В начале XIX в. были проведены реформы центрального управления, что отразилось на организации суда. Эти реформы отражали новые явления в жизни общества и стремление приспособить государственный аппарат к современному уровню социально-экономического развития страны. Согласно Манифесту, управление судебным ведомством вверялось министру юстиции. Совмещение должностей министра юстиции — главы судебного ведомства и генерал-прокурора, возглавлявшего надзор, объяснялось стремлением усилить аппарат принуждения и судебных репрессий.

Манифест от 25 июня 1811 г. «Об общем учреждении министерств» закрепил за Министерством юстиции судебное управление. Важнейшие задачи Министерства юстиции составляли: управление судебной системой (личным составом, созданием и упразднением судебных органов) и осуществление общего надзора за деятельностью судебных учреждений.

В первой половине XIX в. главным направлением деятельности Министерства юстиции являлся надзор за судебной деятельностью. Надзорная деятельность осуществлялась путем просмотра определений Сената и донесений обер-прокуроров, протестов губернских прокуроров на решения губернских судов, рассмотрения отчетов о движении дел в судах, жалоб, производства ревизий. Министерство юстиции принимало участие в разработке и обсуждении законопроектов, составляло отзывы на проекты законов, подготовленные в других ведомствах, участвовало в кодификации и систематизации законодательства, издавало циркулярные и частные предписания о порядке применения законов подведомственными органами и по другим вопросам, разрабатывало мероприятия по улучшению организации делопроизводства в Сенате и местных судебных органах. В области управления личным составом судебных органов Министерству юстиции было предоставлено право назначать чиновников на некоторые должности и утверждать в должности по выборам.

Для обеспечения «некоторого единства» действий генерал-прокурора и подчиненных ему обер-прокуроров, для обсуждения в Сенате «важнейших» дел при министре юстиции была создана Консультация (совет) обер-прокуроров. Другие дела, подведомственные министерству, распределялись между его структурными подразделениями — отделениями. Уголовное и гражданское отделения осуществляли в судебной сфере контроль за деятельностью судебных органов и их должностных лиц, чиновников прокурорского надзора.

Особенными органами, выполнявшими судебные функции, были некоторые подразделения других министерств, например, аудиториаты, которые состояли при Военном и Морском министерствах и Главном управлении путей сообщения. Они выступали в качестве ревизионных инстанций по «военно-судным следственным делам». При Министерстве финансов действовал особый судебный орган — горный суд, который управлял Горным военным округом; его подсудность составляли спорные исковые дела в отношении казенной и частной собственности. Горное ведомство было разделено на пять округов, поэтому роль низшей судебной инстанции по «горным» делам исполняли нижние сословные суды, дополняемые в таких процессах «особенными горными членами».

В подсудность Сената входили дела о должностных преступлениях следующих категорий сановников и чиновничества: сенаторов; обер-прокуроров; директоров министерских департаментов и канцелярий; губернаторов; губернских предводителей дворянства и исполняющих их обязанности. Должностные преступления чиновников других, более низких рангов рассматривались Палатами уголовного суда (дела губернских чиновников) или военными судами (дела классных чиновников, канцелярских служащих, низших чинов и служащих военного ведомства).³

Дополнительная судебная инстанция появилась в виде Государственного Совета, учрежденного 1 января 1810г. Его Департамент гражданских и духовных дел рассматривал гражданские и уголовные дела в качестве апелляционной инстанции.

Основным законодательным актом, определявшим организацию судебных органов в первой половине XIX в., оставались Учреждения о губерниях 1775—1785гг. Низшим звеном судебной системы оставались созданные Учреждениями о губерниях сословные судебно-административные органы. В первой половине XIX в. появляются первые проекты государственных преобразований, предусматривающих реорганизацию суда, а в 50—60-е гг. проводится интенсивная разработка проектов судебной реформы.