В середине XVII века произошла резкая перемена к худшему в жизни польских евреев. Эта перемена была вызвана обострившейся борьбой народностей, религий и сословий в тогдашней Польше. Боролись между собой польская и русская народности, католичество и православие, дворянство и крестьянство. Польская шляхта угнетала в своих поместьях русских крестьян, а католическое духовенство подстрекало правителей к притеснению иноверцев и особенно православных. Этот гнёт наиболее чувствовался в Восточных областях Польши (Западная Украина, Буковина и Галиция). Здесь русские люди составляли главную часть населения; большинство их, крестьянское сословие, работало на польских панов-помещиков, а меньшинство образовало особое военное сословие – казачество, служившее во время войны польскому правительству. Кроме казаков, находившихся на королевской службе, были ещё вольные казаки, жившие в степях за порогами Днепра и называвшиеся запорожцами. Православные поляки и крестьяне ненавидели поляков, как угнетателей русского народа; ненавидели они и евреев, как промышленников, занимавших среднее место между панами и крестьянами. Евреи часто держали в аренде шляхетские поместья и, таким образом, приобретали ту власть над крестьянами, которую имели паны. Сталкиваясь чаще с арендатором евреем, чем с польским паном, русский крестьянин считал первого главным виновником своих бедствий и стремился отомстить ему. К этому озлоблению примешивалось религиозная ненависть тёмного русского населения к евреям. Долго накапливавшееся недовольство привело, наконец, к страшным восстанием казаков и русских крестьян, в последний год царствования Владислава IV.

Во главе восставших украинцев стоял казацкий сотник из Чигирина Богдан Хмельницкий. Он собрал огромную толпу казаков и крестьян на Украине, заключил союз с вольными запорожскими казаками и крымскими татарами,-- и со всей этой ордой двинулся разорять Польшу (нач. 1648 года. Высланное против мятежников польское войско потерпело поражение. В то же время умер король Владислав – и в Польше водворилась смута междуцарствия. Тогда мятеж охватил всю Украину и соседние области. Отряды казаков и русских крестьян под предводительством Хмельницкого и его сподвижников – буйных запорожцев, рассыпались по всем городам и с остервенением истребляли поляков и евреев. “Убийства сопровождались варварскими истязаниями,-- говорит русский историк:-- сдирали с живых кожу, распиливали пополам, забивали до смерти палками, жарили на углях, обливали кипятком, не было пощады и грудным младенцам. Самое ужасное остервенение выказывал народ к евреям: они осуждены были на окончательное истребление, и всякая жалость к ним считалась изменой. Свитки закона были извлечены из синагог: казаки плясали на них и пили водку, потом клали на них евреев и резали без милосердия; тысячи еврейских младенцев были брошены в колодцы и засыпаны землёй”¹¹

Особенно трагична была участь евреев, которые сбежали из сёл и местечек в укреплённые города, в надежде укрыться от неприятеля. Узнав, что в городе Немиров, в Подолии, укрылось несколько тысяч евреев, Хмельницкий отправил туда казацкий отряд. Так как город трудно было взять приступом, то казаки прибегли к хитрости. Они подошли к Немирову с польскими знамёнами и просили отворить им ворота. Евреи, думая, что это польское войско, идущее к ним на выручку, впустили их в город – и страшно поплатились. (20 Сивана – июнь 1648 г.). Казаки, соединившись с местными русскими жителями, бросились на евреев и перерезали их. Немировский раввин Иехиель-Михель, скрывался со своей матерью на кладбище; тут их настиг какой-то сапожник и стал наносить удары раввину. Престарелая мать раввина умоляла убийцу умертвить её вместо сына; но сапожник бесчеловечно убил раньше раввина, а потом и старуху). Молодых евреек весьма часто оставляли в живых: казаки и мужики насильно крестили их и брали их в жёны. Одна красивая еврейская девушка, похищенная с этой целью казаком, уверила его, будто она умеет “заговаривать” пули, и просила выстрелить в неё, чтобы убедиться, что пуля от неё отскочит, не причинив ей вреда; глупый казак выстрелил и девушка упала, сражённая насмерть, но довольная, что не досталась врагу. Другая еврейка, с которой казак готовился обвенчаться, бросилась с моста в воду в тот момент, когда её вели через этот мост в церковь. Около 6.000 евреев погибло в Немирове; спасшиеся от смерти бежали в укреплённый город Тульчин, где из-за предательства поляков было вырезано ещё 2.000 евреев.

Из Подолии шайки мятежников проникли в Волынь. Здесь резня продолжалась в течение всего лета и осени 1648 года. Польские войска, особенно под предводительством Иеремии Вишневецкого, кое-где усмиряли казаков; но совершенно подавить восстание они были не в силах. Только после того, как в Варшаве был избран не в силах. Только после того, как в Варшаве был избран в польские короли Ян-Казимир, брат Владислава IV, начались мирные переговоры между правительством и казаками. В 1649 году казаки успокоились, получив разные права и вольности на Украине. Между прочим было оговорено, что в казацкой Украине евреям запрещено проживать. Ян-Казимир разрешил всем евреям, принявшим под угрозою смерти православие, перейти в свою прежнюю веру. “Ваад четырёх областей”, заседавший в Люблине зимою 1650 г., выработал целый ряд мер для восстановления порядка в семейной и общественной жизни евреев. День немировской резни (20 Сивана) был объявлен днём ежегодного поста и молитвы в память мучеников.

Поляки вскоре нарушали свой договор с казаками, желая подчинить последних польской королевской короне. Тогда гетман Хмельницкий предложил московскому царю Алексею Михайловичу присоединить казацкую Украину или Малороссию к Российскому государству. В 1654 году после Переяславской рады жители Украины перешли в русское подданство. Почти сразу московские войска двинулись в соседние Белоруссию и Литву для войны с Польшей. Много пришлось выстрадать белорусским и литовским евреям во время этой войны, длившейся два года (1654-1655 гг.) Взятие польских городов соединённым московско-казацким войском сопровождалось избиением или изгнанием евреев.