Начиная сравнение выполняемых функций и решаемых задач налоговых органов, органов ФСЭНП и ранее существовавшей ФСНП, следует заметить, что сравнение подразумевает сопоставление и выявление общих черт, а также различий. Рассматривая  ныне действующие Федеральную налоговую службу и Федеральную службу по экономическим и налоговым преступлениям, видно, что существующая законодательная база, определяющая их взаимодействие, была создана с учетом накопленного за период деятельности упраздненной ФСНП опыта, с устранением явных ошибок, а именно с устранением дублирования функций в области налогового контроля между службами. Исходя из этого следует скорее сравнивать полномочия ФСНП и ФСЭНП, и искать позитивные стороны реорганизации, а также рассматривать взаимное дополнение выполняемых ФСЭНП и ФНС функций в деле укрепления налоговой дисциплины.

Наделение Федеральной службы по экономическим и налоговым преступлениям статусом правоохранительного органа означает не только наличие в ее компетенции характерных признаков, присущих всей правоохранительной системе, но в тоже время ФСЭНП существенно отличается от иных правоохранительных органов. Полномочиям Фе­деральной службы свойственна узкая специализация в сфере налого­вых правоотношений.

ФСЭНП реализует контрольно-надзорную функцию государственного управления. В деятельности налоговых органов отсутствует постоянное или систематическое воздействие на иных участников налоговых отношений; юридическим фактом, на основании которого органы ФСНП вступали в налоговые правоотношения, как правило, являлись нарушения законодательст­ва о налогах и сборах или угроза их нарушения. В отличие от ФСНП в отдельных слу­чаях органы ФСЭНП наделяются или фактически реализуют права налоговых агентов.[11]

ФСЭНП отличается характером своих функций от налоговых органов, что предопределяет отсутствие дублирования в их деятельности. Налоговые органы контролируют соблюдение законодательства о налогах и сборах, а Федеральная служба по экономическим и налоговым преступлениям осуществляет проверочные мероприятия, оперативно-розыскную деятельность, расследует и предупреждает налоговые правонаруше­ния и преступления.

Наделение Федеральной службы по экономическим и налоговым преступлениям статусом правоохранительного органа обусловило распространение на ее деятельность Уголовного кодекса РФ, Уголовно-процессуального кодекса РФ. Кодекса РФ об админист­ративных правонарушениях, Федерального закона «Об оперативно-розыскной деятельности» в ред. от 20 марта 2001 г., Закона РФ «О безопасности» в ред. от 24 декабря 1993 г.

Сравнивая полномочия ФСЭНП с упраздненной ФСНП, следует отметить, что вновь созданная структура лишилась права:

1. самостоятельно проводить налоговые проверки (ФСЭНП сможет в них участвовать только по запросу налоговых органов);

2. получать сведения, составляющие налоговую тайну;

3. замораживать счета организаций;

4. бороться с административными налоговыми правонарушениями.

Проведенная реорганизация органов налоговой полиции и УБЭП в рамках структуры МВД РФ, бесспорно, позитивна. Так как органы ФСЭНП, нередко называемые налоговой милицией, смогут в своих действиях руководствоваться Уголовно-процессуальным кодексом, а также законами о милиции и оперативно-розыскной деятельности, но не Налоговым кодексом. То есть дублирование функций налоговых органов со стороны ФСЭНП исключается. Служба расследует правонарушения, выявленные налоговыми инспекциями и направленными в милицию. Важно, что налоговая милиция (в отличие от прежней ФСНП) не может самостоятельно доначислять и заставлять предпринимателей платить неуплаченные, по их мнению, налоги в бюджет.

Таким образом, произошло разделение силовых и налоговых полномочий существующих на данный момент ведомств с целью исключения дублирования. Однако всё ещё остается нерешенной проблема административного давления на бизнес и злоупотребления. Решения были приняты верные, однако сможет ли позитивная сторона реформирования затенить проблемные стороны.