5 березня 1953 року Сталін помирає. У цей же день — за одну годину десять хвилин до його кончини — на спільному засіданні Пленуму ЦК КПРС, Ради Міністрів СРСР, Президії Верховної Ради було ухвалене рішення про реорганізацію партійно-державного керівництва країни. Берія стає одним із чотирьох заступників Голови Ради Міністрів СРСР і одночасно призначається главою міністерства внутрішніх справ, котре було об'єднано зі скасованим міністерством державної безпеки.

Відразу ж після смерті Сталіна в кремлівському керівництві загострилася боротьба за владу. Основними претендентами були Маленков, Берія й, у меншому ступені в той період, Хрущов. Найбільш сильні позиції були в Берії — під його контролем виявилася вся система державної безпеки, що грала в роки радянської влади найважливішу роль у політичному розвитку країни. Хто контролював органи держбезпеки, той практично забезпечував собі й ключовій ролі в керівництві Радянського Союзу.

Досвідчений і спритний цинік із колосальними амбіціями позбавлений якихось твердих політичних поглядів, Берія мав на меті відігравати чільну роль країні. Не виключено при цьому, що він виступив би й з антисталінськими гаслами, тому що в останні роки життя Сталіна, положення його було неміцним. Але для цього йому було потрібно послабити або забрати зі шляху тих сталінських соратників, які не готові були йти на якісь зміни сталінської системи і відкидали всі спроби хоча б самої незначної демократизації країни. Берія ропочав дуже тонку й досить продуману політичну гру. Будучи на голову вище своїх партнерів по колективному керівництву, — він, за спогадами Хрущова, «був розумною людиною, дуже кмітливою і швидко на все реагував» — добре розумів, що завоювання підтримки усередині країни і за кордоном можна забезпечити висуванням конструктивної політичної програми як в області внутрішньої політики, так й у сфері міжнародних відносин. І сконцентрувавши після смерті Сталіна величезну владу, він негайно приступився до реалізації своїх планів. [17, 12]

Найважливішим напрямком діяльності Берії стала реабілітація жертв сталінського режиму. Відомо, що в розмові з О.І. Мікояном він виклав своє кредо так: «Треба відновити законність, не можна терпіти таке положення в країні. У нас багато арештованих, їх треба звільняти...» [17, 12]9 березня 1953 року, виступаючи на похоронах Сталіна, із трибуни мавзолею він підкреслив необхідність гарантування кожному громадянинові СРСР наданих йому конституцією прав особистості. 13 березня Берія наказав з метою прискорення розгляду справ, що перебувають у виробництві, і зміцнення МВС СРСР, створити чотири слідчі групи – по справах арештованих професорів-лікарів; арештованих колишніх співробітників МДБ СРСР; арештованих колишніх працівників Головного артилерійського управління військового міністерства СРСР і арештованих МДБ Грузинської РСР групи місцевих працівників. 18 березня Берія видає наказ про «перегляд справи в обвинуваченні колишнього керівництва ВПС і Міністерства авіаційної промисловості». 26 березня він направляє в Президію ЦК КПРС записку про проведення амністії, у якій говориться: «В цей час у виправно-трудових таборах, в'язницях і колоніях утримується 2 526 402 чоловік ув'язнених, з них: засуджених на строк до 5 років 58000, від 5 до 10 - 1 216 000, від 10 до 20 років 57 300 і понад 20 років — 18 800 чоловік. Із загального числа ув'язнених кількість особливо небезпечних державних злочинців (шпигуни; диверсанти, терористи, троцькісти, есери, націоналісти й ін.), що утримуються в особливих таборах МВС СРСР, становлять усього 221 435 чоловік». На підставі указу про амністію, опублікованого 28 березня, з місць заслання було звільнено більше мільйона чоловік. Однак всі радикальні пропозиції МВС по амністію репресованих в 30 - 40 р. були відхилені, а Берії вказали, що вони носять характер «зайвої поспішности». [17, 12]

