До моменту кончини Й. В. Сталіна Л. П. Берія, як політична фігура, був багато в чому відтиснутий на другий план: із грудня 1945 року він уже не очолював органи внутрішніх справ і державної безпеки, в 1951—1952 роках нові керівники МВС і МДБ сфабрикували так звану «мінгрельську справу» проти керівників організацій Грузинської компартії в західних районах республіки — зазвичай вважається, що ця акція була побічно спрямована проти Л. П. Берії, який за походженням був мінгрелом (однак, у його паспорті в графі національність було написано «грузин»). Не контролював Л. П. Берія й інші політичні репресії останніх років сталінського правління, зокрема, справу Єврейського антифашистського комітету і «справу лікарів». Проте, після XIX з’їзду КПРС Л. П. Берія був включений не тільки в розширену Президію ЦК КПРС, колишнє Політбюро, але й у створену за пропозицією Й. В. Сталіна «керівну п'ятірку» Президії. [9, 81]

Існує версія про причетність Л. П. Берії до смерті Й. В. Сталіна або, принаймні, про те, що за його наказом смертельно хворому Й. В. Сталіну не була надана своєчасна допомога. Документальні матеріали й свідоцтва очевидців не підтверджують версію, відповідно до якої смерть Й. В. Сталіна була насильницькою. Л. П. Берія брав участь у похоронах Й. В. Сталіна 9 березня 1953р., виголосив промову на жалобному мітингу. До цього часу він уже ввійшов у новий радянський уряд, очолений Г. М. Маленковим, як міністр внутрішніх справ. Знову утворене МВС об'єднало раніше існуючі МВС і Міністерство державної безпеки. Одночасно Л. П. Берія став першим заступником Голови Ради Міністрів СРСР і фактично головним претендентом на одноособову владу в країні. [16, 32]

На посту міністра внутрішніх справ Л. П. Берія провів ряд заходів щодо лібералізації. 9 травня 1953 року була оголошена амністія, що звільнила 1,2 мільйони чоловік. Згідно із секретним наказом Л. П. Берії були скасовані катування при допитах, було велено строго підпорядковуватися «соціалістичній законності». Ряд голосних політичних справ був припинений або переглянутий. Закрита «справа лікарів» — арештовані по ньому вийшли на волю; уперше було відкрито оголошено, що проти обвинувачуваних використовувалися «незаконні методи слідства». Були реабілітовані також всі засуджені по «ленінградській справі» і «мінгрельській справі». Високопоставлені військові, ув'язнені в ході процесів кінця 1940-х— початку 1950-х років, були звільнені й відновлені у званні (у тому числі Головний маршал авіації О.О.Новіков, маршал артилерії Н. Д. Яковлев і ін.) Усього були переглянуті або припинені на реабілітуючих підставах, слідчі справи на 400 тисяч чоловік. [22, 69]

Ряд заходів, розпочатих у ці місяці з ініціативи Л. П. Берії, стосувався внутрішньої й зовнішньої політики. Л. П. Берія виступив за скорочення витрат на військові потреби, за заморожування дорогих будівництв. Він домігся початку переговорів про перемир'я в Кореї, спробував відновити відносини з Югославією. Після початку антикомуністичного повстання в НДР Л. П. Берія пропонував взяти курс на об'єднання Західної й Східної Німеччини в «миролюбну буржуазну державу».[22, 73]

Проводячи політику висування національних кадрів, Берія розіслав у республіканські ЦК документи, де говорилося про неправильну русифікаторську політику й незаконні репресії.

