Протягом багатьох років у масовій свідомості існував образ Берія, в основі якого лежали пред'явлені йому обвинувачення. Коли наприкінці 80-х — початку 90-х років була розкрита правда про дивовижні злочини тоталітарного режиму в СРСР, ім'я Берія майже завжди стояло поруч із ім'ям Сталіна. Виявлені в останні десять років секретні матеріали з архівів ЦК КПРС і КДБ дають можливість краще представити й повніше відтворити багато обставин, пов'язані зі справою Берії.

Очоливши в 1938 році НКВС, Берія насамперед приступився до ліквідації спільників свого попередника на цьому пості — М. І. Єжова, розстріляного в 1940 році, але одночасно за вказівкою Берія в 1939 році з таборів і колоній було звільнено близько 250 тисяч чоловік. Але відомості про те, що репресії при Берії припинилися, не відповідають дійсності. Арешти тривали, і за деяким даними вже незабаром після призначення Берії наркомом внутрішніх справ було репресовано понад 200 тисяч чоловік. У катівнях НКВС виявилися великий російський учений, академік Микола Вавилов, що загинув в 1943 році у Саратовській в'язниці. Відомий біофізик Олександр Чижевський, знаменитий театральний режисер Всеволод Мейерхольд, відомий письменник Ісаак Бабель, розстріляний в 1940 році, багато інших представників наукової й творчої інтелігенції.

Були розширені повноваження позасудового органа — особливої Наради НКВС і дана вказівка Сталіна про дозвіл катувань арештованих. У березні 1939 року на XVIII з'їзді партії Берія був обраний кандидатом у члени Політбюро.

Незабаром після приєднання у вересні 1939 року до Радянського Союзу Західної України й Західної Білорусії органами НКВС були схоплені видатні діячі польського соціалістичного руху єврейського походження Віктор Альтер і Генрік Єрліх; останній покінчив життя самогубством в 1942 році у в'язниці, а Віктор Альтер за наказом Берії розстріляний в 1943 році. [25, 28]

Берія був ініціатором одного з найстрашніших злочинів сталінського режиму — розстрілу понад 25 тисяч польських офіцерів, захоплених НКВС після падіння польської держави. Арештовані польські військові, а також відомі представники інтелігенції й ділових кіл, католицькі священики, державні чиновники були зосереджені в трьох таборах. 5 березня 1940 року Політбюро ЦК ВКП(б), одержавши зовсім секретне повідомлення Берії Сталіну, у якому пропонувалося розглянути справи польських військовополонених «в особливому порядку, із застосуванням до них вищої міри покарання — розстрілу», ухвалило рішення щодо страти «25700 польських громадян, що перебувають у радянських таборах і в'язницях; розгляд справ провести без виклику арештованих і без пред'явлення обвинувачення». Масові розстріли були вчинені в Катмні (Смоленська область), у Старобельському (біля Харкова) і Осташковому (Калінінська область) таборах, а також в інших місцях ув’язнення, у яких перебували поляки. Був знищений очільники польської армії — одних тільки генералів, полковників, підполковників було 295. У числі загиблих було 320 євреїв. Серед розстріляних у Катині був батько знаменитого польського кінорежисера Анджея Вайди, який збирається поставити фільм про катинську трагедію. [25, 28]

Берія винний у загибелі радянських воєначальників у роки Великої Вітчизняної війни. У червні — липні 1941 року були арештовані два колишні начальники Головного управління протиповітряної оборони — Герої Радянського Союзу генерал-полковник Г. М. Штерн і генерал-лейтенант авіації Є. С. Птухін, всі троє колишніх комадуючих ВПС Червоної Армії: генерал-полковник А. Д. Локтіонов, двічі Герой Радянського Союзу Я. В. Смушкевич. Крім них була арештована велика група генералів ВПС і професорів військових академій Червоної Армії. 16 жовтня 1941 року, коли доля Москви висіла на волоску, були розстріляні генерали Н. А. Клич, С. А. Черних, С. М. Мищенко, Р. Ю. Клаввньш, А. Н. Крустиньш, А. І. Дальберг й А. Я. Доннеберг, а 28 жовтня по особистій вказівці Берії страчені генерали А. Д. Локтіонов, Г. М. Штерн, Ф. К. Аржерухін, Я. В. Смушкевич, І. І. Проскурін, Г. К. Савченко, М. М. Каюков, П. С. Володін. [27, 66]

Інші арештовані генерали були знищені через деякий час. Як відзначає автор статті «Чорний день Червоної Армії» Олександр Печьонкін («Незалежний військовий огляд» № 6, 2003 р.), 15 листопада 1941 року Берія звернувся в Державний Комітет Оборони із проханням дозволити негайно розстріляти всіх присуджених до вищої мірі покарання в обхід існуючих законів. [20, 12] Але ще до цього, за перші три з половиною місяця війни, було розстріляно понад 10 тисяч військовослужбовців Червоної Армії, головним чином її командирського складу. Одночасно Берія запропонував надати Особливій Нараді НКВС СРСР право виносити смертні вироки по справах, передбачених 58 статтею Кримінального кодексу РСФСР. Через два дні після звернення Берії, Сталін підписав постанову ГКО, у якій повністю схвалювалася ця пропозиція. Проходить два місяці, і Берія направляє Сталіну список 46 арештованих органами НКВС. У ньому було 17 генералів і кілька керівників оборонної промисловості, у тому числі колишній нарком боєприпасів І. П. Сергєєв, його заступники, начальники управлінь і відділів, кілька працівників наркомату авіаційної промисловості. Багато з них були арештовані напередодні й у перші тижні війни. Сталін, ознайомившись зі списком, написав «Розстріляти всіх пойменованих». І 13 лютого 1942 року Особлива Нарада НКВС прийняла рішення про страту, що й було зроблено 23 лютого в день Червоної Армії. [27, 67]