1 квітня 1953 року Берія звертається в Президію ЦК КПРС із пропозицією про реабілітацію осіб, притягнутих по інспірованій Сталіним так називаній «справі про лікарів-шкідників», яка носила яскраво виражений антисемітський характер. Через два дні Президія ЦК КПРС приймає постанову «про фальсифікацію» цієї справи й приймає пропозицію МВС СРСР «про повну реабілітацію й звільнення з-під варти лікарів і членів їхніх родин..., у кількості 37 чоловік...» У цьому зв'язку характерна і показова наступна обставина. Хоча рішення про реабілітацію лікарів повинне було бути опубліковане в «Правді» й інших центральних газетах від імені Президії ЦК КПРС, замість нього 4 квітня в пресі було поміщено «Повідомлення Міністерства внутрішніх справ СРСР». Тим самим Берія створював враження, що саме він, очоливши МВС, розібрався зі справою лікарів» і їхнє звільнення — результат його приходу в міністерство. Уночі він подзвонив у редакцію «Правди» і зажадав змінити назву матеріалу про реабілітацію лікарів. Про це розповідав в 1970 році Н. А. Булганін, заявивши, що для нього й інших членів Президії ЦК КПРС це було повною несподіванкою. «Ми були вражені таким підступництвом Берії» — сказав Булганін. [19, 107] Повідомлення про реабілітацію професорів-лікарів було першим в історії СРСР офіційним повідомленням про те, що органи держбезпеки порушили закон і вчинили злочин. Берія набирав бали не тільки усередині країни, але, і це може бути найголовнішим, в очах світової громадськості.

Цікаво, що на липневому пленумі ЦК знову виникла тема «справи лікарів». Н. А. Булганін, виступаючи на ньому, заявив: «Ще при житті Сталіна ми, члени Президії ЦК, між собою, нема чого гріха таїти, скажу прямо, говорили, що справа лікарів — липа... вірно товариші?» [19, 107] У відповідь на ці слова Булганіна, як відзначається в матеріалах пленуму, пролунали «голоси із президії — правильно». Представляє також інтерес те, про, що говорив на пленумі Л. М. Каганович. Він прямо визнав, що питання про звільнення лікарів було використано Берією для зміцнення своїх позицій у країні, тому що останній виставив себе в очах світової громадськості як людина, що викрила провокаційний характер «справи лікарів» і виступив у ролі їх визволителя. От слова Кагановича: «Навіть справу звільнення лікарів, яку була зроблено правильно, Берія підніс сенсаційно, штучно, тому що і тут застосував свій метод вихваляння самого себе, що це, мовляв, роблю я, а не ЦК, і не уряд». [19, 107] Секретар, який виступив на пленумі, ЦК Н. Н. Шаталін у свою чергу заявив : «Взяти всім відоме питання про лікарів. Як з'ясувалося, їх заарештували неправильно. Зовсім ясно, що їх треба звільнити, реабілітувати і нехай собі працюють. Ні, цей віроломний авантюрист домігся опублікування спеціального комюніке Міністерства внутрішніх справ». [19, 107]

За день до постанови Політбюро ЦК КПРС про реабілітацію лікарів, Берія направляє в Президію ЦК зовсім секретну записку «про залучення до кримінальної відповідальності, винних в убивстві С. М. Міхоелса».
 4 квітня 1953 року Берія підписує наказ «Про заборону застосування до арештованих якихось примусових заходів і фізичного впливу», у якому говорилося, що «МВС СРСР установлено, що в слідчій частині МДБ мали місце грубі перекручення радянських законів, арешти безневинних радянських громадян, розгнуздана фальсифікація слідчих матеріалів, широке застосування різних способів катувань — жорстокі побиття арештованих, цілодобове застосування наручників на вивернуті за спину руки, що тривали в окремих випадках протягом декількох місяців, тривале позбавлення сну, утримання арештованих у роздягненому виді в карцері й ін.» Далі говорилося, що «за вказівкою керівництва міністерства державної безпеки СРСР, побиття арештованих проводилися в обладнаних для цієї мети приміщеннях у Лефортовської і внутрішньої в'язницях і поручалися особливій групі спеціально виділених осіб, із числа тюремних працівників із застосуванням усіляких знарядь катувань». Автор цієї статті провів на початку 50-х років понад рік у Лефортовській в'язниці й на своєму особистому досвіді може підтвердити ці слова... За наказом Берії був арештований колишній начальник слідчої частини по особливо важливим справам МДБ М. Д. Рюмін, який зіграв лиховісну роль у формуванні «справи лікарів», і поставлене питання про арешт колишнього секретаря ЦК й останнього міністра держбезпеки при Сталіні С. Д. Ігнатьєва. [23, 59]

8 квітня 1953 року Берія направляє записку «Про неправильне ведення справи про так звану мінгрельську націоналістичну групу», і через уже два дні Президія ЦК приймає постанову про фальсифікацію цієї справи і про звільнення й повну реабілітацію арештованих, а 17 квітня Берія пропонує реабілітувати й звільнити колишнього заступника Військового міністра, маршала артилерії Яковлева Н. Д., начальника Головного артилерійського управління генерал-полковника артилерії Волкотрубенко І. І. і заступника Міністра озброєнь Мірзаханова І. І. 26 травня Військовою Колегією Верховного Суду СРСР був відмінний винесений в 1946 році вирок відносно колишнього наркома авіаційної промисловості Шахуріна А. І., який був командуючим ВПС Радянської Армії, маршала авіації Новікова О. О. і ряду інших керівників авіаційної промисловості й генералів. [23, 62]