Посилення Л. П. Берії, його претензії на «спадщину» Й. В. Сталіна й відсутність у нього союзників у вищому партійному керівництві привели до його падіння. Членам Президії ЦК із ініціативи М. С. Хрущова було оголошено, що Л. П. Берія планує провести державний переворот і заарештувати Президію на прем'єрі опери «Декабристи». 26 червня 1953 року під час засідання Президії Л. П. Берія, за попередньою згодою М. С. Хрущова з Г. К. Жуковим, був арештований, зв'язаний, вивезений із Кремля на автомобілі й утримувався в ув’язненні в бункері штабу Московського округу ПВО. Тим же днем датується Указ Президії Верховної Ради СРСР про позбавлення Л. П. Берії всіх звань і нагород.[22, 76] У липні 1953 року на Пленумі ЦК КПРС він був формально виведений зі складу Президії й ЦК і виключений з партії. Тільки тоді інформація про арешт і скинення Л. П. Берії з'явилася в радянських газетах, викликавши великий суспільний резонанс. Наприкінці липня 1953 року видається секретний циркуляр 2-го Головного управління МВС СРСР, яким пропонується повсюдне вилучення будь-яких художніх зображень Л. П. Берії.

Щодо подальшої долі Л. П. Берії існує кілька версій різного ступеня вірогідності. Син Л. П. Берії у своїй книзі відстоював версію, відповідно до якої його батько взагалі не був арештований на засіданні Президії ЦК КПСС, а вбитий при проведенні арешту у своєму особняку в центрі Москви.

«Я знаю зі слів мого дядька, начебто Берія загинув під час перестрілки, коли його намагалися взяти. Пам'ятаю, як Леонід Ілліч при цьому додав: «Не забувай, що Лаврентій був кавказькою людиною й нізащо б не дав себе в руки ворогам. Для нього це вважалося приниженням. Він дуже хотів померти гідно». Я вірю в цю версію, тому що дядькові ні до чого було її видумувати» — так говорила племінниця Л. І. Брежнева Любов у газеті «Експрес газета» від 03.04.2002. [21, 43]

Однак, існують записки, підписані ім'ям Л. П. Берії й адресовані різним членам Президії ЦК, включаючи Г. М. Маленкова, М. С. Хрущова і К. Е. Ворошилова: в них Л. П. Берія відстоює свою невинність, визнає свої зовнішньополітичні «помилки» і скаржиться на відсутність нормального освітлення і пенсне. Вони датовані першими числами липня 1953 року, отже, якщо вважати, що вони справжні, то Л. П. Берія в цей час був живий.[21, 57]

За офіційною версією, яка підкріплюється документами (можливо, сфальсифікованими органами слідства), Л. П. Берія дожив до грудня 1953 року й був, разом з деякими своїми колишніми співробітниками з органів держбезпеки (В. Н. Меркуловим, Б. З. Кобуловим і ін.), арештованими протягом того ж року, перед Спеціальною судовою присутністю Верховного Суду СРСР під головуванням маршала І. С. Конева. Він був обвинувачений у великій кількості діянь, які не мали відношення до реальної діяльності Берії: шпигунство на користь Великобританії, прагнення до «ліквідації Радянського робочо-селянського ладу, реставрації капіталізму і відновленню панування буржуазії». [21, 79]

Всупереч слухам, у зґвалтуванні десятків або навіть сотень жінок Л. П. Берія не обвинувачувався; у його справі є лише одна така заява від особи, що багато років була коханкою Берії, народила йому доньку і жила за його рахунок у квартирі в центрі Москви; заяву про зґвалтування вона подала лише, ймовірно, з метою уникнути переслідувань після його арешту. «Берії ставиться в провину те, що він спокусив близько 200 жінок, але читаючи їхні покази про свої відносини з наркомом, видно, що деякі відверто використали знайомство з ним з великою користю для себе» — О. Т. Уколов [21, 83]

Отже, 23 грудня 1953 року справа Берії була розглянута Спеціальною судовою присутністю Верховного суду СРСР під головуванням маршала І. С. Конева. Всі обвинувачувані були присуджені до смертної казні і в той же день розстріляні. Причому, Л. П. Берію розстріляли за кілька годин до страти інших засуджених у бункері штабу Московського військового округу. По власному бажанні перший постріл зробив з особистої зброї генерал-полковник (згодом Маршал Радянського Союзу) П. Ф. Батицький.