное изменение судоустройства, процессуального и отчасти материального права Российской империи. Важнейшими чертами реформы, в частности, были: отделение судебной власти от исполнительной и законодательной; лишение прокуратуры надзорных полномочий; возложение на прокуроров лишь обязанности уголовного преследования путем руководства дознанием и поддержания государственного обвинения в судах; учреждение прокуратуры при судах (окружных судах, судебных палатах и Сенате, который стал только судебным органом); соединение в одном лице функций генерал-прокурора и министра юстиции, свидетельствовавшее о принадлежности прокуратуры к исполнительной власти; устранение прокурорского надзора за судами и судебными следователями. Был введен принцип независимости судей. Реформа установила единую подсудность новому суду всех сословий по уголовным и гражданским делам.

Составной частью реформы стало и преобразование прокурорского надзора. В Учреждениях судебных установлений прокурорскому надзору посвящен раздел третий, который назывался "О лицах прокурорского надзора". Согласно этому разделу Учреждений прокурорский надзор осуществляли обер-прокуроры, прокуроры и их товарищи под высшим наблюдением министра юстиции как генерал-прокурора. Прокуроры учреждались при всех судебных палатах и окружных судах. Обер-прокуроры состояли при кассационных департаментах и общем собрании Правительствующего сената.

Устав уголовного судопроизводства устанавливал, что прокуроры и их товарищи предварительных следствий сами не производят, но имеют право давать предложения судебным следователям и наблюдать за производством следствия.

Принадлежащее прокуратуре право наблюдения за производством предварительного следствия осуществлялось в двух формах:

путем проверки непосредственно письменного производства хода следствия и различных письменных актов, получаемых прокурором от судебного следователя: закон обязывал следователя доводить до прокурора или его товарища сведения обо всех важнейших действиях следствия, о начале его производства, применении мер пресечения и т.д. По окончании производства следствия дело доставлялось следователем прокурору для принятия по нему окончательного решения;

в форме личного присутствия прокурора при производстве следственных действий. Несмотря на действенность такой формы, как ознакомление с материалами дела, что давало прокурору возможность непосредственно и своевременно знакомиться с ними и непосредственно предлагать следователю производство каких-либо мероприятий, личное присутствие прокурора при производстве следственных действий было, скорее, исключением, чем правилом. Объяснялось это недостаточностью численного состава прокурорских работников и большой разбросанностью следственных участков; поэтому этот способ применялся лишь в крупных населенных пунктах.

В Уставе гражданского судопроизводства 1864 г. предусматривалось, что прокурор дает заключение по делу. Такое заключение было обязательным по делам казенного управления, земских учреждений, городских и сельских обществ; по делам лиц, не достигших совершеннолетия, безвестно отсутствующих, глухонемых и умалишенных; по вопросам подсудности пререкания между судебными и административными органами об устранении судей; по спорам о подлоге документов и вообще в случаях, когда в гражданском деле обнаруживаются обстоятельства, подлежащие рассмотрению суда уголовного; по просьбам о выдаче свидетельства на право бедности (как основание для освобождения от судебных издержек); по делам брачным и о законности рождения. При этом по брачным делам роль ответчика, в случае его отсутствия, выполнял прокурор, обязанный собирать и представлять суду доказательства об опровержении иска и имеющий все права тяжущегося.

Прокурорское заключение, которое излагалось устно после прения сторон, должно было найти отражение в протоколе судебного заседания и в решении по делу. По делам о признании лиц безвестно отсутствующими, умалишенными и расточителями, а также об исправлении актов гражданского состояния прокурор не только выступал с заключениями, но и имел право возбуждения дела.

Судебные уставы 1864 г. значительно ограничили сферу прокурорского надзора в гражданском процессе по сравнению со Сводом законов, а также изменили методы его осуществления, что наряду с возрастанием роли прокурора в уголовном процессе привело к снижению ее роли при осуществлении прокурорского надзора по гражданским делам.