Берія не побоювався реабілітації осіб, арештованих по всіх цих справах, тому що він, як ми вже відзначали, з 20 серпня 1945 року не мав прямого відношення до органів держбезпеки, очолюючи спеціальний комітет по атомним питанням. Реабілітуючи учасників багатьох післявоєнних справ, Берія здобував політичний капітал у боротьбі зі своїми суперниками в Президії ЦК. Показово, що він не порушував питання про повернення в рідні місця депортованих народів, з'ясування обставин масових убивств польських офіцерів в 1940 році, про реабілітацію учасників «ленінградської справи», тому що у всіх цих злодіяннях він зіграв важливу роль.

 15 червня, за десять днів до свого арешту, Берія вносив пропозицію обмежити права Особливої Наради МВС СРСР, на підставі постанов якої в позасудовому порядку були, починаючи з 5 листопада 1934 року, коли воно було засновано, розстріляні або засуджені сотні тисяч радянських громадян. Збережені в архівах матеріали показують, що в останні дні перед арештом Берія його міністерство було зайнято роботою по підготовці документів надзвичайної важливості. В одному з них, датованому 16 червня, пропонувалося вирішити в принципі долю ГУЛАГа. Берія пропонував «ліквідувати систему примусової праці через економічну неефективність і безперспективність». Обговорювалося питання й про корінний перегляд всіх справ, пов'язаних з так званими «контрреволюційними злочинами».

Було поставлене питання про виведення із системи МВС цілих структурних підрозділів. (У березні 1953 року були передані в інші відомства Дальстрой, Спецстрой, Гідропроект).

Але реабілітацією арештованих при Сталіні діяльність Берія не обмежувалася. Він направляє ряд записок у Президію ЦК про «скривлення» у національній політиці в Литві, на Західній Україні, у Білорусії, наполягає на наданні більших прав союзним республікам, припиненні русифікації й т.д. Берія пропонував своїм колегам обмежити владу партійного апарату і всі державні питання — промисловості, сільського господарства, культури — вирішувати не в ЦК КПРС, а в Раді Міністрів. Це був свідомий курс на підрив монополії партійної номенклатури.

Навесні 1953 року за вказівкою Берії органи МВС на місцях зайнялися збором матеріалів, які підтверджують некомпетентність партійних органів у господарських питаннях. Велику пересторогу у партапаратчиків викликала також вказівка зібрати зведений матеріал про національний склад й освітній рівень працівників обкомів, міськкомів і райкомів партії. Особливо обурило партапарат прийняте з ініціативи Берії 9 травня 1953 року постанова Президії ЦК, у якій, пропонувалося «відмовитися від оформлення портретами колон демонстрантів, а також будинків підприємств, установ й організацій у дні державних свят». (Уже через тиждень після арешту Берії ця постанова була скасована як «помилкова»). [23, 67]

Політична активність Берії, і насамперед розпочаті ним заходи щодо реабілітації учасників багатьох великих політичних справ, не могла не викликати глибокої тривоги в інших радянських керівників. Вони, мабуть, побоювалися, що в боротьбі за владу, з метою їхньої компрометації, він може порушити питання, що вони відповідальні за масові репресії 30-х років, організаторами й учасниками яких були разом зі Сталіним.

Важливим козирем у руках Берії був і той факт, що з весни 1938 року він не працював у столиці і не був причетним до масових репресій у Москві, Ленінграді, Києві, Мінську і інших містах країни. Тому він не боявся реабілітації жертв політичних процесів 30-х років. А незабаром після того, як він був переведений у Москву, з його ініціативи, були звільнені десятки тисяч людей, арештованих його попередником на пості керівника НКВС. У певних колах суспільства про нього з тих пір була репутація людини, яка відновила після усунення Єжова «соціалістичну законність».

Про його ключову роль у таких злочинах, як, наприклад, депортація цілих народів і розстріл польських офіцерів в 1940 році, практично ніхто не знав. З 5 березня 1953 року під контролем Берії виявилися архіви органів держбезпеки, починаючи із ВЧК до МДБ, у яких містилися відомості про ролі його партнерів по Президії ЦК у масових репресіях. У міру розвитку процесу реабілітації, Берія з кожним днем ставав усе більш небезпечною фігурою для членів партійного керівництва. І, знаючи авантюрний характер цього витонченого політика, нові кремлівські лідери не без підстави побоювалися, що Берія зможе скористатися з метою їхнього усунення архівними документами, насамперед численними списками на розстріл, на яких стояли підписи не тільки Сталіна, але і їх, насамперед Молотова, Кагановича, Мікояна.

