Дотепер існують різні точки зору на участь Л. П. Берії в репресіях кінця 30-х і 40-х років. Ні в кого не викликає сумніву, що керівник НКВС і МВС у ті роки очевидно мав саме безпосереднє відношення до того, що відбувається, але характер особистого внеску Берії по-різному оцінюється різними дослідниками.

Олексій Панов, журналіст «АіФ», в 2004 році писав, що вже в середині тридцятих років, очолюючи ЦК компартії Грузії, Л. П. Берія особисто й через апарат проводив масові репресії серед інтелігенції Закавказзя. Не приводячи, однак, посилань на документи, Панов стверджує, що є багато показань свідків про те, що Берія сам брав участь у допитах і катуваннях. [21, 65]

Відношення до ухвалення рішення про початок репресій Берія не мав, тому що вони почалися з рішення Політбюро ЦК ВКП(б) від 02.07.1937 року «Про антирадянські елементи». У цей час Л. П. Берія був ще в Закавказзі.

Відомо, що в 1939 році, після вступу Л. П. Берії в посаду наркома НКВС на зміну М.І. Єжову, темпи репресій різко пішли на спад. Більше того, в 1939 році відбувся перегляд ряду (не менш ста тисяч) справ «необґрунтовано засуджених» раніше осіб. У листопаді 1939 року вийшов наказ «Про недоліки в слідчій роботі органів НКВС», який вимагав строго дотримуватись карно-процесуальних норм. Однак, наприклад, професор Рудольф Піхоя, колишній керівник державного архіву РФ, стверджує, що це була гра Й. В. Сталіна проти М. і. Єжова і на підвищення власної популярності, а Л. П. Берія отут вирішальної ролі не зіграв. У той же час, А. П. Паршев, публіцист і письменник, заявляє, що саме Л. П. Берія послужив ініціатором указів про згортання репресій. [21, 67]

Енциклопедія «Кругосвет» і товариство «Меморіал» повідомляють, що в 1939—1941 роках у результаті діяльності Л. П. Берії були вчинені масові депортації жителів приєднаних до СРСР прибалтійских республік, Західної України, Західної Білорусії і Молдови. [26, 75] Незважаючи на зниження темпів репресій, повноваження Особливої наради при НКВС розширилися (особливо після початку Великої Вітчизняної війни, коли Особлива нарада одержала право застосовувати «вищу міру покарання»). З ім'ям Берії супротивники його реабілітації також зв'язують підтвердження права катувати «явних ворогів народу». Ще Л. П. Берію обвинувачують в організації розстрілу в 1940 році значної частини полонених польських офіцерів поруч із Катинью під Смоленськом і ще в декількох таборах за секретною постановою Політбюро. Починаючи з 1943 року і пізніше тотальні депортації були застосовані до калмиків, чеченців, інгушів, карачаєвцям і балкарцям, кримським татарам, туркам-месхетинцям, а також до деяких інших народів Північного Кавказу і Криму, обвинувачених у співробітництві з окупантами. З Л. П. Берією, як керівником НКВС, зв'язують організацію цих депортацій.

У збірниках «Польське підпілля на території Західної України й Західної Білорусії 1939—1941 р.» (т. 1,2. Варшава-Москва, 2001) [24] і «Депортації польських громадян із Західної України й Західної Білорусії в 1940 році», (Варшава-Москва, 2003) [8] стверджується, що депортації на Західній Україні й у Західній Білорусії були спрямовані переважно проти ворожої до радянської влади й націоналістично настроєної частини польського населення.

Наприкінці й після війни Л.П.Берія цілком присвячував себе роботі над ядерним потенціалом СРСР і не міг бути безпосередньо причетний до наступних репресій. При цьому посилаються також на те, що превентивні депортації застосовувалися в країнах-союзниках СРСР по антигітлерівській коаліції, антигітлерівській «депортації відплати» були гуманнішими, ніж ув’язнення більшої частини чоловічого населення депортованих народів у табори й колонії.

Син Л. П. Берії, Серго Лаврентьєвич, в 1994 року опублікував книгу спогадів про батька. Зокрема, там Л. П. Берія описаний як прихильник демократичних реформ, припинення насильницької побудови соціалізму у НДР, повернення Південних Курил Японії і так далі. У той же час, автор стверджує, що його батько, як і будь-який інший вищий начальник СРСР в той час, несе особисту відповідальність за репресії й не може бути реабілітований. [5]