При этом прокуратура получила широкие полномочия по линии внутреннего управления судебной системой. Так, общий надзор за судебными установлениями и должностными лицами судебного ведомства сосредоточивался в руках министра юстиции как генерал-прокурора, а прокуроры в случае обнаружения нарушений законов судебными органами и их должностными лицами обязаны были принимать меры по их устранению: сообщать об этом председателям судебных мест, доносить и докладывать в порядке подчиненности прокурорам палат, а те, в свою очередь, министру юстиции.

В соответствии с судебной реформой 1864 г. наряду с назначением и порядком деятельности прокуроров в уголовном и гражданском судопроизводстве весьма четко определялось то, что прокуратура не должна вмешиваться в деятельность суда, ущемлять или ограничивать самостоятельность судей при принятии ими решений по рассматриваемым делам. При этом уравнивались в правах прокурор-обвинитель и защитник. В обязанность прокуроров входило поддержание обвинения. Прокуроры приносили протесты на решения судов в апелляционном и кассационном порядке; им вменялось в обязанность осуществление надзора за точностью и безотлагательностью исполнения судебных приговоров по уголовным делам.

В ходе судебной реформы, при некотором изменении роли прокуратуры, за ней остался надзор за соблюдением законов, касающихся прав граждан.

В тот период органы прокуратуры составляли единую, централизованную и достаточно стройную систему. В соответствии с законом, вышестоящие прокуроры имели право давать нижестоящим обязательные для исполнения указания, заменять нижестоящих прокуроров в суде гражданском и уголовном, но не могли требовать от последних, чтобы они действовали вопреки своему внутреннему убеждению, сложившемуся у них на основе изучения конкретного дела, что было существенной гарантией прав нижестоящих прокуроров.

Смысл реорганизации прокуратуры в соответствии с основными принципами судебной реформы 1864 г. состоял в ограничении прокурорского надзора исключительно судебной сферой, возложении на прокурора функций поддержания государственного обвинения в суде и в таком усилении надзора за дознанием и следствием, который фактически превращал прокуроров в руководителей предварительного расследования. В связи с этим менялась и система органов прокурорского надзора: вместо губернской прокуратуры появилась прокуратура, создаваемая в судебных округах. Однако в силу того, что судебная реформа шла достаточно медленно и закончилась лишь к началу XX века, в 60-90-е гг. XIX века в прокурорском надзоре существовали две подсистемы: губернская и "судебная" прокуратура.

В апреле 1866 г. новые прокуроры и их товарищи приступили к своим обязанностям лишь в десяти губерниях, а также в Петербургской и Московской судебных палатах. Комиссии, высочайше учрежденной для окончания работ по преобразованию судебной части, было поручено введение их в действие. 7 марта 1866 г. было принято новое Положение о губернской прокуратуре, которое действовало во всех губерниях, где еще не приступили к работе общие суды и соответствующие прокуроры. В этом акте, сохраняя губернскую прокуратуру, законодатель стремился максимально приблизить ее к суду, сократив по возможности функции общего надзора.

В отличие от новой прокуратуры, губернская прокуратура вначале не осуществляла функции обвинительной власти. За ней сохранились некоторые обязанности надзора за местами лишения свободы, за губернскими по крестьянским делам присутствиями, за губернскими правлениями, полицией и другими органами. Губернские прокуроры оставались в непосредственном подчинении министру юстиции. Товарищи губернского прокурора в отличие от прежних стряпчих подчинялись только прокурору и были независимы от губернской администрации.

Судебная реформа 1864 г. была крупным шагом вперед. В результате этой реформы появились судебные следователи; стала более понятной и доступной система судов; судопроизводство начало осуществляться на принципах гласности и устности, состязательности и признания права на защиту; в судах появились избираемые мировые судьи и присяжные заседатели, была организована адвокатура. При этом доктрина изначально задумывавшегося прокурорского надзора постепенно давала крен в сторону обвинительной деятельности в уголовном судопроизводстве. В императорской России прокуратура претерпела трансформацию от органа надзора за исполнением законов, как было задумано Петром I, до придатка судов, занимавшегося возбуждением уголовного преследования и поддержанием обвинения.

Во второй половине XIX - начале XX века развитие системы прокурорского надзора проходило в двух основных направлениях:

вытеснение губернской прокуратуры по мере проведения судебной реформы на территории страны;

усиление надзора за судами и адвокатурой и наделение прокуратуры функциями государственного юрисконсульта.