 Таким чином, у той час, коли радянські війська вели найтяжкі бої з німецькими загарбниками, Берія із благословення Сталіна, знищував її командний склад, об'єктивно граючи тим самим на руку гітлерівському фашизму.
 18 листопада 1941 року Берія наказав «очистити Москву Московську область від антирадянського елементу». У ньому говорилося: «В 10-денний строк повинен бути проведений повний облік всіх осіб, що судилися за різні контрреволюційні злочини, родин репресованих, а також додатково виявлені проживаючі особи німецької, фінської, італійської, румунської й угорської національностей. Весь підзвітний елемент обставити агентурами, а осіб, що виявили антирадянські дії в цей час, заарештувати й справи на них передати у військові трибунали». На підставі цього наказу було розстріляно кілька тисяч чоловік, у тому числі жінки і дорослі діти осіб, арештованих в 30-і роки. 4 вересня 1942 року у Москві, за розпорядженням Берія була арештована Катерина Максимова — дружина легендарного радянського розвідника Ріхарда Зорге, який в той час був утримуваний у японській в'язниці, та заслана в Красноярський край. Вона померла від важкої хвороби 3 липня 1943 року. Берія особисто допитував її на Луб’янці. [28, 8]

Берія був ініціатором волаючого злочину сталінського режиму — депортації в роки війни населення Республіки Німців Поволжя, багатьох народів Північного Кавказу й Криму. За його пропозицією 28 серпня 1941 року був видано Указ Президії Верховної Ради СРСР про виселення німців, що здавна проживали на території Росії, у Казахстан і Сибір. Було насильно депортоване понад 1 мільйон чоловік, у тому числі з Москви близько 9 тисяч німців. Операцію по їхньому виселенню зі столиці контролював особисто Берія, поклавши персональну відповідальність за її здійснення на начальника НКВС по Московській області Журавльова й начальника Другого Керування НКВС Федотова. За наявними відомостями з 1941 року по 1946 рік у сталінських таборах, в'язницях і трудових арміях загинули 450 тисяч німців — кожен третій.

За пропозицією Берії 31 січня 1944 року ДКО прийняв постанову про виселення чеченців й інгушів у Середню Азію. 23 лютого 1944 року почалася їхня депортація. 7 березня 1944 року Берія повідомив Сталіну, що в проведенні операції брали участь 19 тисяч офіцерів і бійців НКВС, стягнутих з різних областей, значна частина яких до цього брала участь в операції по виселенню карачаївців і калмиків й, крім того будуть брати участь у майбутній операції по виселенню балкарців. У результаті трьох проведених операцій виселені в східні райони СРСР 650 тисяч чеченців, інгушів, калмиків і карачаївців». За деякими оцінками під час депортації загинуло близько 150 тисяч чоловік. [28, 8]

Після завершення операції по виселенню цих кавказьких народів і калмиків, Берія приступився до депортації кримських татар. 10 травня 1944 року він направив Сталіну доповідну записку, у якій говорилося: «... НКВС вносить на Ваш розсуд проект рішення Державного Комітету Оборони про виселення всіх татар з території Криму». Наступного дня ДКО прийняв таку постанову, і кримські татари були депортовані в Середню Азію. Загальна чисельність виселених склала понад 200 тисяч чоловік. Одночасно були депортовані греки, що проживали в Криму, болгари, частина вірменів. Через два місяці, 31 липня 1944 року ДКО прийняв постанову про виселення месхетинських турок, курдів, хемшидів із західних районів Грузії. У цілому в Середню Азію було депортовано близько 100 тисяч чоловік. А 13 червня 1949 року з Азербайджану були депортовані ассірійці, християни в релігійному відношенні, що бігли в Росію з Туреччини в 1915 році.

«Вождь народів» по «достоїнству» оцінив дії Берії і його сатрапів. Він у травні 1944 року був призначений заступником Сталіна в ДКО, а безпосередньо керували операціями по депортації його заступники Сєров і Круглов і Абакумов, які нагороджені за свої «ратні подвиги» орденами Суворова I ступеня.

Незабаром після закінчення Великої Вітчизняної війни Берія покинув пост глави ДКВС, і, як вже відзначалося, очолив у серпні 1945 року всі роботи зі створення ядерної зброї. Він, безсумнівно, мав чималі організаторські здатності, і, як вважали такі відомі розроблювачі радянської ядерної зброї, як академіки Курчатов, Сахаров, Харитін, зіграв важливу роль у реалізації атомного проекту в СРСР. На об'єктах у зв'язку із цим проектом були зайняті десятки ув'язнених, більшість яких потім були знищені. За успішне проведення випробувань в 1949 році першої радянської атомної бомби Берія був нагороджений орденом Леніна й визнаний гідним Сталінської премії першого ступеня.