Хвилювали їх і заходи, які почав запроваджувати Берія і у зовнішньополітичних справах. Він, насамперед сконцентрував свої зусилля на німецькому питанні. Він запропонував відмовитися від форсованого «будівництва соціалізму» у НДР і виступив з ініціативою її об'єднання із ФРН і створення єдиної нейтральної німецької держави. У жовтні 1993 року впливова польська газета «Жиче Варшави» опублікувала матеріали, які опинилися якимсь чином у її руках матеріали, що проливають світло на дії Берії. [23, 73] Газета підкреслювала, що він «прагнув використати підлеглий йому апарат держбезпеки для здійснення проекту, який зберігав у таємниці від Маленкова, Хрущова і Молотова». [23, 73] Берія виходив з того, що «будівництво соціалізму» у НДР обійдеться Москві приблизно в десятки мільйонів доларів протягом десяти років. У такій ситуації, вважав Берія, доцільно звільнитися від цього баласту. Як стверджувала польська газета, Берія сподівався одержати від Заходу за згоду на об'єднання Німеччини десять мільярдів доларів. З повідомлення газети випливало, що ця угода повинна була бути частиною широкого політичного договору зі США, Англією й Францією. Як писала газета, посередником у переговорах із цими країнами мали бути дві особи: Ольга Чехова, відома російська акторка, що проживала в Західному Берліні, і польський князь Януш Радзивілл, який жив у Німеччині, з 1918 року і після приходу нацистів до влади, і підтримував контакт із Герингом. Князь наприкінці війни, коли Радянська Армія зайняла Східну Пруссію, на території якої перебувала частина його володінь, був арештований органами МДБ і доставлений на Луб’янку, де Берія двічі розмовляв з ним. Януш Радзвілл так ніколи й не довідався, що йому призначалася роль посередника в переговорах із Заходом. На 27 червня 1953 року була призначена його секретна зустріч із представниками західних держав. Але за день раніше Берія був арештований. [23, 75]

Берія наполягав на необхідності нормалізації радянсько-югославських відносин, що практично припинилися після їхнього розриву в 1948 - 1949 р. Він підготував лист югославському керівництву, у якому містилася пропозиція організувати конфіденційну зустріч особливо уповноважених осіб — представників органів держбезпеки обох країн для обговорення цього питання. Пропозиції Берія по німецькому і югославському питаннях були складовими частинами великої програми, яка розроблялася ним, по розрядженню міжнародної напруженості.

Підсумовуючи, можна сказати, що в основі дій Берії, по роду служби прекрасно обізнаного про істинне положення в країні, лежало, мабуть, і розуміння того, що радянська система перебуває в стані кризи й для її збереження необхідно здійснити ряд важливих кардинальних змін у внутрішній і зовнішній політиці, але до цього минулого були не готові інші радянські керівники, що прийняли рішення про усунення Берія. Як визнав Маленков на пленумі ЦК КПРС у липні 1953 року, це питання виникло 12 червня після обговорення на черговому засіданні Президії ЦК записок Берії, підготовлених МВС і постанов, прийнятих на його основі. Почалися секретні сепаратні переговори між членами Президії, які тривали більше тижня. Організаторами переговорів були Маленков і Хрущов, брали участь у них Молотов і Ворошилов. Арешт Берія був заздалегідь запланований і підготовлений; — про цьому відкрито говорилося на пленумі. Усе було ретельно сплановано — строга конспірація, формування збройної групи генералів й офіцерів, яким поручався арешт Берії. Її очолював тодішній перший заступник міністра оборони, маршал Радянського Союзу Г. К. Жуков. Змова проти нього увінчалася успіхом. І протягом довгих років на нього покладали відповідальність як за всі, вчиненні ним, так і приписані йому злочини інших діячів сталінського режиму. Як підкреслюється у виданій в 1999 році Міжнародним фондом «Демократія» книзі «Лаврентій Берія. 1953. Документи»: «арешт Берія давав можливість здійснити поворот у політиці партії, відмовитися від тоталітарної спадщини, сталінських методів керування партією і суспільством, почати процес демократизації. Однак Президія ЦК не порвала ні однієї нитки, що зв'язувала його зі сталінським режимом... Якщо Берія, розвінчуючи померлого вождя, намагався піти від відповідальності за масові репресії, прагнув показати, що і без Сталіна можна управляти Радянським Союзом і соціалістичним табором, то недавні соратники «Лубянського маршала» і не думали про десталінізацію. Навпаки, вони намагалися виправдати злочинні діяння диктатора, звалювали всю провину на Берію». [15, 27]