Послереформенная прокуратура, хотя и продолжала оставаться органом исполнительной власти, непосредственно подчиненным правительству по сравнению с губернской прокуратурой, оказалась более самостоятельной и независимой от местных властей, что, соответственно, способствовало постепенному возрастанию авторитета прокуратуры. Независимости прокуроров от местного влияния способствовал порядок их назначения и освобождения от занимаемой должности. Генерал-прокурор и губернские прокуроры назначались и освобождались рескриптом императора, назначение на должности нижестоящих прокуроров и их освобождение осуществлял генерал-прокурор Российской империи. Прокуроры всех рангов назначались на соответствующие посты пожизненно. На вакансии прокуроров могли претендовать, в основном, представители дворянского сословия.

После 1864 г. прокуратура стала одним из главных звеньев в государственном аппарате борьбы с революционным движением в стране. В соответствии с Уставом уголовного судопроизводства судебное преследование по государственным преступлениям возлагалось на прокуроров судебных палат. Предварительное следствие по государственным преступлениям производилось одним из членов судебной палаты при обязательном личном присутствии прокурора палаты или его товарища. Кроме того, прокурор судебной палаты имел право до начала следствия поручить производство дознания по этим делам прокурору окружного суда или его товарищу, или полиции. Таким образом, именно прокуратуре принадлежало руководство расследованием государственных преступлений. Составлять обвинительный акт и поддерживать обвинение в суде по государственным преступлениям должны были прокуроры судебных палат, обер-прокуроры Сената, министр юстиции или его товарищ.

Усиление реакции в 70-80-х гг. привело к некоторым изменениям не только в деятельности прокуратуры, но и в ее статусе. Для усиления надзора за судами высшие чины прокуратуры, вплоть до товарищей прокурора судебной палаты, получили право ревизовать окружные и мировые суды. Таким образом, они, по существу, превращались в ревизионные органы Министерства юстиции. Постепенно усиливается и прокурорский надзор за деятельностью адвокатуры.

Прокуратура начинает участвовать в работе некоторых административных органов. Так, представитель прокуратуры был введен в состав губернского присутствия по крестьянским делам. Теперь прокурор осуществлял не только наблюдение за тюрьмами, но и практически принимал непосредственное участие в управлении ими. Впоследствии прокуроры вошли в состав практически всех губернских присутствий, которые представляли собой административные коллегиальные учреждения и состояли из губернских начальников различных ведомств. Прокурор участвовал в работе губернских присутствий по городским делам, воинским делам, фабричным делам, по земским делам и др., а также принимал участие в губернском правлении при освидетельствовании сумасшедших. Всего насчитывалось около тридцати таких присутствий, комитетов и комиссий. В 1887 г. прокуратура была привлечена к участию в составлении списков присяжных заседателей.

Со времени своего образования прокуратура осуществляла надзор по арестантским делам, за местами содержания заключенных под стражей. Губернские прокуроры были уполномочены следить за скорейшим разрешением арестантских дел и ревизовать смирительные и работные дома. Соблюдение правил о задержании под стражей закон возлагал на прокуроров, которые были обязаны при отсутствии постановления уполномоченных на то мест и лиц немедленно освободить неправильно лишенного свободы, а при содержании не в надлежащем месте заключения принять меры к восстановлению порядка. Чины прокурорского надзора не могли входить в обсуждение по существу того или другого постановления, они были обязаны лишь удостовериться в том, есть ли требуемое законом постановление о задержании под стражею и уполномочено ли вообще на это законом то лицо или место, по распоряжению которого находящийся под стражею задержан.

Рескриптом Александра III была учреждена во главе с генерал-прокурором Н.В. Муравьевым комиссия, которая в течение шести лет работала над проектом закона об усилении прокурорского надзора, о превращении прокуратуры в сугубо карательный орган.

Установленный Судебными уставами (с последующими изменениями и дополнениями) порядок деятельности прокурорского надзора в России сохранялся до октября 1917 г.: прокуратура России продолжала оставаться органом, верно служащим самодержавию, вплоть до ликвидации ее вместе с рухнувшим строем в 1917 г.